seq1 = pF1KB6406.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KB6406/gi568815590f_42238625.tfa (gi568815590f:42238625_42471654), 233030 bp

>pF1KB6406 1005
>gi568815590f:42238625_42471654 (Chr8)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-119  (100388-100445)   100% ->
120-186  (106329-106395)   100% ->
187-261  (110392-110466)   100% ->
262-320  (111383-111441)   100% ->
321-370  (113895-113944)   100% ->
371-422  (116892-116943)   100% ->
423-477  (118545-118599)   100% ->
478-550  (118696-118768)   100% ->
551-621  (122671-122741)   100% ->
622-708  (123988-124074)   100% ->
709-773  (130647-130711)   100% ->
774-913  (131225-131364)   100% ->
914-1005  (132939-133030)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAAACGGAAGGCGCCGCAGGAGACTCTCAACGGGGGAATCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAAACGGAAGGCGCCGCAGGAGACTCTCAACGGGGGAATCACCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGCTCACAG         AACTCGCAAACTTTGAGAAGAACGTGAGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGCTCACAGGTT...CAGAACTCGCAAACTTTGAGAAGAACGTGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCTATCCACAAGTACAATGCTTACAG         AAAAGCAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100418 AAGCTATCCACAAGTACAATGCTTACAGGTG...TAGAAAAGCAGCATCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTTATAGCAAAATACCCACACAAAATAAAGAGTGGAGCTGAAGCTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106342 GTTATAGCAAAATACCCACACAAAATAAAGAGTGGAGCTGAAGCTAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTG         CCTGGAGTAGGAACAAAAATTGCTGAAAAGATTGATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106392 ATTGGTA...TAGCCTGGAGTAGGAACAAAAATTGCTGAAAAGATTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGTTTTTAGCAACTGGAAAATTACGTAAACTGGAAAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110429 AGTTTTTAGCAACTGGAAAATTACGTAAACTGGAAAAGGTA...AAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CGGCAGGATGATACGAGTTCATCCATCAATTTCCTGACTCGAGTTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111386 CGGCAGGATGATACGAGTTCATCCATCAATTTCCTGACTCGAGTTAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATTGG         TCCATCTGCTGCAAGGAAGTTTGTAGATGAAGGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111436 CATTGGGTA...TAGTCCATCTGCTGCAAGGAAGTTTGTAGATGAAGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTAAAACACTAGAAG         ATCTCAGAAAAAATGAAGATAAATTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113930 TTAAAACACTAGAAGGTG...CAGATCTCAGAAAAAATGAAGATAAATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 AACCATCATCAGCGAATTGGGCTGAA         ATATTTTGGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116918 AACCATCATCAGCGAATTGGGCTGAAGTA...TAGATATTTTGGGGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 TGAAAAAAGAATTCCTCGTGAAGAGATGTTACAAATGCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118560 TGAAAAAAGAATTCCTCGTGAAGAGATGTTACAAATGCAAGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 ATATTGTACTAAATGAAGTTAAAAAAGTGGATTCTGAATACATTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118697 ATATTGTACTAAATGAAGTTAAAAAAGTGGATTCTGAATACATTGCTACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 GTCTGTGGCAGTTTCAGAAGAG         GTGCAGAGTCCAGTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118747 GTCTGTGGCAGTTTCAGAAGAGGTA...CAGGTGCAGAGTCCAGTGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 CATGGATGTTCTCCTGACCCATCCCAGCTTCACTTCAGAATCAACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122690 CATGGATGTTCTCCTGACCCATCCCAGCTTCACTTCAGAATCAACCAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 AG         CCAAAACTGTTACATCAGGTTGTGGAGCAGTTACAAAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122740 AGGTG...CAGCCAAAACTGTTACATCAGGTTGTGGAGCAGTTACAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 GTTCATTTTATCACAGATACCCTGTCAAAGGGTGAGACAAAGTTCATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124027 GTTCATTTTATCACAGATACCCTGTCAAAGGGTGAGACAAAGTTCATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709        GGTGTTTGCCAGCTTCCCAGTAAAAATGATGAAAAAGAATATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124077 A...TAGGGTGTTTGCCAGCTTCCCAGTAAAAATGATGAAAAAGAATATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 CACACAGAAGAATTGATATCAG         GTTGATACCCAAAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 130690 CACACAGAAGAATTGATATCAGGTA...TAGGTTGATACCCAAAGATCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793 TATTACTGTGGTGTTCTCTATTTCACTGGGAGTGATATTTTCAATAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131244 TATTACTGTGGTGTTCTCTATTTCACTGGGAGTGATATTTTCAATAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 TATGAGGGCTCATGCCCTAGAAAAGGGTTTCACAATCAATGAGTACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131294 TATGAGGGCTCATGCCCTAGAAAAGGGTTTCACAATCAATGAGTACACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TCCGTCCCTTGGGAGTCACTG         GAGTTGCAGGAGAACCCCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 131344 TCCGTCCCTTGGGAGTCACTGGTG...CAGGAGTTGCAGGAGAACCCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 CCAGTGGATAGTGAAAAAGACATCTTTGATTACATCCAGTGGAAATACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132959 CCAGTGGATAGTGAAAAAGACATCTTTGATTACATCCAGTGGAAATACCG

   1100     .    :    .    :
    984 GGAACCCAAGGACCGGAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||
 133009 GGAACCCAAGGACCGGAGCGAA