seq1 = pF1KB6402.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB6402/gi568815589f_87627604.tfa (gi568815589f:87627604_87831104), 203501 bp

>pF1KB6402 999
>gi568815589f:87627604_87831104 (Chr9)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-249  (100424-100546)   100% ->
250-396  (100647-100793)   100% ->
397-621  (100982-101206)   100% ->
622-784  (101970-102132)   100% ->
785-902  (102778-102895)   100% ->
903-999  (103405-103501)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGATGCACAACAGATTATACGGCATG         AATGAAGAAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CGATGCACAACAGATTATACGGCATGGTT...TAGAATGAAGAAGGATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACATGAAGATGATTGAACTGCACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100439 AGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACATGAAGATGATTGAACTGCACAATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100489 GGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGACATG         ACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100539 GAGACATGGTA...AAGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100680 TTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100730 TTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGTGAAGAATCAG         GGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100780 CTGTGAAGAATCAGGTG...CAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 AGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 TATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 ATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101159 GATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622        GAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 A...AAGGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102013 ACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102063 GTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTCCTGTTCTATAAAGAAG         GCATTTATTTTGAGCCAGACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102113 CTTCCTGTTCTATAAAGAAGGTA...CAGGCATTTATTTTGAGCCAGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102799 GTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102849 GAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903       CTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102899 ...CAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103449 AAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACT

   1050 
    997 GTG
        |||
 103499 GTG