seq1 = pF1KB6404.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KB6404/gi568815589f_134039878.tfa (gi568815589f:134039878_134257990), 218113 bp

>pF1KB6404 1002
>gi568815589f:134039878_134257990 (Chr9)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-190  (100826-100934)   100% ->
191-264  (101633-101706)   100% ->
265-354  (102072-102161)   100% ->
355-444  (102456-102545)   100% ->
445-528  (102759-102842)   100% ->
529-584  (108411-108466)   100% ->
585-631  (112106-112152)   100% ->
632-707  (114589-114664)   100% ->
708-741  (115463-115496)   100% ->
742-816  (115816-115890)   100% ->
817-904  (116629-116716)   100% ->
905-1002  (118016-118113)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGGAGGAGAAGAAGCCCGAGACCGAGGCCGCCAGAGCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACGGAGGAGAAGAAGCCCGAGACCGAGGCCGCCAGAGCACAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCCCTTCGTCATCCGCCACTCAGAGCAAG         CCTACACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 AACCCCTTCGTCATCCGCCACTCAGAGCAAGGTG...CAGCCTACACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGCCAAACTATGCTCTAAAGTTCACCCTTGCTGGCCACACCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100836 TGAAGCCAAACTATGCTCTAAAGTTCACCCTTGCTGGCCACACCAAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTCCTCCGTGAAATTCAGCCCGAATGGAGAGTGGCTGGCAAGTTCAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100886 GTGTCCTCCGTGAAATTCAGCCCGAATGGAGAGTGGCTGGCAAGTTCATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         CTGCTGATAAACTTATTAAAATTTGGGGCGCGTATGATGGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 TA...CAGCTGCTGATAAACTTATTAAAATTTGGGGCGCGTATGATGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTTGAGAAAACCATATCTGGTCACAAGCTG         GGAATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101675 AATTTGAGAAAACCATATCTGGTCACAAGCTGGTA...AAGGGAATATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGTAGCCTGGTCGTCAGATTCTAACCTTCTTGTTTCTGCCTCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102081 GATGTAGCCTGGTCGTCAGATTCTAACCTTCTTGTTTCTGCCTCAGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAAACCTTGAAGATATGGGACGTGAGCTCG         GGCAAGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102131 CAAAACCTTGAAGATATGGGACGTGAGCTCGGTA...TAGGGCAAGTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAAAACCCTGAAGGGACACAGTAATTATGTCTTTTGCTGCAACTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102466 TGAAAACCCTGAAGGGACACAGTAATTATGTCTTTTGCTGCAACTTCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCCCAGTCCAACCTTATTGTCTCAGGATCC         TTTGACGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102516 CCCCAGTCCAACCTTATTGTCTCAGGATCCGTA...CAGTTTGACGAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CGTGAGGATATGGGATGTGAAAACAGGGAAGTGCCTCAAGACTTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102770 CGTGAGGATATGGGATGTGAAAACAGGGAAGTGCCTCAAGACTTTGCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCACTCGGATCCAGTCTCGGCC         GTTCATTTTAATCGTGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102820 CTCACTCGGATCCAGTCTCGGCCGTA...TAGGTTCATTTTAATCGTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGATCCTTGATAGTTTCAAGTAGCTATGATGGTCTCTG         TCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108429 GGATCCTTGATAGTTTCAAGTAGCTATGATGGTCTCTGGTA...AAGTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CATCTGGGACACCGCCTCAGGCCAGTGCCTGAAGACGCTCATCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112109 CATCTGGGACACCGCCTCAGGCCAGTGCCTGAAGACGCTCATCGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632    ATGACGACAACCCCCCCGTGTCTTTTGTGAAGTTCTCCCCGAACGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114586 CAGATGACGACAACCCCCCCGTGTCTTTTGTGAAGTTCTCCCCGAACGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AAATACATCCTGGCCGCCACGCTGGACAA         CACTCTGAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114636 AAATACATCCTGGCCGCCACGCTGGACAAGTG...CAGCACTCTGAAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CTGGGACTACAGCAAGGGGAAG         TGCCTGAAGACGTACACTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 115475 CTGGGACTACAGCAAGGGGAAGGTG...CAGTGCCTGAAGACGTACACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 GCCACAAGAATGAGAAATACTGCATATTTGCCAATTTCTCTGTTACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115835 GCCACAAGAATGAGAAATACTGCATATTTGCCAATTTCTCTGTTACTGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GGGAAG         TGGATTGTGTCTGGCTCAGAGGATAACCTTGTTTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115885 GGGAAGGTG...TAGTGGATTGTGTCTGGCTCAGAGGATAACCTTGTTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 CATCTGGAACCTTCAGACGAAAGAGATTGTACAGAAACTACAAGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116664 CATCTGGAACCTTCAGACGAAAGAGATTGTACAGAAACTACAAGGCCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 CAG         ATGTCGTGATCTCAACAGCTTGTCACCCAACAGAAAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116714 CAGGTG...CAGATGTCGTGATCTCAACAGCTTGTCACCCAACAGAAAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 ATCATCGCCTCTGCTGCGCTAGAAAATGACAAAACAATTAAACTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118054 ATCATCGCCTCTGCTGCGCTAGAAAATGACAAAACAATTAAACTGTGGAA

   1100     .    :
    993 GAGTGACTGC
        ||||||||||
 118104 GAGTGACTGC