seq1 = pF1KB6414.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KB6414/gi568815588f_130036421.tfa (gi568815588f:130036421_130279389), 242969 bp

>pF1KB6414 1005
>gi568815588f:130036421_130279389 (Chr10)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-201  (108791-108899)   100% ->
202-276  (123575-123649)   100% ->
277-478  (124376-124577)   100% ->
479-651  (130087-130259)   100% ->
652-713  (130499-130560)   100% ->
714-771  (133013-133070)   100% ->
772-824  (135164-135216)   100% ->
825-864  (138447-138486)   100% ->
865-957  (138577-138669)   100% ->
958-1005  (142922-142969)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGGGGCGGCTGAGGCAGCTGTAGCGGCCGTGGAGGAGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGGGGCGGCTGAGGCAGCTGTAGCGGCCGTGGAGGAGGTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGCCGGGCAGTTTGAGGAGCTGCTGCGCCTCAAAGCCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CTCAGCCGGGCAGTTTGAGGAGCTGCTGCGCCTCAAAGCCAAGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GTCCCTCCTTGTGGTCCATTTCTGGGCACCATGGGCTCCACAGTGTGCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108790 GGTCCCTCCTTGTGGTCCATTTCTGGGCACCATGGGCTCCACAGTGTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGATGAACGAAGTTATGGCAGAGTTAGCTAAAGAACTCCCTCAAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108840 CAGATGAACGAAGTTATGGCAGAGTTAGCTAAAGAACTCCCTCAAGTTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTTGTGAAG         TTGGAAGCTGAAGGTGTTCCTGAAGTATCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108890 ATTTGTGAAGGTA...AAGTTGGAAGCTGAAGGTGTTCCTGAAGTATCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAAATATGAAATTAGCTCTGTTCCCACTTTTCTGTTTTTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123606 AAAAATATGAAATTAGCTCTGTTCCCACTTTTCTGTTTTTCAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    AATTCTCAGAAAATCGACCGATTAGATGGTGCACATGCCCCAGAGTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124373 TAGAATTCTCAGAAAATCGACCGATTAGATGGTGCACATGCCCCAGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACCAAAAAAGTTCAGCGACATGCATCTAGTGGCTCCTTCCTACCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124423 GACCAAAAAAGTTCAGCGACATGCATCTAGTGGCTCCTTCCTACCCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTAATGAACATCTTAAAGAAGATCTCAACCTTCGCTTGAAGAAATTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124473 CTAATGAACATCTTAAAGAAGATCTCAACCTTCGCTTGAAGAAATTGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGCTGCCCCCTGCATGCTGTTTATGAAAGGAACTCCTCAAGAACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124523 CATGCTGCCCCCTGCATGCTGTTTATGAAAGGAACTCCTCAAGAACCACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGTG         GTTTCAGCAAGCAGATGGTGGAAATTCTTCACAAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124573 CTGTGGTA...CAGGTTTCAGCAAGCAGATGGTGGAAATTCTTCACAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATAATATTCAGTTTAGCAGTTTTGATATCTTCTCAGATGAAGAGGTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130123 ATAATATTCAGTTTAGCAGTTTTGATATCTTCTCAGATGAAGAGGTTCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGGACTCAAAGCCTATTCCAGTTGGCCTACCTATCCTCAGCTCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130173 CAGGGACTCAAAGCCTATTCCAGTTGGCCTACCTATCCTCAGCTCTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCTGGAGAGCTCATAGGAGGACTTGATATAATTAAG         GAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 130223 TTCTGGAGAGCTCATAGGAGGACTTGATATAATTAAGGTT...TAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGAAGCATCTGAAGAACTAGATACAATTTGTCCCAAAGCTCCCAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130503 TAGAAGCATCTGAAGAACTAGATACAATTTGTCCCAAAGCTCCCAAATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGAAAG         GCTCAAAGTGCTGACAAATAAAGCTTCTGTGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 130553 GAGGAAAGGTA...TAGGCTCAAAGTGCTGACAAATAAAGCTTCTGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTCTTTATGAAAGGAAACAAACAG         GAAGCAAAATGTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 133046 GCTCTTTATGAAAGGAAACAAACAGGTA...TAGGAAGCAAAATGTGGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAGCAAACAAATTCTGGAAATACTAAATAGTACTGG         TGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 135180 TCAGCAAACAAATTCTGGAAATACTAAATAGTACTGGGTA...CAGTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAATATGAAACATTCGATATATTGGAGGATGAAGAA         GTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 138451 GAATATGAAACATTCGATATATTGGAGGATGAAGAAGTA...TAGGTTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCAAGGATTAAAAGCTTACTCAAATTGGCCAACATACCCTCAGCTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138582 GCAAGGATTAAAAGCTTACTCAAATTGGCCAACATACCCTCAGCTGTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGAAAGGGGAGCTGGTGGGAGGATTGGATATTGTGAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138632 TGAAAGGGGAGCTGGTGGGAGGATTGGATATTGTGAAGGTA...TAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    961 CTGAAAGAAAATGGTGAATTGCTGCCTATACTGAGAGGAGAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142925 CTGAAAGAAAATGGTGAATTGCTGCCTATACTGAGAGGAGAAAAT