seq1 = pF1KB6425.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KB6425/gi568815596r_20102769.tfa (gi568815596r:20102769_20324867), 222099 bp

>pF1KB6425 930
>gi568815596r:20102769_20324867 (Chr2)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-148  (119444-119525)   100% ->
149-627  (120577-121055)   99% ->
628-763  (121646-121781)   100% ->
764-930  (121933-122099)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGCGCGGCGCTCTGGCTCTGGCTGTGCGCGCTGGCGCTGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCGCGCGGCGCTCTGGCTCTGGCTGTGCGCGCTGGCGCTGAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCGGCCCTGCCG         CAAATTGTGGCTACTAATTTGCCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCCGGCCCTGCCGGTG...CAGCAAATTGTGGCTACTAATTTGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGAAGATCAAGATGGCTCTGGGGATGACTCTGACAACTTCTCCGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119469 CTGAAGATCAAGATGGCTCTGGGGATGACTCTGACAACTTCTCCGGCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGCAG         GTGCTTTGCAAGATATCACCTTGTCACAGCAGAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119519 GGTGCAGGTG...CAGGTGCTTTGCAAGATATCACCTTGTCACAGCAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCCTCCACTTGGAAGGACACGCAGCTCCTGACGGCTATTCCCACGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120611 CCCCTCCACTTGGAAGGACACGCAGCTCCTGACGGCTATTCCCACGTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGAACCCACCGGCCTGGAAGCTACAGCTGCCTCCACCTCCACCCTGCCG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 120661 CAGAACCCACCGGCCTGGAGGCTACAGCTGCCTCCACCTCCACCCTGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGGAGAGGGGCCCAAGGAGGGAGAGGCTGTAGTCCTGCCAGAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120711 GCTGGAGAGGGGCCCAAGGAGGGAGAGGCTGTAGTCCTGCCAGAAGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCTGGCCTCACCGCCCGGGAGCAGGAGGCCACCCCCCGACCCAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120761 GCCTGGCCTCACCGCCCGGGAGCAGGAGGCCACCCCCCGACCCAGGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACACAGCTCCCGACCACTCATCAGGCCTCAACGACCACAGCCACCACG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 120811 CCACACAGCTCCCGACCACTCATCTGGCCTCAACGACCACAGCCACCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCCAGGAGCCCGCCACCTCCCACCCCCACAGGGACATGCAGCCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120861 GCCCAGGAGCCCGCCACCTCCCACCCCCACAGGGACATGCAGCCTGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCATGAGACCTCAACCCCTGCAGGACCCAGCCAAGCTGACCTTCACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120911 CCATGAGACCTCAACCCCTGCAGGACCCAGCCAAGCTGACCTTCACACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCACACAGAGGATGGAGGTCCTTCTGCCACCGAGAGGGCTGCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120961 CCCACACAGAGGATGGAGGTCCTTCTGCCACCGAGAGGGCTGCTGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGAGCCTCCAGTCAGCTCCCAGCAGCAGAGGGCTCTGGGGAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121011 GGAGCCTCCAGTCAGCTCCCAGCAGCAGAGGGCTCTGGGGAGCAGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628     GACTTCACCTTTGAAACCTCGGGGGAGAATACGGCTGTAGTGGCCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121061 .CAGGACTTCACCTTTGAAACCTCGGGGGAGAATACGGCTGTAGTGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGAGCCTGACCGCCGGAACCAGTCCCCAGTGGATCAGGGGGCCACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121692 TGGAGCCTGACCGCCGGAACCAGTCCCCAGTGGATCAGGGGGCCACGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCTCACAGGGCCTCCTGGACAGGAAAGAGGTGCTGGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121742 GCCTCACAGGGCCTCCTGGACAGGAAAGAGGTGCTGGGAGGTG...TAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGTCATTGCCGGAGGCCTCGTGGGGCTCATCTTTGCTGTGTGCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121934 GGTCATTGCCGGAGGCCTCGTGGGGCTCATCTTTGCTGTGTGCCTGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTTTCATGCTGTACCGCATGAAGAAGAAGGACGAAGGCAGCTACTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121984 GTTTCATGCTGTACCGCATGAAGAAGAAGGACGAAGGCAGCTACTCCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGGAGCCGAAACAAGCCAACGGCGGGGCCTACCAGAAGCCCACCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122034 GAGGAGCCGAAACAAGCCAACGGCGGGGCCTACCAGAAGCCCACCAAACA

    950     .    :    .
    915 GGAGGAATTCTATGCC
        ||||||||||||||||
 122084 GGAGGAATTCTATGCC