seq1 = pF1KB6352.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KB6352/gi568815582f_28481070.tfa (gi568815582f:28481070_28691703), 210634 bp

>pF1KB6352 879
>gi568815582f:28481070_28691703 (Chr16)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-151  (103844-103919)   100% ->
152-224  (104579-104651)   100% ->
225-289  (108031-108095)   100% ->
290-419  (109027-109156)   100% ->
420-566  (109227-109373)   100% ->
567-602  (109562-109597)   100% ->
603-765  (109704-109866)   100% ->
766-879  (110521-110634)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTCGTGTCTGCCGATTCCCGCATTGCAGAACTTCTCACAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTCGTGTCTGCCGATTCCCGCATTGCAGAACTTCTCACAGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATCAGCTGATCAAACAAACCCAG         GAAGAGCGTTCGCGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 CCATCAGCTGATCAAACAAACCCAGGTA...CAGGAAGAGCGTTCGCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGAACACAACTTAGTGAACATCCAGAAGACCCATGAGCGGATGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103860 GCGAACACAACTTAGTGAACATCCAGAAGACCCATGAGCGGATGCAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAACAAGA         TTTCTCCCTATTACCGGACAAAGCTGCGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103910 GAGAACAAGAGTG...CAGTTTCTCCCTATTACCGGACAAAGCTGCGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCTACACAACCGCCAAGGCCGATGCAGAGGCTGAGTGCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104610 CCTCTACACAACCGCCAAGGCCGATGCAGAGGCTGAGTGCAAGTG...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    225  CATCCTTCGGAAAGCTCTGGACAAGATCGCGGAAATCAAGTCTCTGTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108030 GCATCCTTCGGAAAGCTCTGGACAAGATCGCGGAAATCAAGTCTCTGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGAGAGGCGGATTG         CGGCCAAGATTGCCGGTCTCTACAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108080 GAAGAGAGGCGGATTGGTG...CAGCGGCCAAGATTGCCGGTCTCTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGACTCGGAGCCACCCCGGAAGACCATGCGCAGAGGGGTGCTGATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109052 TGACTCGGAGCCACCCCGGAAGACCATGCGCAGAGGGGTGCTGATGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTGCAGCAGTCGGCCATGACCCTGCCCCTGTGGATCGGGAAGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109102 TGCTGCAGCAGTCGGCCATGACCCTGCCCCTGTGGATCGGGAAGCCTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACAA         GCCCCCACCCCTCTGTGGGGCCATCCCTGCCTCAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109152 GACAAGTG...CAGGCCCCCACCCCTCTGTGGGGCCATCCCTGCCTCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGACTACGTGGCCAGACCTGGAGACAAGGTGGCTGCCCGGGTGAAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109263 AGACTACGTGGCCAGACCTGGAGACAAGGTGGCTGCCCGGGTGAAGGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGATGGGGACGAGCAGTGGATCCTGGCCGAGGTGGTCAGTTACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109313 TGGATGGGGACGAGCAGTGGATCCTGGCCGAGGTGGTCAGTTACAGCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCACCAACAA         GTATGAGGTAGATGACATCGATGAAGAAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109363 GCCACCAACAAGTG...CAGGTATGAGGTAGATGACATCGATGAAGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAAAGA         GAGACACACCCTGAGCCGGCGCCGTGTCATCCCGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109592 CAAAGAGTG...CAGGAGACACACCCTGAGCCGGCGCCGTGTCATCCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCCCCAGTGGAAGGCCAACCCGGAGACGGACCCTGAGGCCTTGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109739 TGCCCCAGTGGAAGGCCAACCCGGAGACGGACCCTGAGGCCTTGTTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGGAGCAGCTCGTGCTGGCCCTGTATCCCCAGACTACCTGCTTCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109789 AAGGAGCAGCTCGTGCTGGCCCTGTATCCCCAGACTACCTGCTTCTACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGCCCTGATCCATGCGCCCCCACAGCGG         CCCCAGGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109839 CGCCCTGATCCATGCGCCCCCACAGCGGGTA...CAGCCCCAGGATGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACTCGGTCCTGTTTGAAGACACCTCCTATGCAGATGGCTATTCCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110534 ACTCGGTCCTGTTTGAAGACACCTCCTATGCAGATGGCTATTCCCCTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTCAATGTGGCTCAGAGATACGTGGTGGCTTGTAAGGAACCCAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110584 CTCAATGTGGCTCAGAGATACGTGGTGGCTTGTAAGGAACCCAAGAAAAA

    950 
    879 G
        |
 110634 G