seq1 = pF1KB6369.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KB6369/gi568815593r_65418478.tfa (gi568815593r:65418478_65654907), 236430 bp

>pF1KB6369 807
>gi568815593r:65418478_65654907 (Chr5)

(complement)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-168  (102359-102415)   100% ->
169-241  (103272-103344)   100% ->
242-288  (112060-112106)   100% ->
289-371  (125709-125791)   100% ->
372-470  (125891-125989)   100% ->
471-597  (126330-126456)   100% ->
598-651  (133380-133433)   100% ->
652-807  (136275-136430)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCAGGAGGATCTAGATCCGGATAGTACTACAGATGTGGGAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCAGGAGGATCTAGATCCGGATAGTACTACAGATGTGGGAGATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACAAATACTGAAGAAGAACTTATTAGAGAATGTGAAGAAATGTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACAAATACTGAAGAAGAACTTATTAGAGAATGTGAAGAAATGTGGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATATGGAAGAA         TGTCAGAATAAATTATCACTTATTGGAACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATATGGAAGAAGTA...AAGTGTCAGAATAAATTATCACTTATTGGAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAACACTCACCGATTCAAATGCTCAG         CTATCATTGTTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102389 GAAACACTCACCGATTCAAATGCTCAGGTA...TAGCTATCATTGTTAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATGCAAGTAAAATGTTTAACCGCTGAACTCAGTCAATGGCAGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103286 TATGCAAGTAAAATGTTTAACCGCTGAACTCAGTCAATGGCAGAAAAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACCTGAAA         CAATTCCCTTGACTGAAGACGTTCTCATAACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103336 CACCTGAAAGTA...TAGCAATTCCCTTGACTGAAGACGTTCTCATAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTAGGAAAAGAAGAG         TTCCAAAAGCTGAGACAAGATCTTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112092 TTAGGAAAAGAAGAGGTA...TAGTTCCAAAAGCTGAGACAAGATCTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AATGGTACTGTCCACTAAGGAGTCAAAGAATGAAAAGTTAAAGGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125735 AATGGTACTGTCCACTAAGGAGTCAAAGAATGAAAAGTTAAAGGAAGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAGAAAG         GGAACAACGGTGGTTGGATGAACAGCAACAGATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125785 TAGAAAGGTT...AAGGGAACAACGGTGGTTGGATGAACAGCAACAGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATGGAATCTCTTAATGTACTACACAGTGAATTGAAAAATAAGGTTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125925 ATGGAATCTCTTAATGTACTACACAGTGAATTGAAAAATAAGGTTGAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTTTCTGAATCAAG         AATCTTTAATGAACTGAAAACTAAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125975 ATTTTCTGAATCAAGGTA...TAGAATCTTTAATGAACTGAAAACTAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGCTTAATATAAAAGAATATAAGGAGAAACTCTTGAGTACCTTGGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126356 TGCTTAATATAAAAGAATATAAGGAGAAACTCTTGAGTACCTTGGGCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTCTAGAAGACCATTTTCCTCTGCCTGATAGAAGTGTTAAAAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126406 TTTCTAGAAGACCATTTTCCTCTGCCTGATAGAAGTGTTAAAAAGAAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 G         AAAAACATTCAAGAATCATCTGTAAACCTGATAACACTGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126456 GGTA...AAGAAAAACATTCAAGAATCATCTGTAAACCTGATAACACTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGAAATGTTAGAG         ATTCTTATAAATAGATTATTTGATGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 133420 ATGAAATGTTAGAGGTA...TAGATTCTTATAAATAGATTATTTGATGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCACATGATCCATATGTCAAAATTAGTGATTCCTTTTGGCCACCTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136302 CCACATGATCCATATGTCAAAATTAGTGATTCCTTTTGGCCACCTTATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGAGCTGCTGCTGCGTAATGGAATTGCCTTGAGACATCCAGAAGATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136352 TGAGCTGCTGCTGCGTAATGGAATTGCCTTGAGACATCCAGAAGATCCAA

    850     .    :    .    :    .
    779 CCCGAATAAGATTAGAAGCTTTCCATCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 136402 CCCGAATAAGATTAGAAGCTTTCCATCAG