seq1 = pF1KB6366.tfa, 894 bp
seq2 = pF1KB6366/gi568815594f_185043373.tfa (gi568815594f:185043373_185246968), 203596 bp

>pF1KB6366 894
>gi568815594f:185043373_185246968 (Chr4)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-598  (101392-101878)   100% ->
599-739  (102387-102527)   100% ->
740-894  (103442-103596)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGATCACGCTTGGAGCTTCCTAAAGGACTTCCTGGCCGGGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGATCACGCTTGGAGCTTCCTAAAGGACTTCCTGGCCGGGGGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCTGCCGTCTCCAAGACCGCGGTCGCCCCCATCGAGAGGGTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCTGCCGTCTCCAAGACCGCGGTCGCCCCCATCGAGAGGGTCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTGCAG         GTCCAGCATGCCAGCAAACAGATCAGTGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCTGCAGGTG...CAGGTCCAGCATGCCAGCAAACAGATCAGTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAAGCAGTACAAAGGGATCATTGATTGTGTGGTGAGAATCCCTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101422 GAGAAGCAGTACAAAGGGATCATTGATTGTGTGGTGAGAATCCCTAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGGGCTTCCTCTCCTTCTGGAGGGGTAACCTGGCCAACGTGATCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101472 GCAGGGCTTCCTCTCCTTCTGGAGGGGTAACCTGGCCAACGTGATCCGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCCCCACCCAAGCTCTCAACTTCGCCTTCAAGGACAAGTACAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101522 ACTTCCCCACCCAAGCTCTCAACTTCGCCTTCAAGGACAAGTACAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCTTCTTAGGGGGTGTGGATCGGCATAAGCAGTTCTGGCGCTACTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 CTCTTCTTAGGGGGTGTGGATCGGCATAAGCAGTTCTGGCGCTACTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGTAACCTGGCGTCCGGTGGGGCCGCTGGGGCCACCTCCCTTTGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101622 TGGTAACCTGGCGTCCGGTGGGGCCGCTGGGGCCACCTCCCTTTGCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTACCCGCTGGACTTTGCTAGGACCAGGTTGGCTGCTGATGTGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101672 TCTACCCGCTGGACTTTGCTAGGACCAGGTTGGCTGCTGATGTGGGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCGCCGCCCAGCGTGAGTTCCATGGTCTGGGCGACTGTATCATCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101722 GGCGCCGCCCAGCGTGAGTTCCATGGTCTGGGCGACTGTATCATCAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTCAAGTCTGATGGCCTGAGGGGGCTCTACCAGGGTTTCAACGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 CTTCAAGTCTGATGGCCTGAGGGGGCTCTACCAGGGTTTCAACGTCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCAAGGCATCATTATCTATAGAGCTGCCTACTTCGGAGTCTATGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 TCCAAGGCATCATTATCTATAGAGCTGCCTACTTCGGAGTCTATGATACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCAAGG         GGATGCTGCCTGACCCCAAGAACGTGCACATTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 GCCAAGGGTG...CAGGGATGCTGCCTGACCCCAAGAACGTGCACATTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGTGAGCTGGATGATTGCCCAGAGTGTGACGGCAGTCGCAGGGCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102421 TGTGAGCTGGATGATTGCCCAGAGTGTGACGGCAGTCGCAGGGCTGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTACCCCTTTGACACTGTTCGTCGTAGAATGATGATGCAGTCCGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102471 CCTACCCCTTTGACACTGTTCGTCGTAGAATGATGATGCAGTCCGGCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGGGG         CCGATATTATGTACACGGGGACAGTTGACTGCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102521 AAAGGGGGTA...CAGCCGATATTATGTACACGGGGACAGTTGACTGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAGGAAGATTGCAAAAGACGAAGGAGCCAAGGCCTTCTTCAAAGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103476 GAGGAAGATTGCAAAAGACGAAGGAGCCAAGGCCTTCTTCAAAGGTGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGTCCAATGTGCTGAGAGGCATGGGCGGTGCTTTTGTATTGGTGTTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103526 GGTCCAATGTGCTGAGAGGCATGGGCGGTGCTTTTGTATTGGTGTTGTAT

    900     .    :    .    :
    874 GATGAGATCAAAAAATATGTC
        |||||||||||||||||||||
 103576 GATGAGATCAAAAAATATGTC