seq1 = pF1KB6403.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KB6403/gi568815593r_65570249.tfa (gi568815593r:65570249_65820807), 250559 bp

>pF1KB6403 912
>gi568815593r:65570249_65820807 (Chr5)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-204  (107744-107847)   100% ->
205-274  (112250-112319)   100% ->
275-374  (116430-116529)   100% ->
375-479  (135336-135440)   100% ->
480-618  (140014-140152)   100% ->
619-681  (140252-140314)   100% ->
682-719  (148527-148564)   100% ->
720-803  (148810-148893)   100% ->
804-912  (150451-150559)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCATCTATCAAGCACCTGGTTTATGCAGTTATTCGTTTCTTACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCATCTATCAAGCACCTGGTTTATGCAGTTATTCGTTTCTTACGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAAAGTCAGATGGACACTTACACCTCGGATGAACAAGAAAGTTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAAAGTCAGATGGACACTTACACCTCGGATGAACAAGAAAGTTTGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          TTGCAATTCAGTGCTTGGAGACAGTTTTTAAGATCAGCCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...AAGTTGCAATTCAGTGCTTGGAGACAGTTTTTAAGATCAGCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGATACACACCTAGCAGTTTCACAGCCTTTGACAGAAATGTTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107785 GAAGATACACACCTAGCAGTTTCACAGCCTTTGACAGAAATGTTTACCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCCTTCTGTAAG         AATGACGTTCTGCCCCTTTCAAACTCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107835 TTCCTTCTGTAAGGTA...CAGAATGACGTTCTGCCCCTTTCAAACTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCCTGAAGATGTGGGAAAAGCTGACCAATTAAAAGATGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112278 TGCCTGAAGATGTGGGAAAAGCTGACCAATTAAAAGATGAAGGTG...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  GCAATAACCACATGAAAGAAGAAAATTATGCTGCTGCAGTGGATTGTTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116429 GGCAATAACCACATGAAAGAAGAAAATTATGCTGCTGCAGTGGATTGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACACAGGCAATAGAATTGGATCCCAATAATGCAGTTTACTATTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116479 CACACAGGCAATAGAATTGGATCCCAATAATGCAGTTTACTATTGCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 G         GGCTGCTGCTCAGAGCAAATTAGGTCACTACACAGATGCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116529 GGTA...TAGGGCTGCTGCTCAGAGCAAATTAGGTCACTACACAGATGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATAAAGGATTGTGAAAAAGCAATAGCAATTGATTCAAAGTACAGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135376 ATAAAGGATTGTGAAAAAGCAATAGCAATTGATTCAAAGTACAGCAAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTATGGGAGAATGGG         GCTGGCCCTCACTGCCTTGAATAAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 135426 CTATGGGAGAATGGGGTA...CAGGCTGGCCCTCACTGCCTTGAATAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGAAGAAGCAGTTACAAGTTATCAAAAGGCATTAGATCTTGACCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140040 TTGAAGAAGCAGTTACAAGTTATCAAAAGGCATTAGATCTTGACCCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGATTCCTATAAGTCAAATCTGAAAATAGCAGAACAGAAGTTAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140090 AATGATTCCTATAAGTCAAATCTGAAAATAGCAGAACAGAAGTTAAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTATCCAGTCCT         ACAGGAACTGGACTGAGCTTTGACATGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 140140 GGTATCCAGTCCTGTA...CAGACAGGAACTGGACTGAGCTTTGACATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTAGCTTGATAAATAATCCAGCCTTCATTAGTATG         GCGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 140280 CTAGCTTGATAAATAATCCAGCCTTCATTAGTATGGTG...CAGGCGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGTTTAATGCAGAACCCTCAAGTTCAACAGCT         AATGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 148533 AGTTTAATGCAGAACCCTCAAGTTCAACAGCTGTA...TAGAATGTCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AATGATGACAAATGCCATTGGGGGACCTGCTGCTGGAGTTGGGGGCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148819 AATGATGACAAATGCCATTGGGGGACCTGCTGCTGGAGTTGGGGGCCTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CTGACCTGTCAAGCCTCATCCAAGC         GGGACAGCAGTTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 148869 CTGACCTGTCAAGCCTCATCCAAGCGTA...CAGGGGACAGCAGTTTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAGCAGATACAGCAACAAAATCCTGAACTTATAGAGCAACTGAGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150467 CAGCAGATACAGCAACAAAATCCTGAACTTATAGAGCAACTGAGAAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CATCCGGAGCAGATCATTCAGCAGCAGCGCTGAAGAGCATTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150517 CATCCGGAGCAGATCATTCAGCAGCAGCGCTGAAGAGCATTCC