seq1 = pF1KB6353.tfa, 798 bp
seq2 = pF1KB6353/gi568815592r_32418555.tfa (gi568815592r:32418555_32630224), 211670 bp

>pF1KB6353 798
>gi568815592r:32418555_32630224 (Chr6)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-370  (108051-108320)   100% ->
371-652  (110574-110855)   100% ->
653-763  (111559-111669)   100% ->
764-788  (112148-112172)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGTTCCTACATGGCAAAGCTGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGTTCCTACATGGCAAAGCTGACAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          CACGTTTCTTGCAGCAGGATAAGTATGAGTGTCATTTCTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGCACGTTTCTTGCAGCAGGATAAGTATGAGTGTCATTTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGGGACGGAGCGGGTGCGGTTCCTGCACAGAGACATCTATAACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108092 AACGGGACGGAGCGGGTGCGGTTCCTGCACAGAGACATCTATAACCAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGACTTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108142 GGAGGACTTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTGGGGCGGCCTGACGCTGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108192 AGCTGGGGCGGCCTGACGCTGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACTTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGACAGGCGCGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108242 GAAGACAGGCGCGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAG         TTGAGCCTAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108292 TGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTG...TAGTTGAGCCTAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACTGTGTATCCTGCAAGGACCCAGACCCTGCAGCACCACAACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110586 TGACTGTGTATCCTGCAAGGACCCAGACCCTGCAGCACCACAACCTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCTGCTCTGTGAATGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110636 GTCTGCTCTGTGAATGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGGAACAGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110686 CCGGAACAGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGAATGGAGACTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110736 AGAATGGAGACTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGAAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGCGTGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110786 CGAAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGCGTGACGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCTCTCACAGTGGAATGGA         GAGCACAGTCTGAATCTGCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110836 CCCTCTCACAGTGGAATGGAGTG...CAGGAGCACAGTCTGAATCTGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTTGTGCTGGGCCTGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111580 AGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTTGTGCTGGGCCTGCTCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTTGGGGCCGGGCTATTCATCTACTTCAAGAATCAGAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111630 CTTGGGGCCGGGCTATTCATCTACTTCAAGAATCAGAAAGGTG...CAGG

    800     .    :    .    :
    765 GCACTCTGGACTTCACCCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||
 112149 GCACTCTGGACTTCACCCAACAGG