seq1 = pF1KB6430.tfa, 1029 bp
seq2 = pF1KB6430/gi568815592f_29727834.tfa (gi568815592f:29727834_29929932), 202099 bp

>pF1KB6430 1029
>gi568815592f:29727834_29929932 (Chr6)

1-88  (99997-100084)   95% ->
89-358  (100214-100483)   100% ->
359-634  (100710-100985)   100% ->
635-910  (101585-101860)   100% ->
911-1029  (101983-102101)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGACGCCAAGGATGGTGGTCATGGCGCCCCGAACCCTCTTCCTGCT
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CCCCAGACGCCAAGGATGGTGGTCATGGCGCCCCGAACCCTCTTCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTCGGGGGCCCTGACCCTGACCGAGACCTGGGCGG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100047 GCTCTCGGGGGCCCTGACCCTGACCGAGACCTGGGCGGGTG...CAGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCACTCCATGAGGTATTTCAGCGCCGCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100217 CCCACTCCATGAGGTATTTCAGCGCCGCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCCCCGCTTCATCGCCATGGGCTACGTGGACGACACGCAGTTCGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100267 GAGCCCCGCTTCATCGCCATGGGCTACGTGGACGACACGCAGTTCGTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTCGACAGCGACTCGGCGTGTCCGAGGATGGAGCCGCGGGCGCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100317 GTTCGACAGCGACTCGGCGTGTCCGAGGATGGAGCCGCGGGCGCCGTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGCAGGAGGGGCCGGAGTATTGGGAAGAGGAGACACGGAACACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100367 TGGAGCAGGAGGGGCCGGAGTATTGGGAAGAGGAGACACGGAACACCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCACGCACAGACTGACAGAATGAACCTGCAGACCCTGCGCGGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100417 GCCCACGCACAGACTGACAGAATGAACCTGCAGACCCTGCGCGGCTACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAACCAGAGCGAGGCCA         GTTCTCACACCCTCCAGTGGATGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100467 CAACCAGAGCGAGGCCAGTG...CAGGTTCTCACACCCTCCAGTGGATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGCTGCGACCTGGGGTCCGACGGACGCCTCCTCCGCGGGTATGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100734 TTGGCTGCGACCTGGGGTCCGACGGACGCCTCCTCCGCGGGTATGAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATGCCTACGATGGCAAGGATTACCTCGCCCTGAACGAGGACCTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100784 TATGCCTACGATGGCAAGGATTACCTCGCCCTGAACGAGGACCTGCGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGGACCGCAGCGGACACTGCGGCTCAGATCTCCAAGCGCAAGTGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100834 CTGGACCGCAGCGGACACTGCGGCTCAGATCTCCAAGCGCAAGTGTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGCCAATGTGGCTGAACAAAGGAGAGCCTACCTGGAGGGCACGTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100884 CGGCCAATGTGGCTGAACAAAGGAGAGCCTACCTGGAGGGCACGTGCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGTGGCTCCACAGATACCTGGAGAACGGGAAGGAGATGCTGCAGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100934 GAGTGGCTCCACAGATACCTGGAGAACGGGAAGGAGATGCTGCAGCGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GG         ACCCCCCCAAGACACACGTGACCCACCACCCTGTCTTTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100984 GGGTA...CAGACCCCCCCAAGACACACGTGACCCACCACCCTGTCTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACTATGAGGCCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101624 ACTATGAGGCCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCATACTGACCTGGCAGCGGGATGGGGAGGACCAGACCCAGGACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101674 ATCATACTGACCTGGCAGCGGGATGGGGAGGACCAGACCCAGGACGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTCGTGGAGACCAGGCCTGCAGGGGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101724 GCTCGTGGAGACCAGGCCTGCAGGGGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAGATACACGTGCCATGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 CTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAGATACACGTGCCATGTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CATGAGGGGCTGCCGGAGCCCCTCATGCTGAGATGGA         AGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101824 CATGAGGGGCTGCCGGAGCCCCTCATGCTGAGATGGAGTA...CAGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GTCTTCCCTGCCCACCATCCCCATCATGGGTATCGTTGCTGGCCTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101987 GTCTTCCCTGCCCACCATCCCCATCATGGGTATCGTTGCTGGCCTGGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCCTTGCAGCTGTAGTCACTGGAGCTGCGGTCGCTGCTGTGCTGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 TCCTTGCAGCTGTAGTCACTGGAGCTGCGGTCGCTGCTGTGCTGTGGAGA

   1050     .    :    .
   1015 AAGAAGAGCTCAGAT
        ||||||||||||| |
 102087 AAGAAGAGCTCAGGT