seq1 = pF1KB6389.tfa, 825 bp
seq2 = pF1KB6389/gi568815581r_63902750.tfa (gi568815581r:63902750_64106691), 203942 bp

>pF1KB6389 825
>gi568815581r:63902750_64106691 (Chr17)

(complement)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-328  (101319-101585)   100% ->
329-649  (102728-103048)   100% ->
650-825  (103767-103942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTCTTTCGGTTACAGGACCCTGACTGTGGCCCTCTTCACCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTCTTTCGGTTACAGGACCCTGACTGTGGCCCTCTTCACCCTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCTGTCCAG         GATCGGATGAGAAGGTATTCGAGGTACACG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCTGTCCAGGTA...CAGGATCGGATGAGAAGGTATTCGAGGTACACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGGCCAAAGAAGCTGGCGGTTGAGCCCAAAGGGTCCCTCGAGGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 TGAGGCCAAAGAAGCTGGCGGTTGAGCCCAAAGGGTCCCTCGAGGTCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCAGCACCACCTGTAACCAGCCTGAAGTGGGTGGTCTGGAGACCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 TGCAGCACCACCTGTAACCAGCCTGAAGTGGGTGGTCTGGAGACCTCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATAAGATTCTGCTGGACGAACAGGCTCAGTGGAAACATTACTTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 AGATAAGATTCTGCTGGACGAACAGGCTCAGTGGAAACATTACTTGGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAACATCTCCCATGACACGGTCCTCCAATGCCACTTCACCTGCTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 CAAACATCTCCCATGACACGGTCCTCCAATGCCACTTCACCTGCTCCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCAGGAGTCAATGAATTCCAACGTCAGCGTGTACC         AGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101549 AAGCAGGAGTCAATGAATTCCAACGTCAGCGTGTACCGTG...CAGAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCAAGGCAGGTCATCCTGACACTGCAACCCACTTTGGTGGCTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102732 TCCAAGGCAGGTCATCCTGACACTGCAACCCACTTTGGTGGCTGTGGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTCCTTCACCATTGAGTGCAGGGTGCCCACCGTGGAGCCCCTGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102782 AGTCCTTCACCATTGAGTGCAGGGTGCCCACCGTGGAGCCCCTGGACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCACCCTCTTCCTGTTCCGTGGCAATGAGACTCTGCACTATGAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102832 CTCACCCTCTTCCTGTTCCGTGGCAATGAGACTCTGCACTATGAGACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGGGAAGGCAGCCCCTGCTCCGCAGGAGGCCACAGCCACATTCAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102882 CGGGAAGGCAGCCCCTGCTCCGCAGGAGGCCACAGCCACATTCAACAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGCTGACAGAGAGGATGGCCACCGCAACTTCTCCTGCCTGGCTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102932 CGGCTGACAGAGAGGATGGCCACCGCAACTTCTCCTGCCTGGCTGTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACTTGATGTCTCGCGGTGGCAACATCTTTCACAAACACTCAGCCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102982 GACTTGATGTCTCGCGGTGGCAACATCTTTCACAAACACTCAGCCCCGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GATGTTGGAGATCTATG         AGCCTGTGTCGGACAGCCAGATGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103032 GATGTTGGAGATCTATGGTG...CAGAGCCTGTGTCGGACAGCCAGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCATCATAGTCACGGTGGTGTCGGTGTTGCTGTCCCTGTTCGTGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103791 TCATCATAGTCACGGTGGTGTCGGTGTTGCTGTCCCTGTTCGTGACATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTCCTGCTCTGCTTCATCTTCGGCCAGCACTTGCGCCAGCAGCGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103841 GTCCTGCTCTGCTTCATCTTCGGCCAGCACTTGCGCCAGCAGCGGATGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACCTACGGGGTGCGAGCGGCTTGGAGGAGGCTGCCCCAGGCCTTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103891 CACCTACGGGGTGCGAGCGGCTTGGAGGAGGCTGCCCCAGGCCTTCCGGC

    850 
    824 CA
        ||
 103941 CA