seq1 = pF1KB6428.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KB6428/gi568815596r_118814.tfa (gi568815596r:118814_353115), 234302 bp

>pF1KB6428 969
>gi568815596r:118814_353115 (Chr2)

(complement)

1-112  (99999-100111)   99% ->
113-226  (103272-103385)   100% ->
227-291  (105514-105578)   100% ->
292-404  (118844-118956)   100% ->
405-533  (119887-120015)   100% ->
534-702  (121925-122093)   100% ->
703-781  (123072-123150)   100% ->
782-969  (134115-134302)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 A TGAATAACCCTATACCTTCCAATTTGAAATCAGAAGCAAAAAAGGCTG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGTGAATAACCCTATACCTTCCAATTTGAAATCAGAAGCAAAAAAGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 CCAAAATATTAAGAGAATTCACAGAAATAACTTCCAGAAATGGACCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CCAAAATATTAAGAGAATTCACAGAAATAACTTCCAGAAATGGACCTGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 AAGATCATTCCTG         CTCACGTAATTGCGAAGGCTAAAGGCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AAGATCATTCCTGGTA...CAGCTCACGTAATTGCGAAGGCTAAAGGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 TGCAATTCTGTCTGTGATCAAAGCCGGGTTCCTGGTGACTGCCAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 TGCAATTCTGTCTGTGATCAAAGCCGGGTTCCTGGTGACTGCCAGAGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 GCAGCGGGATTGTAGTGGCGCGCCTTCCAGATGGAA         AATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103350 GCAGCGGGATTGTAGTGGCGCGCCTTCCAGATGGAAGTA...TAGAATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 TCTGCACCCTCAGCCATTGGGATAGCTGGCCTTGGTGGAGGATTTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105519 TCTGCACCCTCAGCCATTGGGATAGCTGGCCTTGGTGGAGGATTTGAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 AGGAATTGAG         GTATCAGACTTGGTGATAATTCTGAATTATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105569 AGGAATTGAGGTA...TAGGTATCAGACTTGGTGATAATTCTGAATTATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 ACCGTGCTGTAGAAGCTTTTGCAAAAGGCGGAAATCTGACCCTCGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118875 ACCGTGCTGTAGAAGCTTTTGCAAAAGGCGGAAATCTGACCCTCGGAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 AACTTGACTGTGGCGGTTGGGCCCTTGGGAAG         GAACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118925 AACTTGACTGTGGCGGTTGGGCCCTTGGGAAGGTG...CAGGAACTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 AGGAAACGTGGCCCTGAGAAGCTCCGCTGCCGTCTTCACGTACTGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119896 AGGAAACGTGGCCCTGAGAAGCTCCGCTGCCGTCTTCACGTACTGCAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 CAAGGGGACTCTTTGCAGGCGTGTCTTTAGAAGGGAGCTGTTTGATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119946 CAAGGGGACTCTTTGCAGGCGTGTCTTTAGAAGGGAGCTGTTTGATTGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 AGGAAAGAAACTAATAGAAA         ATTTTATTGTCAAGATATCCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119996 AGGAAAGAAACTAATAGAAAGTC...TAGATTTTATTGTCAAGATATCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 AGCTTATGACATTTTATTTGGAGATACACCGCGGCCTGCTCAAGCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121946 AGCTTATGACATTTTATTTGGAGATACACCGCGGCCTGCTCAAGCCGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 ATCTTTATGAAATTCTTGATTCCTTTACTGAAAAGTATGAAAATGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121996 ATCTTTATGAAATTCTTGATTCCTTTACTGAAAAGTATGAAAATGAAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 CAACGAATCAATGCAAGAAAAGCAGCAAGGGAGCAGAGGAAGTCTTCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 122046 CAACGAATCAATGCAAGAAAAGCAGCAAGGGAGCAGAGGAAGTCTTCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703        GCTAAAGAATTACCTCCAAAGCCATTGTCAAGACCACAGCAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122096 A...CAGGCTAAAGAATTACCTCCAAAGCCATTGTCAAGACCACAGCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746 CATCTGCACCAGTCCAGCTGAACTCTGGCTCTCAAA         GCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123115 CATCTGCACCAGTCCAGCTGAACTCTGGCTCTCAAAGTA...CAGGCAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 TTGAATCAACCCATAGAAGTGACAGCGCTGTATTCATTTGAAGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134120 TTGAATCAACCCATAGAAGTGACAGCGCTGTATTCATTTGAAGGACAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837 GCCTGGGGATTTGAATTTTCAAGCTGGAGACAGAATCACAGTTATATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134170 GCCTGGGGATTTGAATTTTCAAGCTGGAGACAGAATCACAGTTATATCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 AAACAGATTCACATTTTGATTGGTGGGAAGGAAAACTTCGAGGTCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134220 AAACAGATTCACATTTTGATTGGTGGGAAGGAAAACTTCGAGGTCAAACT

   1000     .    :    .    :    .    :
    937 GGCATTTTTCCAGCCAACTACGTAACCATGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 134270 GGCATTTTTCCAGCCAACTACGTAACCATGAAT