seq1 = pF1KB6417.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KB6417/gi568815595f_38038662.tfa (gi568815595f:38038662_38241283), 202622 bp

>pF1KB6417 927
>gi568815595f:38038662_38241283 (Chr3)

1-367  (100001-100367)   100% ->
368-502  (101203-101337)   100% ->
503-683  (101727-101907)   100% ->
684-775  (102096-102187)   100% ->
776-927  (102471-102622)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGACCCGACCGCGCTGAGGCTCCAGGACCGCCCGCCATGGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGACCCGACCGCGCTGAGGCTCCAGGACCGCCCGCCATGGCTGCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGTCCCGGCGCGGGGTCTGCGGCCCCGGTCTCCTCCACATCCTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTCCCGGCGCGGGGTCTGCGGCCCCGGTCTCCTCCACATCCTCCCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGGCTGCTCTCAACATGCGAGTGCGGCGCCGCCTGTCTCTGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGGCTGCTCTCAACATGCGAGTGCGGCGCCGCCTGTCTCTGTTCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACGTGCGGACACAGGTGGCGGCCGACTGGACCGCGCTGGCGGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACGTGCGGACACAGGTGGCGGCCGACTGGACCGCGCTGGCGGAGGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACTTTGAGTACTTGGAGATCCGGCAACTGGAGACACAAGCGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACTTTGAGTACTTGGAGATCCGGCAACTGGAGACACAAGCGGACCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGGCAGGCTGCTGGACGCCTGGCAGGGACGCCCTGGCGCCTCTGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGGCAGGCTGCTGGACGCCTGGCAGGGACGCCCTGGCGCCTCTGTAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGACTGCTCGAGCTGCTTACCAAGCTGGGCCGCGACGACGTGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGACTGCTCGAGCTGCTTACCAAGCTGGGCCGCGACGACGTGCTGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGGACCCAGCATTG         AGGAGGATTGCCAAAAGTATATCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGGGACCCAGCATTGGTG...CAGAGGAGGATTGCCAAAAGTATATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAAGCAGCAGCAGGAGGAGGCTGAGAAGCCTTTACAGGTGGCCGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101227 TGAAGCAGCAGCAGGAGGAGGCTGAGAAGCCTTTACAGGTGGCCGCTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACAGCAGTGTCCCACGGACAGCAGAGCTGGCGGGCATCACCACACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101277 GACAGCAGTGTCCCACGGACAGCAGAGCTGGCGGGCATCACCACACTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGACCCCCTGG         GGCATATGCCTGAGCGTTTCGATGCCTTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101327 TGACCCCCTGGGTA...CAGGGCATATGCCTGAGCGTTTCGATGCCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTGCTATTGCCCCAGCGACATCCAGTTTGTGCAGGAGATGATCCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101757 TCTGCTATTGCCCCAGCGACATCCAGTTTGTGCAGGAGATGATCCGGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGAACAGACAAACTATCGACTGAAGTTGTGTGTGTCTGACCGCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101807 CTGGAACAGACAAACTATCGACTGAAGTTGTGTGTGTCTGACCGCGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTGCCTGGCACCTGTGTCTGGTCTATTGCTAGTGAGCTCATCGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101857 CCTGCCTGGCACCTGTGTCTGGTCTATTGCTAGTGAGCTCATCGAAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 G         GTGCCGCCGGATGGTGGTGGTTGTCTCTGATGATTACCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101907 GGTT...TAGGTGCCGCCGGATGGTGGTGGTTGTCTCTGATGATTACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGAGCAAGGAATGTGACTTCCAGACCAAATTTGCACTCAGCCTCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102136 CAGAGCAAGGAATGTGACTTCCAGACCAAATTTGCACTCAGCCTCTCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AG         GTGCCCATCAGAAGCGACTGATCCCCATCAAGTACAAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102186 AGGTA...CAGGTGCCCATCAGAAGCGACTGATCCCCATCAAGTACAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAATGAAGAAAGAGTTCCCCAGCATCCTGAGGTTCATCACTGTCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102510 CAATGAAGAAAGAGTTCCCCAGCATCCTGAGGTTCATCACTGTCTGCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TACACCAACCCCTGCACCAAATCTTGGTTCTGGACTCGCCTTGCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102560 TACACCAACCCCTGCACCAAATCTTGGTTCTGGACTCGCCTTGCCAAGGC

    950     .    :
    915 CTTGTCCCTGCCC
        |||||||||||||
 102610 CTTGTCCCTGCCC