seq1 = pF1KB6365.tfa, 804 bp
seq2 = pF1KB6365/gi568815594f_80166825.tfa (gi568815594f:80166825_80386669), 219845 bp

>pF1KB6365 804
>gi568815594f:80166825_80386669 (Chr4)

1-355  (100001-100355)   100% ->
356-459  (108085-108188)   100% ->
460-804  (119501-119845)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTGTCCTTCCTCCTCCTCCTCTTCTTCAGCCACCTGATCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTTGTCCTTCCTCCTCCTCCTCTTCTTCAGCCACCTGATCCTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCTGGGCTCACGGGGAGAAGCGTCTCGCCCCCAAAGGGCAACCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCTGGGCTCACGGGGAGAAGCGTCTCGCCCCCAAAGGGCAACCCGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCTGCCACTGATAGGAACCCTAGAGGCTCCAGCAGCAGACAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCTGCCACTGATAGGAACCCTAGAGGCTCCAGCAGCAGACAGAGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTAGCGCTATGTCTTCCTCTTCTGCCTCCTCCTCCCCCGCAGCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTAGCGCTATGTCTTCCTCTTCTGCCTCCTCCTCCCCCGCAGCTTCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCAGCCAAGGAAGTGGCTTGGAGCAGAGCAGTTTCCAGTGGAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCAGCCAAGGAAGTGGCTTGGAGCAGAGCAGTTTCCAGTGGAGCCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGGCGCCGGACCGGCAGCCTCTACTGCAGAGTGGGCATCGGTTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGGGCGCCGGACCGGCAGCCTCTACTGCAGAGTGGGCATCGGTTTCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCAGATCTACCCGGATGGCAAAGTCAATGGATCCCACGAAGCCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCAGATCTACCCGGATGGCAAAGTCAATGGATCCCACGAAGCCAATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTAA         GTGTTTTGGAAATATTTGCTGTGTCTCAGGGGATTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTTAAGTA...TAGGTGTTTTGGAAATATTTGCTGTGTCTCAGGGGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAGGAATACGAGGAGTTTTCAGCAACAAATTTTTAGCGATGTCAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108121 TAGGAATACGAGGAGTTTTCAGCAACAAATTTTTAGCGATGTCAAAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGAAAACTCCATGCAAGT         GCCAAGTTCACAGATGACTGCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108171 GGAAAACTCCATGCAAGTGTA...TAGGCCAAGTTCACAGATGACTGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTTCAGGGAGCGTTTTCAAGAAAATAGCTATAATACCTATGCCTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119524 GTTCAGGGAGCGTTTTCAAGAAAATAGCTATAATACCTATGCCTCAGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TACATAGAACTGAAAAAACAGGGCGGGAGTGGTATGTGGCCCTGAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119574 TACATAGAACTGAAAAAACAGGGCGGGAGTGGTATGTGGCCCTGAATAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGAGGAAAAGCCAAACGAGGGTGCAGCCCCCGGGTTAAACCCCAGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119624 AGAGGAAAAGCCAAACGAGGGTGCAGCCCCCGGGTTAAACCCCAGCATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCTACCCATTTTCTGCCAAGATTCAAGCAGTCGGAGCAGCCAGAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119674 CTCTACCCATTTTCTGCCAAGATTCAAGCAGTCGGAGCAGCCAGAACTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTTTCACGGTTACTGTTCCTGAAAAGAAAAAGCCACCTAGCCCTATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119724 CTTTCACGGTTACTGTTCCTGAAAAGAAAAAGCCACCTAGCCCTATCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCAAAGATTCCCCTTTCTGCACCTCGGAAAAATACCAACTCAGTGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119774 CCAAAGATTCCCCTTTCTGCACCTCGGAAAAATACCAACTCAGTGAAATA

    800     .    :    .    :
    783 CAGACTCAAGTTTCGCTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||
 119824 CAGACTCAAGTTTCGCTTTGGA