seq1 = pF1KB6409.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KB6409/gi568815592f_142047288.tfa (gi568815592f:142047288_142318640), 271353 bp

>pF1KB6409 921
>gi568815592f:142047288_142318640 (Chr6)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-207  (118941-119035)   100% ->
208-335  (122263-122390)   100% ->
336-411  (123059-123134)   100% ->
412-520  (142139-142247)   100% ->
521-697  (151152-151328)   100% ->
698-778  (156698-156778)   100% ->
779-921  (171211-171353)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGCTTGCACCGCTGCCCCCGCTCCCCGCACAGTTCAAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGCTTGCACCGCTGCCCCCGCTCCCCGCACAGTTCAAGAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGCATCATCTGAGGACGGCTCAGGAGCATGACAAGCGAGACCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGCATCATCTGAGGACGGCTCAGGAGCATGACAAGCGAGACCCTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCTTATTACT         GTCGTTTATACGCAATGCAGACTGGAATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCTTATTACTGTG...TAGGTCGTTTATACGCAATGCAGACTGGAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATCGATAGTAAAACTCCTGAATGTCGCAAATTTTTATCAAAGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118970 AAGATCGATAGTAAAACTCCTGAATGTCGCAAATTTTTATCAAAGTTAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATCAGTTAGAAGCT         CTAAAGAAGCAGTTGGGTGATAATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119020 GGATCAGTTAGAAGCTGTA...TAGCTAAAGAAGCAGTTGGGTGATAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGCTATTACTCAAGAAATAGTGGGCTGTGCCCATTTGGAGAATTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122288 AAGCTATTACTCAAGAAATAGTGGGCTGTGCCCATTTGGAGAATTATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGAAAATGTTTTTGTATGCAGACAATGAAGATCGTGCTGGACGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122338 TTGAAAATGTTTTTGTATGCAGACAATGAAGATCGTGCTGGACGATTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAA         AAACATGATCAAGTCCTTCTATACTGCAAGTCTTTTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122388 CAAGTA...CAGAAACATGATCAAGTCCTTCTATACTGCAAGTCTTTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGATGTCATAACAGTATTTGGAGAACTCACTGATGAA         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123097 TAGATGTCATAACAGTATTTGGAGAACTCACTGATGAAGTG...TAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGAAACACAGGAAGTATGCCAGATGGAAGGCAACATACATCCATAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142142 GTGAAACACAGGAAGTATGCCAGATGGAAGGCAACATACATCCATAATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTAAAGAATGGGGAGACTCCTCAAGCAGGCCCTGTTGGAATTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142192 TTTAAAGAATGGGGAGACTCCTCAAGCAGGCCCTGTTGGAATTGAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATAATG         ATATTGAAGAAAATGAAGATGCTGGAGCAGCCTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142242 ATAATGGTA...TAGATATTGAAGAAAATGAAGATGCTGGAGCAGCCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGCCCACTCAGCCAACTCAGCCATCATCATCTTCAACTTATGACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151187 CTGCCCACTCAGCCAACTCAGCCATCATCATCTTCAACTTATGACCCAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAACATGCCATCAGGCAACTATACTGGAATACAGATTCCTCCGGGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151237 CAACATGCCATCAGGCAACTATACTGGAATACAGATTCCTCCGGGTGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACGCTCCAGCTAATACACCAGCAGAAGTGCCTCACAGCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 151287 ACGCTCCAGCTAATACACCAGCAGAAGTGCCTCACAGCACAGGTG...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698  GTGTAGCAAGTAATACTATCCAACCTACTCCACAGACTATACCTGCCAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156697 GGTGTAGCAAGTAATACTATCCAACCTACTCCACAGACTATACCTGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGATCCCGCACTTTTCAATACAATTTCCCAGG         GGGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 156747 TGATCCCGCACTTTTCAATACAATTTCCCAGGGTA...TAGGGGATGTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTCTAACCCCAGAAGACTTTGCTAGAGCTCAGAAGTACTGCAAATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171220 GTCTAACCCCAGAAGACTTTGCTAGAGCTCAGAAGTACTGCAAATATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCAGTGCTTTGCAGTATGAAGATGTAAGCACTGCTGTCCAGAATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171270 GGCAGTGCTTTGCAGTATGAAGATGTAAGCACTGCTGTCCAGAATCTACA

    950     .    :    .    :    .    :
    888 AAAGGCTCTCAAGTTACTGACGACAGGCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171320 AAAGGCTCTCAAGTTACTGACGACAGGCAGAGAA