seq1 = pF1KB6350.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KB6350/gi568815589f_130593792.tfa (gi568815589f:130593792_130803771), 209980 bp

>pF1KB6350 879
>gi568815589f:130593792_130803771 (Chr9)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-224  (101701-101802)   100% ->
225-270  (103791-103836)   100% ->
271-360  (104371-104460)   100% ->
361-426  (105538-105603)   100% ->
427-495  (107076-107144)   100% ->
496-672  (108343-108519)   100% ->
673-801  (109262-109390)   100% ->
802-879  (109903-109980)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGATGGAGATGAGGCTTCCAGTGGCTCGCAAGCCTCTTAGCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGATGGAGATGAGGCTTCCAGTGGCTCGCAAGCCTCTTAGCGAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGGGCCGCGACACTAAGAAACATCTAGTGGTGCCGGGGGATACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGGGCCGCGACACTAAGAAACATCTAGTGGTGCCGGGGGATACAATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTACGGACACAGGATTCATGCG         GGGCCATGGAACGTATATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 CTACGGACACAGGATTCATGCGGTA...CAGGGGCCATGGAACGTATATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGAAGAGAAGCTCATTGCATCTGTTGCTGGCTCTGTGGAGAGAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101720 GGAGAAGAGAAGCTCATTGCATCTGTTGCTGGCTCTGTGGAGAGAGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGTTGATCTGTGTGAAAGCTTTGAAAACCAG         ATACATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101770 CAAGTTGATCTGTGTGAAAGCTTTGAAAACCAGGTG...CAGATACATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGAAGTAGGAGACATCGTAGTGGGACGAATCACAGAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103799 GTGAAGTAGGAGACATCGTAGTGGGACGAATCACAGAGGTA...TAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAACAGAAGAGGTGGAAGGTGGAGACCAACTCCAGGCTGGATTCGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104374 CAACAGAAGAGGTGGAAGGTGGAGACCAACTCCAGGCTGGATTCGGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGCTCTCGTCCATGAACCTTCCTGGAGGAGAGCTG         AGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104424 GCTGCTCTCGTCCATGAACCTTCCTGGAGGAGAGCTGGTA...CAGAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAAGATCTGCAGAAGATGAGCTTGCAATGAGAGGTTTCTTACAGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 GAAGATCTGCAGAAGATGAGCTTGCAATGAGAGGTTTCTTACAGGAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACCTTATCAGT         GCTGAGGTCCAGGCAGTGTTCTCTGACGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105592 GACCTTATCAGTGTA...CAGGCTGAGGTCCAGGCAGTGTTCTCTGACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCTGTCTCTTTGCACACGAGGAGCCTGAAATATGGAAAA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107105 AGCTGTCTCTTTGCACACGAGGAGCCTGAAATATGGAAAAGTA...TAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TAGGTCAGGGGGTTTTGGTCCAGGTTTCCCCCTCCCTGGTGAAACGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108344 TAGGTCAGGGGGTTTTGGTCCAGGTTTCCCCCTCCCTGGTGAAACGGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAGACCCACTTTCATGATTTGCCATGTGGTGCCTCAGTGATTCTCGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108394 AAGACCCACTTTCATGATTTGCCATGTGGTGCCTCAGTGATTCTCGGTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAACGGCTTCATCTGGATTTACCCAACACCTGAGCACAAAGAAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108444 CAACGGCTTCATCTGGATTTACCCAACACCTGAGCACAAAGAAGAGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGGGGGCTTCATTGCAAACCTGGAG         CCTGTCTCTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108494 CAGGGGGCTTCATTGCAAACCTGGAGGTG...TAGCCTGTCTCTCTTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATCGAGAGGTGATATCCCGGCTTCGGAACTGCATCATCTCGCTGGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109277 GATCGAGAGGTGATATCCCGGCTTCGGAACTGCATCATCTCGCTGGTAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCAGAGGATGATGCTGTATGATACCAGCATCCTGTACTGCTATGAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109327 TCAGAGGATGATGCTGTATGATACCAGCATCCTGTACTGCTATGAAGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCTTCCACATCAG         ATCAAAGACATCTTAAAGCCAGAAATA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109377 CCCTTCCACATCAGGTA...CAGATCAAAGACATCTTAAAGCCAGAAATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATGGAGGAGATTGTGATGGAAACACGCCAGAGGCTTTTGGAACAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109930 ATGGAGGAGATTGTGATGGAAACACGCCAGAGGCTTTTGGAACAGGAGGG

    950 
    879 A
        |
 109980 A