seq1 = pF1KB6384.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KB6384/gi568815580r_36696808.tfa (gi568815580r:36696808_36928767), 231960 bp

>pF1KB6384 900
>gi568815580r:36696808_36928767 (Chr18)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-165  (109795-109874)   100% ->
166-253  (120834-120921)   100% ->
254-382  (123266-123394)   100% ->
383-496  (128457-128570)   100% ->
497-657  (130159-130319)   100% ->
658-900  (131718-131960)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGAGGCATCGTCCCCGGGGCTGGGCTGCAGCAAGCCGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGGAGGCATCGTCCCCGGGGCTGGGCTGCAGCAAGCCGCACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAAGCTGACCCTGGGCATCACGCGCATCCTAG         AATCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 GGAGAAGCTGACCCTGGGCATCACGCGCATCCTAGGTG...CAGAATCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCAGGTGTGACTGAGGTGACCATCATAGAAAAGCCTCCTGCTGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109801 CCCCAGGTGTGACTGAGGTGACCATCATAGAAAAGCCTCCTGCTGAACGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATGATTTCTTCCTGGGAACAA         AAGAATAACTGTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109851 CATATGATTTCTTCCTGGGAACAAGTA...TAGAAGAATAACTGTGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCTGAAGATGTGAAGAACTTTTACCTGATGACCAATGGCTTCCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120851 GCCTGAAGATGTGAAGAACTTTTACCTGATGACCAATGGCTTCCACATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATGGAGTGTGAAGCTGGATG         AGCACATCATTCCACTGGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120901 CATGGAGTGTGAAGCTGGATGGTG...TAGAGCACATCATTCCACTGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCATGGCAATTAACAGCATCTCAAAACTGACTCAGCTCACCCAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123286 AGCATGGCAATTAACAGCATCTCAAAACTGACTCAGCTCACCCAGTCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATGTATTCACTTCCTAATGCACCCACTCTGGCAGACCTGGAGGACGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123336 CATGTATTCACTTCCTAATGCACCCACTCTGGCAGACCTGGAGGACGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CACATGAAG         CCAGTGATGATCAGCCAGAGAAGCCTCACTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123386 CACATGAAGGTA...CAGCCAGTGATGATCAGCCAGAGAAGCCTCACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTCTCGCAGTGTGATATTTGAGCTGGATTCATGCAATGGCAGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128489 GACTCTCGCAGTGTGATATTTGAGCTGGATTCATGCAATGGCAGTGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTTTGCCTTGTCTACAAAAGTGGGAAACCAG         CATTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128539 AGTTTGCCTTGTCTACAAAAGTGGGAAACCAGGTA...CAGCATTAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGACACTGAGATCTGGTTCCTGGACAGAGCGTTATACTGGCATTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130168 AAGACACTGAGATCTGGTTCCTGGACAGAGCGTTATACTGGCATTTTCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAGACACCTTTACTGCCTATTACCGCCTGCTCATCACCCACCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130218 ACAGACACCTTTACTGCCTATTACCGCCTGCTCATCACCCACCTGGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCCCAGTGGCAATATGCCTTCACCAGCTATGGCATTAGCCCACAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130268 GCCCCAGTGGCAATATGCCTTCACCAGCTATGGCATTAGCCCACAGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         CAATGGTTCAGCATGTATAAACCTATCACCTACAACACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130318 AGGTA...CAGCAATGGTTCAGCATGTATAAACCTATCACCTACAACACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACCTGCTCACAGAAGAGACCGACTCCTTTGTGAATAAGCTAGATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131757 AACCTGCTCACAGAAGAGACCGACTCCTTTGTGAATAAGCTAGATCCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAAAGTGTTTAAGAGCAAGAACAAGATCGTAATCCCAAAAAAGAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131807 CAAAGTGTTTAAGAGCAAGAACAAGATCGTAATCCCAAAAAAGAAAGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGTGCAGCCTGCAGGTGGCCAGAAAGGGCCCTCAGGACCCTCCGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131857 CTGTGCAGCCTGCAGGTGGCCAGAAAGGGCCCTCAGGACCCTCCGGTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCACTTCCTCCACTTCTAAATCCTCCTCTGGCTCTGGAAACCCCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131907 TCCACTTCCTCCACTTCTAAATCCTCCTCTGGCTCTGGAAACCCCACCCG

    950 
    897 GAAG
        ||||
 131957 GAAG