seq1 = pF1KB6422.tfa, 1017 bp
seq2 = pF1KB6422/gi568815583f_40598759.tfa (gi568815583f:40598759_40831175), 232417 bp

>pF1KB6422 1017
>gi568815583f:40598759_40831175 (Chr15)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-225  (102306-102443)   100% ->
226-343  (107419-107536)   100% ->
344-435  (110267-110358)   100% ->
436-530  (120047-120141)   100% ->
531-644  (129953-130066)   100% ->
645-774  (130747-130876)   100% ->
775-896  (131095-131216)   100% ->
897-1017  (132297-132417)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATGCAGATGCAGCTTGAAGCAAATGCAGATACTTCAGTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAATGCAGATGCAGCTTGAAGCAAATGCAGATACTTCAGTGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAAGCTTTGGCCCACAACCCATTTCACGGTTAGAG         CAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 AGAAAGCTTTGGCCCACAACCCATTTCACGGTTAGAGGTA...CAGCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGCATAAATGCCAACGATGTGAAGAAATTGGAAGAAGCTGGATTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102310 GTGGCATAAATGCCAACGATGTGAAGAAATTGGAAGAAGCTGGATTCCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGTGGAGGCTGTTGCCTATGCGCCAAAGAAGGAGCTAATAAATATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102360 ACTGTGGAGGCTGTTGCCTATGCGCCAAAGAAGGAGCTAATAAATATTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGAATTAGTGAAGCCAAAGCTGATAAAATTCTG         GCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102410 GGGAATTAGTGAAGCCAAAGCTGATAAAATTCTGGTA...CAGGCTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGCTAAATTAGTTCCAATGGGTTTCACCACTGCAACTGAATTCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107426 CAGCTAAATTAGTTCCAATGGGTTTCACCACTGCAACTGAATTCCACCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGCGGTCAGAGATCATACAGATTACTACTGGCTCCAAAGAGCTTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107476 AGGCGGTCAGAGATCATACAGATTACTACTGGCTCCAAAGAGCTTGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTACTTCAAG         GTGGAATTGAGACTGGATCTATCACAGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107526 ACTACTTCAAGGTG...TAGGTGGAATTGAGACTGGATCTATCACAGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTTTGGAGAATTCCGAACTGGGAAGACCCAGATCTGTCATACGCTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110297 TGTTTGGAGAATTCCGAACTGGGAAGACCCAGATCTGTCATACGCTAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCACCTGCCAG         CTTCCCATTGACCGGGGTGGAGGTGAAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110347 GTCACCTGCCAGGTG...TAGCTTCCCATTGACCGGGGTGGAGGTGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAGGCCATGTACATTGACACTGAGGGTACCTTTAGGCCAGAACGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120076 AAAGGCCATGTACATTGACACTGAGGGTACCTTTAGGCCAGAACGGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGCAGTGGCTGAGAG         GTATGGTCTCTCTGGCAGTGATGTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120126 TGGCAGTGGCTGAGAGGTA...TAGGTATGGTCTCTCTGGCAGTGATGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGATAATGTAGCATATGCTCGAGCGTTCAACACAGACCACCAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129978 CTGGATAATGTAGCATATGCTCGAGCGTTCAACACAGACCACCAGACCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTCCTTTATCAAGCATCAGCCATGATGGTAGAATCTAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 130028 GCTCCTTTATCAAGCATCAGCCATGATGGTAGAATCTAGGTA...TAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGCACTGCTTATTGTAGACAGTGCCACCGCCCTTTACAGAACAGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130749 ATGCACTGCTTATTGTAGACAGTGCCACCGCCCTTTACAGAACAGACTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCGGGTCGAGGTGAGCTTTCAGCCAGGCAGATGCACTTGGCCAGGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130799 TCGGGTCGAGGTGAGCTTTCAGCCAGGCAGATGCACTTGGCCAGGTTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCGGATGCTTCTGCGACTCGCTGATGAG         TTTGGTGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 130849 GCGGATGCTTCTGCGACTCGCTGATGAGGTA...CAGTTTGGTGTAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGTAATCACTAATCAGGTGGTAGCTCAAGTGGATGGAGCAGCGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131108 TGGTAATCACTAATCAGGTGGTAGCTCAAGTGGATGGAGCAGCGATGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTGCTGATCCCAAAAAACCTATTGGAGGAAATATCATCGCCCATGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131158 GCTGCTGATCCCAAAAAACCTATTGGAGGAAATATCATCGCCCATGCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AACAACCAG         ATTGTATCTGAGGAAAGGAAGAGGGGAAACCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 131208 AACAACCAGGTA...CAGATTGTATCTGAGGAAAGGAAGAGGGGAAACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAATCTGCAAAATCTACGACTCTCCCTGTCTTCCTGAAGCTGAAGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132329 GAATCTGCAAAATCTACGACTCTCCCTGTCTTCCTGAAGCTGAAGCTATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    979 TTCGCCATTAATGCAGATGGAGTGGGAGATGCCAAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132379 TTCGCCATTAATGCAGATGGAGTGGGAGATGCCAAAGAC