seq1 = pF1KB6408.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KB6408/gi568815597r_160510751.tfa (gi568815597r:160510751_160746945), 236195 bp

>pF1KB6408 1005
>gi568815597r:160510751_160746945 (Chr1)

(complement)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-415  (109417-109755)   100% ->
416-700  (112049-112333)   100% ->
701-790  (122761-122850)   100% ->
791-864  (127097-127170)   100% ->
865-957  (134366-134458)   100% ->
958-1005  (136148-136195)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCCAAGGGGCTCCTCTCCTTGACCTTCGTGCTGTTTCTCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCCAAGGGGCTCCTCTCCTTGACCTTCGTGCTGTTTCTCTCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTTTTGGGGCAAGCTACGGAACAG         GTGGGCGCATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GGCTTTTGGGGCAAGCTACGGAACAGGTG...CAGGTGGGCGCATGATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGCCCAAAGATTCTCCGGCAGTTGGGAAGCAAAGTGCTGCTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109432 ACTGCCCAAAGATTCTCCGGCAGTTGGGAAGCAAAGTGCTGCTGCCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACATATGAAAGGATAAATAAGAGCATGAACAAAAGCATCCACATTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109482 ACATATGAAAGGATAAATAAGAGCATGAACAAAAGCATCCACATTGTCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACAATGGCAAAATCACTGGAGAACAGTGTCGAGAACAAAATAGTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109532 CACAATGGCAAAATCACTGGAGAACAGTGTCGAGAACAAAATAGTGTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGATCCATCCGAAGCAGGCCCTCCACGTTATCTAGGAGATCGCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109582 TTGATCCATCCGAAGCAGGCCCTCCACGTTATCTAGGAGATCGCTACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTTATCTGGAGAATCTCACCCTGGGGATACGGGAAAGCAGGAAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109632 TTTTATCTGGAGAATCTCACCCTGGGGATACGGGAAAGCAGGAAGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAGGGATGGTACCTTATGACCCTGGAGAAAAATGTTTCAGTTCAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109682 TGAGGGATGGTACCTTATGACCCTGGAGAAAAATGTTTCAGTTCAGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTTGCCTGCAGTTGAGGCTTTATG         AGCAGGTCTCCACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109732 TTTGCCTGCAGTTGAGGCTTTATGGTA...CAGAGCAGGTCTCCACTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAATTAAAGTTTTAAACAAGACCCAGGAGAACGGGACCTGCACCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112066 GAAATTAAAGTTTTAAACAAGACCCAGGAGAACGGGACCTGCACCTTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTGGGCTGCACAGTGGAGAAGGGGGACCATGTGGCTTACAGCTGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112116 ACTGGGCTGCACAGTGGAGAAGGGGGACCATGTGGCTTACAGCTGGAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAAAGGCGGGCACCCACCCACTGAACCCAGCCAACAGCTCCCACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112166 AAAAGGCGGGCACCCACCCACTGAACCCAGCCAACAGCTCCCACCTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCCTCACCCTCGGCCCCCAGCATGCTGACAATATCTACATCTGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112216 TCCCTCACCCTCGGCCCCCAGCATGCTGACAATATCTACATCTGCACCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAGCAACCCTATCAGCAACAATTCCCAGACCTTCAGCCCGTGGCCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112266 GAGCAACCCTATCAGCAACAATTCCCAGACCTTCAGCCCGTGGCCCGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCAGGACAGACCCCTCAG         AAACAAAACCATGGGCAGTGTAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112316 GCAGGACAGACCCCTCAGGTG...CAGAAACAAAACCATGGGCAGTGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCTGGGCTGTTAGGGGGTGTCATCATGATTCTCATCATGGTGGTAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122784 GCTGGGCTGTTAGGGGGTGTCATCATGATTCTCATCATGGTGGTAATACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACAGTTGAGAAGAAGAG         GTAAAACGAACCATTACCAGACAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 122834 ACAGTTGAGAAGAAGAGGTA...CAGGTAAAACGAACCATTACCAGACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGTGGAAAAAAAAAGCCTTACGATCTATGCCCAAGTCCAGAAACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127121 CAGTGGAAAAAAAAAGCCTTACGATCTATGCCCAAGTCCAGAAACCAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865          CCTCTTCAGAAGAAACTTGACTCCTTCCCAGCTCAGGACCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127171 GTA...TAGCCTCTTCAGAAGAAACTTGACTCCTTCCCAGCTCAGGACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTGCACCACCATATATGTTGCTGCCACAGAGCCTGTCCCAGAGTCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134407 TTGCACCACCATATATGTTGCTGCCACAGAGCCTGTCCCAGAGTCTGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AG         GAAACAAATTCCATCACAGTCTATGCTAGTGTGACACTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134457 AGGTG...CAGGAAACAAATTCCATCACAGTCTATGCTAGTGTGACACTT

   1050     .
    997 CCAGAGAGC
        |||||||||
 136187 CCAGAGAGC