seq1 = pF1KB6377.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KB6377/gi568815596r_112675070.tfa (gi568815596r:112675070_112883770), 208701 bp

>pF1KB6377 813
>gi568815596r:112675070_112883770 (Chr2)

(complement)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-96  (101007-101055)   100% ->
97-319  (101945-102167)   100% ->
320-490  (104105-104275)   100% ->
491-615  (105660-105784)   100% ->
616-813  (108504-108701)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAAGTTCCAGACATGTTTGAAGACCTGAAGAACTGTTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGGCCAAAGTTCCAGACATGTTTGAAGACCTGAAGAACTGTTACAGGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       TGAAAATGAAGAAGACAGTTCCTCCATTGATCATCTGTCTCTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ...CAGTGAAAATGAAGAAGACAGTTCCTCCATTGATCATCTGTCTCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCAG         AAATCCTTCTATCATGTAAGCTATGGCCCACTCCAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATCAGGTA...CAGAAATCCTTCTATCATGTAAGCTATGGCCCACTCCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAAGGCTGCATGGATCAATCTGTGTCTCTGAGTATCTCTGAAACCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101981 GAAGGCTGCATGGATCAATCTGTGTCTCTGAGTATCTCTGAAACCTCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACATCCAAGCTTACCTTCAAGGAGAGCATGGTGGTAGTAGCAACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 AACATCCAAGCTTACCTTCAAGGAGAGCATGGTGGTAGTAGCAACCAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAAGGTTCTGAAGAAGAGACGGTTGAGTTTAAGCCAATCCATCACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102081 GGAAGGTTCTGAAGAAGAGACGGTTGAGTTTAAGCCAATCCATCACTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGACCTGGAGGCCATCGCCAATGACTCAGAGGAAG         AAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102131 GATGACCTGGAGGCCATCGCCAATGACTCAGAGGAAGGTA...TAGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCAAGCCTAGGTCAGCACCTTTTAGCTTCCTGAGCAATGTGAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104109 CATCAAGCCTAGGTCAGCACCTTTTAGCTTCCTGAGCAATGTGAAATACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTTTATGAGGATCATCAAATACGAATTCATCCTGAATGACGCCCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104159 ACTTTATGAGGATCATCAAATACGAATTCATCCTGAATGACGCCCTCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAAGTATAATTCGAGCCAATGATCAGTACCTCACGGCTGCTGCATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104209 CAAAGTATAATTCGAGCCAATGATCAGTACCTCACGGCTGCTGCATTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAATCTGGATGAAGCAG         TGAAATTTGACATGGGTGCTTATA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104259 TAATCTGGATGAAGCAGGTA...CAGTGAAATTTGACATGGGTGCTTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTCATCAAAGGATGATGCTAAAATTACCGTGATTCTAAGAATCTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105684 AGTCATCAAAGGATGATGCTAAAATTACCGTGATTCTAAGAATCTCAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCAATTGTATGTGACTGCCCAAGATGAAGACCAACCAGTGCTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105734 ACTCAATTGTATGTGACTGCCCAAGATGAAGACCAACCAGTGCTGCTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         GAGATGCCTGAGATACCCAAAACCATCACAGGTAGTGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105784 GGTC...TAGGAGATGCCTGAGATACCCAAAACCATCACAGGTAGTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAACCTCCTCTTCTTCTGGGAAACTCACGGCACTAAGAACTATTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108544 CCAACCTCCTCTTCTTCTGGGAAACTCACGGCACTAAGAACTATTTCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCAGTTGCCCATCCAAACTTGTTTATTGCCACAAAGCAAGACTACTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108594 TCAGTTGCCCATCCAAACTTGTTTATTGCCACAAAGCAAGACTACTGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTGCTTGGCAGGGGGGCCACCCTCTATCACTGACTTTCAGATACTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108644 GTGCTTGGCAGGGGGGCCACCCTCTATCACTGACTTTCAGATACTGGAAA

    850     .
    806 ACCAGGCG
        ||||||||
 108694 ACCAGGCG