seq1 = pF1KB6367.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KB6367/gi568815596r_112730364.tfa (gi568815596r:112730364_112936229), 205866 bp

>pF1KB6367 807
>gi568815596r:112730364_112936229 (Chr2)

(complement)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-99  (100613-100664)   100% ->
100-301  (102655-102856)   100% ->
302-466  (103404-103568)   100% ->
467-597  (104808-104938)   100% ->
598-807  (105657-105866)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAGTACCTGAGCTCGCCAGTGAAATGATGGCTTATTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGGCAGAAGTACCTGAGCTCGCCAGTGAAATGATGGCTTATTACAGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       TGGCAATGAGGATGACTTGTTCTTTGAAGCTGATGGCCCTAAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ...CAGTGGCAATGAGGATGACTTGTTCTTTGAAGCTGATGGCCCTAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGATGAAG         TGCTCCTTCCAGGACCTGGACCTCTGCCCTCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100657 AGATGAAGGTA...CAGTGCTCCTTCCAGGACCTGGACCTCTGCCCTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATGGCGGCATCCAGCTACGAATCTCCGACCACCACTACAGCAAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102688 GATGGCGGCATCCAGCTACGAATCTCCGACCACCACTACAGCAAGGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGCAGGCCGCGTCAGTTGTTGTGGCCATGGACAAGCTGAGGAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102738 CAGGCAGGCCGCGTCAGTTGTTGTGGCCATGGACAAGCTGAGGAAGATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTTCCCTGCCCACAGACCTTCCAGGAGAATGACCTGAGCACCTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102788 TGGTTCCCTGCCCACAGACCTTCCAGGAGAATGACCTGAGCACCTTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCTTCATCTTTGAAGAAG         AACCTATCTTCTTCGACACATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102838 CCCTTCATCTTTGAAGAAGGTA...CAGAACCTATCTTCTTCGACACATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGATAACGAGGCTTATGTGCACGATGCACCTGTACGATCACTGAACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103426 GGATAACGAGGCTTATGTGCACGATGCACCTGTACGATCACTGAACTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGCTCCGGGACTCACAGCAAAAAAGCTTGGTGATGTCTGGTCCATATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103476 CGCTCCGGGACTCACAGCAAAAAAGCTTGGTGATGTCTGGTCCATATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGAAAGCTCTCCACCTCCAGGGACAGGATATGGAGCAACAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103526 CTGAAAGCTCTCCACCTCCAGGGACAGGATATGGAGCAACAAGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    467   TGGTGTTCTCCATGTCCTTTGTACAAGGAGAAGAAAGTAATGACAAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104806 AGTGGTGTTCTCCATGTCCTTTGTACAAGGAGAAGAAAGTAATGACAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACCTGTGGCCTTGGGCCTCAAGGAAAAGAATCTGTACCTGTCCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104856 TACCTGTGGCCTTGGGCCTCAAGGAAAAGAATCTGTACCTGTCCTGCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGAAAGATGATAAGCCCACTCTACAGCTGGAG         AGTGTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104906 TTGAAAGATGATAAGCCCACTCTACAGCTGGAGGTA...CAGAGTGTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCCCAAAAATTACCCAAAGAAGAAGATGGAAAAGCGATTTGTCTTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105665 TCCCAAAAATTACCCAAAGAAGAAGATGGAAAAGCGATTTGTCTTCAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGATAGAAATCAATAACAAGCTGGAATTTGAGTCTGCCCAGTTCCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105715 AGATAGAAATCAATAACAAGCTGGAATTTGAGTCTGCCCAGTTCCCCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGGTACATCAGCACCTCTCAAGCAGAAAACATGCCCGTCTTCCTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105765 TGGTACATCAGCACCTCTCAAGCAGAAAACATGCCCGTCTTCCTGGGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACCAAAGGCGGCCAGGATATAACTGACTTCACCATGCAATTTGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105815 GACCAAAGGCGGCCAGGATATAACTGACTTCACCATGCAATTTGTGTCTT

    850 
    806 CC
        ||
 105865 CC