seq1 = pF1KB6405.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KB6405/gi568815586r_123521759.tfa (gi568815586r:123521759_123732447), 210689 bp

>pF1KB6405 915
>gi568815586r:123521759_123732447 (Chr12)

(complement)

13-115  (100001-100103)   100% ->
116-252  (101915-102051)   100% ->
253-369  (102163-102279)   100% ->
370-482  (105292-105404)   100% ->
483-551  (105955-106023)   100% ->
552-627  (107586-107661)   100% ->
628-753  (109687-109812)   100% ->
754-915  (110528-110689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 GAGTTAATTGAATACTTTAAGTCTCAGATGAAAGAAGATCCTGACATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GAGTTAATTGAATACTTTAAGTCTCAGATGAAAGAAGATCCTGACATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 CTCAGCAGTGGCTGCCATCCGGACGTTGCTGGAGTTCTTGAAGAGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGCAGTGGCTGCCATCCGGACGTTGCTGGAGTTCTTGAAGAGAGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 AAG         GGGAGACAATCCAGGGTCTGAGGGCGAATCTCACCAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGTA...CAGGGGAGACAATCCAGGGTCTGAGGGCGAATCTCACCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 GCCATAGAAACCCTGTGTGGTGTGGACTCCTCTGTGGCAGTGTCCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101953 GCCATAGAAACCCTGTGTGGTGTGGACTCCTCTGTGGCAGTGTCCTCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    204 CGGGGAGCTCTTCCTCCGCTTCATCAGTCTTGCCTCCCTGGAATACTCC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102003 CGGGGAGCTCTTCCTCCGCTTCATCAGTCTTGCCTCCCTGGAATACTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253         GATTACTCCAAATGTAAAAAGATCATGATTGAGCGGGGAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102053 TA...TAGGATTACTCCAAATGTAAAAAGATCATGATTGAGCGGGGAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 CTTTTTCTCAGGAGAATATCACTGTCAAGAAACAAAATTGCAGATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102205 CTTTTTCTCAGGAGAATATCACTGTCAAGAAACAAAATTGCAGATCTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 CCATACTTTCATCAAAGATGGAGCG         ACAATATTGACTCACG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102255 CCATACTTTCATCAAAGATGGAGCGGTG...CAGACAATATTGACTCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 CCTACTCCAGAGTGGTCCTGAGAGTCCTGGAAGCAGCCGTGGCGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105308 CCTACTCCAGAGTGGTCCTGAGAGTCCTGGAAGCAGCCGTGGCGGCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 AAGCGATTTAGTGTATACGTCACAGAGTCACAGCCTGATTTGTCAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105358 AAGCGATTTAGTGTATACGTCACAGAGTCACAGCCTGATTTGTCAGGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483       TAAGAAAATGGCCAAAGCCCTCTGCCACCTCAACGTCCCTGTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105408 ...CAGTAAGAAAATGGCCAAAGCCCTCTGCCACCTCAACGTCCCTGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527 CTGTGGTGCTAGATGCTGCTGTCGG         CTACATCATGGAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105999 CTGTGGTGCTAGATGCTGCTGTCGGGTG...TAGCTACATCATGGAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568 GCAGATCTTGTCATAGTTGGTGCTGAAGGAGTTGTTGAAAACGGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107602 GCAGATCTTGTCATAGTTGGTGCTGAAGGAGTTGTTGAAAACGGAGGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618 TATTAACAAG         ATTGGAACCAACCAGATGGCTGTGTGTGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107652 TATTAACAAGGTA...CAGATTGGAACCAACCAGATGGCTGTGTGTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659 AAGCACAGAACAAACCTTTCTATGTGGTTGCAGAAAGTTTCAAGTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109718 AAGCACAGAACAAACCTTTCTATGTGGTTGCAGAAAGTTTCAAGTTTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709 CGGCTCTTTCCACTAAACCAGCAAGACGTCCCAGATAAGTTTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109768 CGGCTCTTTCCACTAAACCAGCAAGACGTCCCAGATAAGTTTAAGGCA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754     TATAAGGCAGACACTCTCAAGGTCGCGCAGACTGGACAAGACCTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109818 .CAGTATAAGGCAGACACTCTCAAGGTCGCGCAGACTGGACAAGACCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 AAGAGGAGCATCCGTGGGTCGACTACACTGCCCCTTCCTTAATCACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110574 AAGAGGAGCATCCGTGGGTCGACTACACTGCCCCTTCCTTAATCACTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 CTGTTTACAGACCTGGGCGTGCTGACACCCTCAGCAGTCAGCGATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110624 CTGTTTACAGACCTGGGCGTGCTGACACCCTCAGCAGTCAGCGATGAGCT

    950     .    :    .
    900 CATCAAGCTCTATCTG
        ||||||||||||||||
 110674 CATCAAGCTCTATCTG