seq1 = pF1KB6424.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KB6424/gi568815595r_179301216.tfa (gi568815595r:179301216_179526200), 224985 bp

>pF1KB6424 1020
>gi568815595r:179301216_179526200 (Chr3)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-96  (105274-105312)   100% ->
97-203  (106696-106802)   100% ->
204-267  (109645-109708)   100% ->
268-430  (111154-111316)   100% ->
431-497  (112420-112486)   100% ->
498-699  (112588-112789)   100% ->
700-916  (120795-121011)   100% ->
917-1020  (124882-124985)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGAACTGGAACAGTTGAGGCAAGAAGCAGAACAACTGCGGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGAACTGGAACAGTTGAGGCAAGAAGCAGAACAACTGCGGAATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTCAG         GATGCTCGGAAAGCATGTAATGATGCAACGCTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATTCAGGTA...CAGGATGCTCGGAAAGCATGTAATGATGCAACGCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAG         ATTACATCAAATATGGACTCTGTGGGTCGAATACAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105308 TTCAGGTA...AAGATTACATCAAATATGGACTCTGTGGGTCGAATACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGCGAACAAGACGTACACTGAGGGGCCACCTAGCTAAAATCTATGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106732 ATGCGAACAAGACGTACACTGAGGGGCCACCTAGCTAAAATCTATGCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCATTGGGGATACGATTCCAG         GCTGCTAGTCAGTGCTTCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106782 GCATTGGGGATACGATTCCAGGTT...TAGGCTGCTAGTCAGTGCTTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGATGGAAAATTAATTATTTGGGATAGCTATACAACAAATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109665 AAGATGGAAAATTAATTATTTGGGATAGCTATACAACAAATAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268    ATGCATGCTATTCCTTTGAGGTCCTCCTGGGTGATGACCTGTGCTTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111151 CAGATGCATGCTATTCCTTTGAGGTCCTCCTGGGTGATGACCTGTGCTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGCTCCCTCTGGTAATTATGTTGCCTGTGGAGGCTTGGACAACATCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111201 TGCTCCCTCTGGTAATTATGTTGCCTGTGGAGGCTTGGACAACATCTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTATATATAACTTAAAGACCAGAGAGGGAAATGTGAGAGTAAGCCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111251 CTATATATAACTTAAAGACCAGAGAGGGAAATGTGAGAGTAAGCCGAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGCCAGGTCACACAG         GGTACTTGTCCTGCTGTCGTTTTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111301 TTGCCAGGTCACACAGGTG...TAGGGTACTTGTCCTGCTGTCGTTTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGATGACAGCCAAATTGTTACAAGTTCAGGAGATACAACTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112445 AGATGACAGCCAAATTGTTACAAGTTCAGGAGATACAACTTGGTA...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  TGCTTTATGGGACATCGAAACTGCCCAGCAGACCACCACATTCACTGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112587 GTGCTTTATGGGACATCGAAACTGCCCAGCAGACCACCACATTCACTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CATTCTGGAGATGTGATGAGTCTTTCTTTGAGTCCTGACATGAGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112637 CATTCTGGAGATGTGATGAGTCTTTCTTTGAGTCCTGACATGAGGACTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTTTCTGGTGCTTGTGATGCCTCTTCCAAATTATGGGATATTCGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112687 TGTTTCTGGTGCTTGTGATGCCTCTTCCAAATTATGGGATATTCGAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GAATGTGTAGACAGTCTTTCACGGGACATGTCTCAGATATCAATGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112737 GAATGTGTAGACAGTCTTTCACGGGACATGTCTCAGATATCAATGCTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGT         TTTTTCCCAAATGGATATGCCTTCGCCACTGGCTCTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112787 AGTGTA...TAGTTTTTCCCAAATGGATATGCCTTCGCCACTGGCTCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGATGCCACTTGCCGGCTCTTTGACCTTCGTGCAGATCAAGAGTTATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120833 TGATGCCACTTGCCGGCTCTTTGACCTTCGTGCAGATCAAGAGTTATTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTATTCTCATGACAATATCATCTGTGGAATCACTTCTGTAGCCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120883 TGTATTCTCATGACAATATCATCTGTGGAATCACTTCTGTAGCCTTCTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAAAGTGGGCGTCTCTTGTTGGCTGGTTACGATGACTTTAATTGTAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120933 AAAAGTGGGCGTCTCTTGTTGGCTGGTTACGATGACTTTAATTGTAATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATGGGACACGCTAAAAGGAGATCGTGCAG         GTGTCCTTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120983 ATGGGACACGCTAAAAGGAGATCGTGCAGGTT...CAGGTGTCCTTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTCATGACAACCGTGTGAGCTGCTTAGGTGTAACTGATGATGGCATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124894 GTCATGACAACCGTGTGAGCTGCTTAGGTGTAACTGATGATGGCATGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGCAACAGGCTCTTGGGACAGTTTTCTTAGAATCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124944 GTGGCAACAGGCTCTTGGGACAGTTTTCTTAGAATCTGGAAT