seq1 = pF1KB6423.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KB6423/gi568815584f_20899447.tfa (gi568815584f:20899447_21101576), 202130 bp

>pF1KB6423 927
>gi568815584f:20899447_21101576 (Chr14)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-246  (100296-100426)   100% ->
247-297  (100670-100720)   100% ->
298-927  (101501-102130)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAACTACTAGGAATAAAACTTGGCTGCCTGTTTGCCCTGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCAACTACTAGGAATAAAACTTGGCTGCCTGTTTGCCCTGTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCACTCTGGGCTGTGGCCTTACTCCCATCTGCTTCAAATGGTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCACTCTGGGCTGTGGCCTTACTCCCATCTGCTTCAAATGGTTCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGATGCAGCCAGAG         GTCATCACCGGCTAGTCCTCAGACTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGATGCAGCCAGAGGTA...TAGGTCATCACCGGCTAGTCCTCAGACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGCTGTATTTCTGCTGGTGTTTTCCTGGGAGCAGGGTTCATGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100322 CTGGGCTGTATTTCTGCTGGTGTTTTCCTGGGAGCAGGGTTCATGCATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTGCTGAAGCCCTGGAGGAAATTGAATCACAGATTCAGAAGTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100372 GACTGCTGAAGCCCTGGAGGAAATTGAATCACAGATTCAGAAGTTCATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCAG         AACAGATCAGCAAGTGAGAGAAATTCTTCTGGTGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100422 TGCAGGTG...TAGAACAGATCAGCAAGTGAGAGAAATTCTTCTGGTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGATTCAGCTCAT         ATGGAGTATCCCTATGGAGAGCTCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100706 GCTGATTCAGCTCATGTA...TAGATGGAGTATCCCTATGGAGAGCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCTCCCTGGGCTTCTTTTTTGTCTTCTTTTTGGAGTCGCTGGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 CATCTCCCTGGGCTTCTTTTTTGTCTTCTTTTTGGAGTCGCTGGCATTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTGCTGTCCTGGGGCTGCTGGAGGATCGACAGTGCAGGACGAAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 AGTGCTGTCCTGGGGCTGCTGGAGGATCGACAGTGCAGGACGAAGAATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGTGGGGCTCATATCTTCGAACTCCACAGCCATGGACATTTACCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101627 GGTGGGGCTCATATCTTCGAACTCCACAGCCATGGACATTTACCCTCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCAAAGGGTCCCCTCCGAGCCCTTGTCCTCTTGCTGTCACTCTCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101677 CTCAAAGGGTCCCCTCCGAGCCCTTGTCCTCTTGCTGTCACTCTCCTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTCAGTGTTTGAAGGGCTAGCTGTGGGGCTGCAGCCGACAGTAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101727 ACTCAGTGTTTGAAGGGCTAGCTGTGGGGCTGCAGCCGACAGTAGCAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCGTGCAGCTCTGCCTTGCTGTCCTGGCTCATAAGGGGCTTGTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101777 ACCGTGCAGCTCTGCCTTGCTGTCCTGGCTCATAAGGGGCTTGTGGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGTGTAGGAATGCGGCTAGTGCATTTAGGTACCAGCTCACGATGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101827 TGGTGTAGGAATGCGGCTAGTGCATTTAGGTACCAGCTCACGATGGGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGTTCTCCATACTATTATTAGCTCTCATGTCCCCCCTGGGCCTAGCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101877 TGTTCTCCATACTATTATTAGCTCTCATGTCCCCCCTGGGCCTAGCCGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGCTGGCTGTGACTGGAGGGGACTCTGAAGGAGGGCGGGGCTTAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101927 GGGCTGGCTGTGACTGGAGGGGACTCTGAAGGAGGGCGGGGCTTAGCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGCTGTGTTAGAGGGTGTGGCAGCTGGTACCTTCCTGTATGTCACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101977 GGCTGTGTTAGAGGGTGTGGCAGCTGGTACCTTCCTGTATGTCACCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TAGAAATTCTTCCACGGGAGCTAGCTAGTCCTGAGGCCCCTCTAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102027 TAGAAATTCTTCCACGGGAGCTAGCTAGTCCTGAGGCCCCTCTAGCTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TGGAGCTGTGTAGCCGCTGGTTTTGCCTTCATGGCCTTTATTGCCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102077 TGGAGCTGTGTAGCCGCTGGTTTTGCCTTCATGGCCTTTATTGCCTTGTG

    950 
    924 GGCC
        ||||
 102127 GGCC