seq1 = pF1KB6373.tfa, 810 bp
seq2 = pF1KB6373/gi568815579r_48713178.tfa (gi568815579r:48713178_48936411), 223234 bp

>pF1KB6373 810
>gi568815579r:48713178_48936411 (Chr19)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-127  (100569-100607)   100% ->
128-210  (102054-102136)   100% ->
211-277  (103680-103746)   100% ->
278-369  (104653-104744)   100% ->
370-474  (121271-121375)   100% ->
475-542  (122682-122749)   100% ->
543-639  (122860-122956)   100% ->
640-810  (123064-123234)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACGGGAACGCGCTATGCCGGGAAGGTGGTGGTCGTGACCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACGGGAACGCGCTATGCCGGGAAGGTGGTGGTCGTGACCGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCGCGGCATCGGAGCTGGGATCGTGCGCGCCTTCG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CGGGCGCGGCATCGGAGCTGGGATCGTGCGCGCCTTCGGTG...CAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGCGGGGCCCGAGTGGTTATCTGCGACAAGGATG         AGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100572 ACAGCGGGGCCCGAGTGGTTATCTGCGACAAGGATGGTG...CAGAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGGGGCCGGGCCCTGGAGCAGGAGCTCCCTGGAGCTGTCTTTATCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102059 GGGGGCCGGGCCCTGGAGCAGGAGCTCCCTGGAGCTGTCTTTATCCTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGATGTGACTCAGGAAGATGATGTGAAG         ACCCTGGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102109 TGATGTGACTCAGGAAGATGATGTGAAGGTA...CAGACCCTGGTTTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGACCATCCGCCGATTTGGCCGCCTGGATTGTGTTGTCAACAACGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103693 AGACCATCCGCCGATTTGGCCGCCTGGATTGTGTTGTCAACAACGCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACC         ACCCACCCCCACAGAGGCCTGAGGAGACCTCTGCCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103743 CACCGTG...TAGACCCACCCCCACAGAGGCCTGAGGAGACCTCTGCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGGATTCCGCCAGCTGCTGGAGCTGAACCTACTGGGGACGTACACCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104690 GGGATTCCGCCAGCTGCTGGAGCTGAACCTACTGGGGACGTACACCTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCAAG         CTCGCCCTCCCCTACCTGCGGAAGAGTCAAGGGAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104740 CCAAGGTG...TAGCTCGCCCTCCCCTACCTGCGGAAGAGTCAAGGGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTCATCAACATCTCCAGCCTGGTGGGGGCAATCGGCCAGGCCCAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121307 GTCATCAACATCTCCAGCCTGGTGGGGGCAATCGGCCAGGCCCAGGCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCCCTATGTGGCCACCAAG         GGGGCAGTAACAGCCATGACCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 121357 TCCCTATGTGGCCACCAAGGTA...CAGGGGGCAGTAACAGCCATGACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGCTTTGGCCCTGGATGAAAGTCCATATGGTGTCCGAGTCAACTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 122704 AAGCTTTGGCCCTGGATGAAAGTCCATATGGTGTCCGAGTCAACTGGTG.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    543      TATCTCCCCAGGAAACATCTGGACCCCGCTGTGGGAGGAGCTGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122754 ..TAGTATCTCCCCAGGAAACATCTGGACCCCGCTGTGGGAGGAGCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGCCTTAATGCCAGACCCTAGGGCCACAATCCGAGAGGGCATGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122905 AGCCTTAATGCCAGACCCTAGGGCCACAATCCGAGAGGGCATGCTGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AG         CCACTGGGCCGCATGGGCCAGCCCGCTGAGGTCGGGGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122955 AGGTA...CAGCCACTGGGCCGCATGGGCCAGCCCGCTGAGGTCGGGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCGGCAGTGTTCCTGGCCTCCGAAGCCAACTTCTGCACGGGCATTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123103 GCGGCAGTGTTCCTGGCCTCCGAAGCCAACTTCTGCACGGGCATTGAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCTCGTGACGGGGGGTGCAGAGCTGGGGTACGGGTGCAAGGCCAGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123153 GCTCGTGACGGGGGGTGCAGAGCTGGGGTACGGGTGCAAGGCCAGTCGGA

    850     .    :    .    :    .    :
    779 GCACCCCCGTGGACGCCCCCGATATCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 123203 GCACCCCCGTGGACGCCCCCGATATCCCTTCC