seq1 = pF1KB6359.tfa, 762 bp
seq2 = pF1KB6359/gi568815581f_42733632.tfa (gi568815581f:42733632_42941575), 207944 bp

>pF1KB6359 762
>gi568815581f:42733632_42941575 (Chr17)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-75  (100713-100745)   100% ->
76-138  (100884-100946)   100% ->
139-243  (101141-101245)   100% ->
244-292  (104018-104066)   100% ->
293-405  (104462-104574)   100% ->
406-474  (105100-105168)   100% ->
475-542  (105314-105381)   100% ->
543-597  (105481-105535)   100% ->
598-684  (105663-105749)   100% ->
685-762  (107867-107944)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGTTGCTGAAGGTGGATCAGGAAGTGAAGCTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGCCTCGTTGCTGAAGGTGGATCAGGAAGTGAAGCTCAAGGTA...TA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  GTTGATTCTTTCAGGGAGCGGATCACAAGTGAG         GCAGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100712 GGTTGATTCTTTCAGGGAGCGGATCACAAGTGAGGTG...TAGGCAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ACTTGGTGGCAAATTTTTTCCCAAAGAAGTTATTAGAACTTGATAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 ACTTGGTGGCAAATTTTTTCCCAAAGAAGTTATTAGAACTTGATAGTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGAAG         GAACCAATCTTAAACATCCATGACCTAACTCAGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100941 CTGAAGGTG...CAGGAACCAATCTTAAACATCCATGACCTAACTCAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCACTCTGACATGAATCTCCCAGTCCCTGACCCCATTCTTCTCACCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 CCACTCTGACATGAATCTCCCAGTCCCTGACCCCATTCTTCTCACCAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCCATGATGGACTGGATGGT         CCCACTTATAAGAAGCGAAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101226 GCCATGATGGACTGGATGGTGTA...TAGCCCACTTATAAGAAGCGAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTGGATGAGTGTGAAGAAGCCTTCCAAG         GAACCAAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104039 TTGGATGAGTGTGAAGAAGCCTTCCAAGGTA...CAGGAACCAAGGTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TGTGATGCCCAATGGGATGCTGAAAAGCAACCAGCAGCTGGTGGACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 TGTGATGCCCAATGGGATGCTGAAAAGCAACCAGCAGCTGGTGGACATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTGAGAAAGTGAAACCTGAGATCCGGCTGTTGATTGAGAAATGTAACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104525 TTGAGAAAGTGAAACCTGAGATCCGGCTGTTGATTGAGAAATGTAACACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406          GTCAAAATGTGGGTACAGCTCCTGATTCCCAGGATAGAAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 GTG...CAGGTCAAAATGTGGGTACAGCTCCTGATTCCCAGGATAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGGAAACAACTTTGGGGTGTCCATTCAG         GAGGAAACAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105141 TGGAAACAACTTTGGGGTGTCCATTCAGGTA...TAGGAGGAAACAGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 CAGAGCTAAGAACTGTTGAGAGTGAAGCTGCATCTTATCTGGACCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105327 CAGAGCTAAGAACTGTTGAGAGTGAAGCTGCATCTTATCTGGACCAGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 TCTAG         ATATTATATTACAAGAGCCAAATTGGTTTCTAAAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105377 TCTAGGTA...CAGATATTATATTACAAGAGCCAAATTGGTTTCTAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 AGCTAAATATCCCCATGTG         GAGGACTATCGCCGCACCGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105517 AGCTAAATATCCCCATGTGGTA...CAGGAGGACTATCGCCGCACCGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 CAGAGATTGATGAGAAAGAATATATCAGCCTTCGGCTCATCATATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105685 CAGAGATTGATGAGAAAGAATATATCAGCCTTCGGCTCATCATATCAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 CTGAGGAATCAATAT         GTCACTCTACATGACATGATCCTGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105735 CTGAGGAATCAATATGTG...CAGGTCACTCTACATGACATGATCCTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 AAATATCGAGAAGATCAAACGGCCCCGGAGCAGCAATGCAGAGACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107893 AAATATCGAGAAGATCAAACGGCCCCGGAGCAGCAATGCAGAGACTCTGT

    850 
    761 AC
        ||
 107943 AC