seq1 = pF1KB6349.tfa, 798 bp
seq2 = pF1KB6349/gi568815592r_32418555.tfa (gi568815592r:32418555_32689742), 271188 bp

>pF1KB6349 798
>gi568815592r:32418555_32689742 (Chr6)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-370  (105365-105634)   100% ->
371-652  (107905-108186)   100% ->
653-763  (108887-108997)   100% ->
764-794  (109473-109505)   90%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATGACAGCGCTGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATGACAGCGCTGACAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGTCTGGGGACACCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGTCTGGGGACACCCGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          CACGTTTCCTGTGGCAGCCTAAGAGGGAGTGTCATTTCTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGCACGTTTCCTGTGGCAGCCTAAGAGGGAGTGTCATTTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTCCTGGACAGATACTTCTATAACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105406 AATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTCCTGGACAGATACTTCTATAACCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTTCCGGGCGGTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105456 GGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTTCCGGGCGGTGACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTGGGGCGGCCTGACGCTGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105506 AGCTGGGGCGGCCTGACGCTGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACATCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCAGGCGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105556 GAGCAGGCGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTGGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAG         TCCAACCTAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105606 TGTGGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTG...TAGTCCAACCTAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACTGTATATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107917 TGACTGTATATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107967 GTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGATGGTGTCCACAGGCCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108017 CCTGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGATGGTGTCCACAGGCCTGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGAATGGAGACTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108067 AGAATGGAGACTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGAAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGCGTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108117 CGAAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGCGTGACAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCTCTCACAGTGGAATGGA         GAGCACGGTCTGAATCTGCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108167 CCCTCTCACAGTGGAATGGAGTG...CAGGAGCACGGTCTGAATCTGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTTGTGCTGGGCCTGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108908 AGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTTGTGCTGGGCCTGCTCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108958 CTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAGGTG...CAGG

    800     .    :    .    :    .    :
    765 ACACTCTGGACTTCAGCCAACAGG A TTCCT
        ||||||||||||||||||||||||-|-| |||
 109474 ACACTCTGGACTTCAGCCAACAGGTAATACCT