seq1 = pF1KB6375.tfa, 810 bp
seq2 = pF1KB6375/gi568815581r_1421604.tfa (gi568815581r:1421604_1653151), 231548 bp

>pF1KB6375 810
>gi568815581r:1421604_1653151 (Chr17)

(complement)

21-51  (94593-94623)   100% ->
52-197  (100003-100148)   99% ->
198-295  (104765-104860)   95% ->
296-372  (111509-111586)   98% ->
373-456  (114200-114283)   100% ->
457-534  (117634-117711)   100% ->
535-645  (117860-117970)   100% ->
646-768  (118931-119053)   100% ->
769-810  (131507-131548)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     21 TCGAGTAATCCTGCCTGTGTCTGTAGATGAG         TATCAAGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  94593 TCGAGTAATCCTGCCTGTGTCTGTAGATGAGGTA...TAGTATCAAGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 GGCAGCTGTATTCTGTGGCTGAGGCCAGTAAAAATGAAACGGGTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 GGCAGCTGTATTCTGTGGCTGAGGCCAGTAAAAATGAAACGGGTGGTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 GAAGGCGTGGAGGTCCTGGTGAATGAGCCCTACGAGAAGGACGGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 GAAGGCGTGGAGGTCCTGGTGAATGAGCCCTACGAGAAGGACGGTGAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    162 AGGCCAGTACACACATAAGATCTACCACCTGCAGAG         CAAAG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100113 AGGCCAGTACACACACAAGATCTACCACCTGCAGAGGTA...TAGCAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 TACCCACGTTTGTTCGAATGCTGGCCCCAGAGGGAGCCCTGAATATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104770 TACCCACGTTTGTTCGAATGCTGGCCCCAGAGGGAGCCCTGAATATACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 GAGAAAGCCTGGAATGCTTACCCCTACTGCAGAACCGTTATTA       
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | --|>>>...>
 104820 GAGAAAGCCTGGAATGCTTACCCCTACTGCAGAACCGGTG  AGTG...T

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296   CA AATGAGTACATGAAAGAAGACTTTCTGATTAAAATTGAAACCTGG
        >>||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111507 TCCAGAATGAGTACATGAAAGAAGACTTTCTGATTAAAATTGAAACCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343 CACAAACCAGATCTTGGCACGCAGGAGAAT         GTGCATAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111557 CACAAACCAGATCTTGGCACGCAGGAGAATGTG...CAGGTGCATAAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 GGAGCCTGAGGCGTGGAAACACGTGGAAGCCGTATATATAGACATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114211 GGAGCCTGAGGCGTGGAAACACGTGGAAGCCGTATATATAGACATTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434 ATCGAAGCCAAGTGCTCAGCAAG         GATTACAAGGCAGAGGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114261 ATCGAAGCCAAGTGCTCAGCAAGGTA...CAGGATTACAAGGCAGAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475 GACCCAGCAAAATTTAAATCTATCAAAACAGGCCGAGGACCCTTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117652 GACCCAGCAAAATTTAAATCTATCAAAACAGGCCGAGGACCCTTGGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525 CAATTGGAAG         CAAGAGCTTGTAAACCAGAAGGACTGCCCAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117702 CAATTGGAAGGTA...CAGCAAGAGCTTGTAAACCAGAAGGACTGCCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    566 ATATGTGTGCATACAAACTGGTGACCGTCAAGTTCAAGTGGTGGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117891 ATATGTGTGCATACAAACTGGTGACCGTCAAGTTCAAGTGGTGGGGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616 CAGAACAAAGTGGAGAACTTCATCCATAAG         CAAGAGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117941 CAGAACAAAGTGGAGAACTTCATCCATAAGGTA...TAGCAAGAGAGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657 TCTGTTTACAAACTTCCACAGGCAGCTGTTCTGTTGGCTCGATAAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118942 TCTGTTTACAAACTTCCACAGGCAGCTGTTCTGTTGGCTCGATAAGTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707 TTGACCTGACCATGGACGACATTCGAAGGATGGAAGAAGAGACGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118992 TTGACCTGACCATGGACGACATTCGAAGGATGGAAGAAGAGACGAAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757 CAGCTGGATGAA         ATGAGACAAAAGGACCCAGTGAAAGGAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119042 CAGCTGGATGAAGTA...CAGATGAGACAAAAGGACCCAGTGAAAGGAAT

    850     .    :
    798 GACAGCAGATGAC
        |||||||||||||
 131536 GACAGCAGATGAC