seq1 = pF1KB6338.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KB6338/gi568815597r_161549845.tfa (gi568815597r:161549845_161731202), 181358 bp

>pF1KB6338 870
>gi568815597r:161549845_161731202 (Chr1)

(complement)

1-148  (100001-100148)   97% ->
149-169  (100815-100835)   100% ->
170-427  (101168-101425)   98% ->
428-685  (104801-105058)   98% ->
686-870  (106564-106748)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGGAGGGGCTGGGGAAAGGCTGTTTACTTCCTCCTGTCTAGTCGG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGGAGGGACTGGGGAAAGGCTGTTTACTCCCTCCTGTCTAGTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGGTCCCTTTAGGGCTCCGGATATCTTTGGTGACTTGTCCACTCCAGT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGTCCCTTTAGGGCTCCGGATATCTTTGGTGACTTGTCCACTCCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGCATCATGTGGCAGCTGCTCCTCCCAACTGCTCTGCTACTTCTAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 GTGGCATCATGTGGCAGCTGCTCCTCCCAACTGCTCTGCTACTTCTAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        TTTCAGCTGGCATGCGGACTG         AAGATCTCCCAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 A...CAGTTTCAGCTGGCATGCGGACTGGTG...CAGAAGATCTCCCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCTGTGGTGTTCCTGGAGCCTCAATGGTACAGGGTGCTCGAGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
 101181 GGCTGTGGTGTTCCTGGAGCCTCAATGGTACAGCGTGCTTGAGAAGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGTGACTCTGAAGTGCCAGGGAGCCTACTCCCCTGAGGACAATTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101231 GTGTGACTCTGAAGTGCCAGGGAGCCTACTCCCCTGAGGACAATTCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTGGTTTCACAATGAGAGCCTCATCTCAAGCCAGGCCTCGAGCTACTT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 101281 CAGTGGTTTCACAATGAGAACCTCATCTCAAGCCAGGCCTCGAGCTACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTGACGCTGCCACAGTCGACGACAGTGGAGAGTACAGGTGCCAGACAA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 101331 CATTGACGCTGCCACAGTCAACGACAGTGGAGAGTACAGGTGCCAGACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCTCTCCACCCTCAGTGACCCGGTGCAGCTAGAAGTCCATATCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101381 ACCTCTCCACCCTCAGTGACCCGGTGCAGCTAGAAGTCCATATCGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428     GCTGGCTGTTGCTCCAGGCCCCTCGGTGGGTGTTCAAGGAGGAAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101431 .CAGGCTGGCTGTTGCTCCAGGCCCCTCGGTGGGTGTTCAAGGAGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCTATTCACCTGAGGTGTCACAGCTGGAAGAACACTGCTCTGCATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104847 CCCTATTCACCTGAGGTGTCACAGCTGGAAGAACACTGCTCTGCATAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCACATATTTACAGAATGGCAAAGGCAGGAAGTATTTTCATCATAATTCT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 104897 TCACATATTTACAGAATGGCAAAGACAGGAAGTATTTTCATCATAATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACTTCTACATTCCAAAAGCCACACTCAAAGACAGCGGCTCCTACTTCTG
        |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 104947 GACTTCCACATTCCAAAAGCCACACTCAAAGATAGCGGCTCCTACTTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGGGGGCTTGTTGGGAGTAAAAATGTGTCTTCAGAGACTGTGAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104997 CAGGGGGCTTGTTGGGAGTAAAAATGTGTCTTCAGAGACTGTGAACATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCATCACTCAAG         GTTTGGCAGTGTCAACCATCTCATCATTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105047 CCATCACTCAAGGTG...TAGGTTTGGCAGTGTCAACCATCTCATCATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTCCACCTGGGTACCAAGTCTCTTTCTGCTTGGTGATGGTACTCCTTTT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106593 TCTCCACCTGGGTACCAAGTCTCTTTCTGCTTGGTGATGGTACTCCTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCAGTGGACACAGGACTATATTTCTCTGTGAAGACAAACATTCGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 106643 TGCAGTGGACACAGGACTATATTTCTCTGTGAAGACAAACATTTGAAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAACAAGAGACTGGAAGGACCATAAATTTAAATGGAGAAAGGACCCTCAA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 106693 CAACAAGAGACTGGAAGGACCATAAACTTAAATGGAGAAAGGACCCTCAA

    900     .
    865 GACAAA
        |||| |
 106743 GACACA