seq1 = pF1KB6411.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KB6411/gi568815582f_29976378.tfa (gi568815582f:29976378_30185059), 208682 bp

>pF1KB6411 921
>gi568815582f:29976378_30185059 (Chr16)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-150  (104882-104933)   100% ->
151-201  (106107-106157)   100% ->
202-303  (106369-106470)   100% ->
304-477  (107017-107190)   100% ->
478-604  (107278-107404)   100% ->
605-794  (108289-108478)   100% ->
795-921  (108556-108682)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGATCAGCGACCTGGACCGGCAGATCGAGCAGCTGCGTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGATCAGCGACCTGGACCGGCAGATCGAGCAGCTGCGTCGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGCTCATCAAGGAGAGCGAAGTCAAGGCCCTGTGCGCTAAGGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 CGAGCTCATCAAGGAGAGCGAAGTCAAGGCCCTGTGCGCTAAGGCCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        AGAGATCTTGGTAGAGGAGAGCAACGTGCAGAGGGTGGACTCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 G...CAGAGAGATCTTGGTAGAGGAGAGCAACGTGCAGAGGGTGGACTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGTCACA         GTGTGCGGCGACATCCATGGACAATTCTATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104925 CCAGTCACAGTG...CAGGTGTGCGGCGACATCCATGGACAATTCTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCAAAGAGCTGTTCAGA         GTAGGTGGCGACGTCCCTGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106139 CCTCAAAGAGCTGTTCAGAGTA...CAGGTAGGTGGCGACGTCCCTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCAACTACCTCTTCATGGGGGACTTTGTGGACCGTGGCTTCTATAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106391 CCAACTACCTCTTCATGGGGGACTTTGTGGACCGTGGCTTCTATAGCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAACGTTCCTCCTGCTGCTGGCACTTAAG         GTTCGCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106441 GAAACGTTCCTCCTGCTGCTGGCACTTAAGGTG...CAGGTTCGCTATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGATCGCATCACACTGATCCGGGGCAACCATGAGAGTCGCCAGATCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107028 TGATCGCATCACACTGATCCGGGGCAACCATGAGAGTCGCCAGATCACGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGTCTATGGCTTCTACGATGAGTGCCTGCGCAAGTACGGCTCGGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107078 AGGTCTATGGCTTCTACGATGAGTGCCTGCGCAAGTACGGCTCGGTGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGTGGCGCTACTGCACTGAGATCTTTGACTACCTCAGCCTGTCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107128 GTGTGGCGCTACTGCACTGAGATCTTTGACTACCTCAGCCTGTCAGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCGATGGCAAG         ATCTTCTGCGTGCACGGGGGCCTCTCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107178 CATCGATGGCAAGGTA...TAGATCTTCTGCGTGCACGGGGGCCTCTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTCCATCCAGACCCTGGATCAGATTCGGACAATCGACCGAAAGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107306 CCTCCATCCAGACCCTGGATCAGATTCGGACAATCGACCGAAAGCAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGCCTCATGATGGGCCCATGTGTGACCTCCTCTGGTCTGACCCAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107356 GTGCCTCATGATGGGCCCATGTGTGACCTCCTCTGGTCTGACCCAGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605         ACACCACAGGCTGGGGCGTGAGCCCCCGAGGAGCCGGCTACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107406 TG...CAGACACCACAGGCTGGGGCGTGAGCCCCCGAGGAGCCGGCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TATTTGGCAGTGACGTGGTGGCCCAGTTCAACGCAGCCAATGACATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108331 TATTTGGCAGTGACGTGGTGGCCCAGTTCAACGCAGCCAATGACATTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGATCTGCCGTGCCCACCAACTGGTGATGGAAGGTTACAAGTGGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108381 ATGATCTGCCGTGCCCACCAACTGGTGATGGAAGGTTACAAGTGGCACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAATGAGACGGTGCTCACTGTGTGGTCGGCACCCAACTACTGCTACCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108431 CAATGAGACGGTGCTCACTGTGTGGTCGGCACCCAACTACTGCTACCGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795        CTGTGGGAATGTGGCAGCCATCTTGGAGCTGGACGAGCATCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108481 G...CAGCTGTGGGAATGTGGCAGCCATCTTGGAGCTGGACGAGCATCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGAAAGATTTCATCATCTTTGAGGCTGCTCCCCAAGAGACACGGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108599 CAGAAAGATTTCATCATCTTTGAGGCTGCTCCCCAAGAGACACGGGGCAT

    950     .    :    .    :    .    :
    888 CCCCTCCAAGAAGCCCGTGGCCGACTACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108649 CCCCTCCAAGAAGCCCGTGGCCGACTACTTCCTG