seq1 = pF1KB6391.tfa, 828 bp
seq2 = pF1KB6391/gi568815585f_36902268.tfa (gi568815585f:36902268_37109296), 207029 bp

>pF1KB6391 828
>gi568815585f:36902268_37109296 (Chr13)

1-17  (98539-98555)   100% ->
18-54  (100006-100042)   100% ->
55-118  (100221-100284)   100% ->
119-192  (100667-100740)   100% ->
193-238  (102249-102294)   100% ->
239-344  (103653-103758)   100% ->
345-390  (103848-103893)   100% ->
391-487  (104708-104804)   100% ->
488-608  (105790-105910)   100% ->
609-715  (106462-106568)   100% ->
716-828  (106917-107029)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGGGTTCAA         AACCGTGGAACCTCTGGAGTATTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  98539 ATGGCGGCTGGGTTCAAGTG...CAGAACCGTGGAACCTCTGGAGTATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGGAGATTTCTG         AAAGAGAACTGCCGTCCTGATGGAAGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100030 CAGGAGATTTCTGGTG...TAGAAAGAGAACTGCCGTCCTGATGGAAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACTTGGTGAATTCAGAACCACAACTGTCAACATCG         GTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100249 AACTTGGTGAATTCAGAACCACAACTGTCAACATCGGTA...CAGGTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 ATTAGTACCGCAGATGGTTCTGCTTTAGTGAAGTTGGGAAATACTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100672 ATTAGTACCGCAGATGGTTCTGCTTTAGTGAAGTTGGGAAATACTACAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AATCTGTGGAGTTAAAGCA         GAATTTGCAGCACCATCAACAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100722 AATCTGTGGAGTTAAAGCAGTA...TAGGAATTTGCAGCACCATCAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 ATGCCCCTGATAAAGGATACGTTG         TTCCTAATGTGGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102271 ATGCCCCTGATAAAGGATACGTTGGTA...CAGTTCCTAATGTGGATCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    256 CCACCCCTGTGTTCATCGAGATTCCGGTCTGGACCTCCTGGAGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103670 CCACCCCTGTGTTCATCGAGATTCCGGTCTGGACCTCCTGGAGAAGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CCAAGTGGCTAGCCAGTTCATTGCAGATGTCATTGAAAA         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103720 CCAAGTGGCTAGCCAGTTCATTGCAGATGTCATTGAAAAGTA...AAGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 CACAGATAATTCAGAAAGAGGACTTATGCATTTCTCCAGGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103850 CACAGATAATTCAGAAAGAGGACTTATGCATTTCTCCAGGAAAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391    CTTGTCTGGGTTCTATACTGTGATCTCATTTGCCTCGACTACGATGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104705 TAGCTTGTCTGGGTTCTATACTGTGATCTCATTTGCCTCGACTACGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 AAACATTTTGGATGCCTGCACATTTGCTTTGCTAGCGGCTTTAAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104755 AAACATTTTGGATGCCTGCACATTTGCTTTGCTAGCGGCTTTAAAAAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488          TACAGTTGCCTGAAGTTACTATAAATGAAGAAACTGCTTTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104805 GTA...TAGTACAGTTGCCTGAAGTTACTATAAATGAAGAAACTGCTTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 GCAGAAGTTAATTTAAAGAAGAAAAGTTATTTGAATATTAGAACTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105831 GCAGAAGTTAATTTAAAGAAGAAAAGTTATTTGAATATTAGAACTCATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 AGTTGCAACTTCCTTTGCTGTGTTTGATGA         CACTTTGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105881 AGTTGCAACTTCCTTTGCTGTGTTTGATGAGTA...TAGCACTTTGCTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 TAGTTGACCCTACTGGAGAGGAGGAACATCTGGCAACAGGAACCTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106473 TAGTTGACCCTACTGGAGAGGAGGAACATCTGGCAACAGGAACCTTAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 ATAGTAATGGATGAGGAAGGCAAACTCTGTTGTCTTCACAAACCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106523 ATAGTAATGGATGAGGAAGGCAAACTCTGTTGTCTTCACAAACCAGGCA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    716      GTGGAAGTGGGCTAACTGGAGCTAAACTTCAGGACTGTATGAGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106573 ..CAGGTGGAAGTGGGCTAACTGGAGCTAAACTTCAGGACTGTATGAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 GAGCAGTTACAAGACACAAAGAAGTTAAAAAACTGATGGATGAAGTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106962 GAGCAGTTACAAGACACAAAGAAGTTAAAAAACTGATGGATGAAGTAATT

    900     .    :    .
    811 AAGAGTATGAAACCCAAA
        ||||||||||||||||||
 107012 AAGAGTATGAAACCCAAA