seq1 = pF1KB6401.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KB6401/gi568815596f_188383429.tfa (gi568815596f:188383429_188694008), 310580 bp

>pF1KB6401 912
>gi568815596f:188383429_188694008 (Chr2)

1-28  (94275-94302)   100% ->
29-90  (100003-100064)   100% ->
91-162  (139328-139399)   100% ->
163-261  (145669-145767)   100% ->
262-399  (157753-157890)   100% ->
400-516  (185811-185927)   100% ->
517-609  (186600-186692)   100% ->
610-748  (200837-200975)   100% ->
749-843  (204427-204521)   100% ->
844-912  (210512-210580)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCGTGCTTTTAGCAGGAAGAAAG         ACAAAACATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  94275 ATGAACCGTGCTTTTAGCAGGAAGAAAGGTA...CAGACAAAACATGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCATACACCTGAAGCTTTATCAAAACATTTCATTCCCTATAATGCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100016 GCATACACCTGAAGCTTTATCAAAACATTTCATTCCCTATAATGCAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91         TTTCTTGGCAGTACAGAAGTGGAACAGCCAAAAGGAACAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 TA...CAGTTTCTTGGCAGTACAGAAGTGGAACAGCCAAAAGGAACAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTTGTGAGAGATGCTGTAAGGAAACTAAAG         TTTGCAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 139370 GTTGTGAGAGATGCTGTAAGGAAACTAAAGGTA...TAGTTTGCAAGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TATCAAGAAATCTGAAGGCCAGAAAATTCCTAAAGTGGAGTTGCAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145680 TATCAAGAAATCTGAAGGCCAGAAAATTCCTAAAGTGGAGTTGCAAATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAATTTATGGAGTAAAAATTCTAGAACCCAAAACAAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 145730 CAATTTATGGAGTAAAAATTCTAGAACCCAAAACAAAGGTA...CAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GTTCAACACAATTGCCAGCTTCATAGAATATCTTTTTGTGCAGATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157756 GTTCAACACAATTGCCAGCTTCATAGAATATCTTTTTGTGCAGATGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AACTGACAAGAGGATATTCACTTTCATATGCAAAGATTCTGAGTCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157806 AACTGACAAGAGGATATTCACTTTCATATGCAAAGATTCTGAGTCAAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AACATTTGTGCTATGTATTTGACAGCGAAAAGTGT         GCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 157856 AACATTTGTGCTATGTATTTGACAGCGAAAAGTGTGTA...CAGGCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAGATCACTTTAACAATTGGCCAAGCATTTGACCTGGCATACAGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185817 GAGATCACTTTAACAATTGGCCAAGCATTTGACCTGGCATACAGGAAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTAGAATCAGGAGGAAAAGATGTTGAAACAAGAAAACAGATCGCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185867 TCTAGAATCAGGAGGAAAAGATGTTGAAACAAGAAAACAGATCGCAGGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TACAAAAAAGA         ATCCAAGACTTAGAAACAGAAAATATGGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 185917 TACAAAAAAGAGTG...TAGATCCAAGACTTAGAAACAGAAAATATGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTAAAAATAAAGTACAAGATTTGGAAAACCAACTGAGAATAACTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186630 CTTAAAAATAAAGTACAAGATTTGGAAAACCAACTGAGAATAACTCAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATCAGCACCTCCA         GCAGGCAGTATGACACCTAAGTCGCCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 186680 ATCAGCACCTCCAGTG...CAGGCAGGCAGTATGACACCTAAGTCGCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCACTGACATCTTTGATATGATTCCATTTTCTCCAATATCACACCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200865 CCACTGACATCTTTGATATGATTCCATTTTCTCCAATATCACACCAGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCGATGCCTACTCGCAATGGCACACAGCCACCTCCAGTACCTAGTAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200915 TCGATGCCTACTCGCAATGGCACACAGCCACCTCCAGTACCTAGTAGATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TACTGAGATTA         AACGGGACCTGTTTGGAGCAGAACCTTTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 200965 TACTGAGATTAGTA...CAGAACGGGACCTGTTTGGAGCAGAACCTTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACCCATTTAACTGTGGAGCAGCAGATTTCCCTCCAGATATTCAATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204457 ACCCATTTAACTGTGGAGCAGCAGATTTCCCTCCAGATATTCAATCAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTAGATGAGATGCAG         GAGGGGTTCAAAATGGGACTAACTCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 204507 TTAGATGAGATGCAGGTG...CAGGAGGGGTTCAAAATGGGACTAACTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGAAGGCACAGTATTTTGTCTCGACCCGTTAGACAGTAGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210538 TGAAGGCACAGTATTTTGTCTCGACCCGTTAGACAGTAGGTGC