seq1 = pF1KB6363.tfa, 801 bp
seq2 = pF1KB6363/gi568815587f_44494663.tfa (gi568815587f:44494663_44719123), 224461 bp

>pF1KB6363 801
>gi568815587f:44494663_44719123 (Chr11)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-136  (105496-105568)   100% ->
137-261  (110396-110520)   100% ->
262-336  (110693-110767)   100% ->
337-438  (120610-120711)   100% ->
439-642  (123500-123703)   100% ->
643-726  (123978-124061)   98% ->
727-801  (124387-124461)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCAGCCTGTATCAAAGTCACCAAATACTTTCTCTTCCTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTCAGCCTGTATCAAAGTCACCAAATACTTTCTCTTCCTCTTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGATCTTCTTT         ATCCTGGGCGCAGTGATCCTGGGCTTCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGATCTTCTTTGTA...CAGATCCTGGGCGCAGTGATCCTGGGCTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGTGTGGATCCTGGCCGACAAGAGCAGTTTCATCTCTGTCCTGC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105524 GGGTGTGGATCCTGGCCGACAAGAGCAGTTTCATCTCTGTCCTGCGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     AAACCTCCTCCAGCTCGCTTAGGATGGGGGCCTATGTCTTCATCGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105574 .TAGAAACCTCCTCCAGCTCGCTTAGGATGGGGGCCTATGTCTTCATCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGTGGGGGCAGTCACTATGCTCATGGGCTTCCTGGGCTGCATCGGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110442 CGTGGGGGCAGTCACTATGCTCATGGGCTTCCTGGGCTGCATCGGCGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAACGAGGTCCGCTGCCTGCTGGGGCTG         TACTTTGCTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110492 TCAACGAGGTCCGCTGCCTGCTGGGGCTGGTG...CAGTACTTTGCTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCTCCTGATCCTCATTGCCCAGGTGACGGCCGGGGCCCTCTTCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110705 CTGCTCCTGATCCTCATTGCCCAGGTGACGGCCGGGGCCCTCTTCTACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACATGGGCAAG         CTGAAGCAGGAGATGGGCGGCATCGTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110755 CAACATGGGCAAGGTA...CAGCTGAAGCAGGAGATGGGCGGCATCGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGAGCTCATTCGAGACTACAACAGCAGTCGCGAGGACAGCCTGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120638 CTGAGCTCATTCGAGACTACAACAGCAGTCGCGAGGACAGCCTGCAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCTGGGACTACGTGCAGGCTCAG         GTGAAGTGCTGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120688 GCCTGGGACTACGTGCAGGCTCAGGTG...CAGGTGAAGTGCTGCGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGTCAGCTTCTACAACTGGACAGACAACGCTGAGCTCATGAATCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123517 GGTCAGCTTCTACAACTGGACAGACAACGCTGAGCTCATGAATCGCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGTCACCTACCCCTGTTCCTGCGAAGTCAAGGGGGAAGAGGACAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123567 AGGTCACCTACCCCTGTTCCTGCGAAGTCAAGGGGGAAGAGGACAACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTTTCTGTGAGGAAGGGCTTCTGCGAGGCCCCCGGCAACAGGACCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123617 CTTTCTGTGAGGAAGGGCTTCTGCGAGGCCCCCGGCAACAGGACCCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGCAACCACCCTGAGGACTGGCCTGTGTACCAGGAG         GGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123667 TGGCAACCACCCTGAGGACTGGCCTGTGTACCAGGAGGTG...CAGGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATGGAGAAGGTGCAGGCGTGGCTGCAGGAGAACCTGGGCATCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123982 GCATGGAGAAGGTGCAGGCGTGGCTGCAGGAGAACCTGGGCATCATCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCGTGGGCGTGGGTGTGGCCATCGTCGAG         CTCCTGGGGAT
        |||||||||||||||||||||||| |||||>>>...>>>|||||||||||
 124032 GGCGTGGGCGTGGGTGTGGCCATCATCGAGGTC...CAGCTCCTGGGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGTCCTGTCCATCTGCTTGTGCCGGCACGTCCATTCCGAAGACTACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124398 GGTCCTGTCCATCTGCTTGTGCCGGCACGTCCATTCCGAAGACTACAGCA

    850     .    :
    788 AGGTCCCCAAGTAC
        ||||||||||||||
 124448 AGGTCCCCAAGTAC