seq1 = pF1KB6338.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KB6338/gi568815597r_161443015.tfa (gi568815597r:161443015_161624456), 181442 bp

>pF1KB6338 870
>gi568815597r:161443015_161624456 (Chr1)

(complement)

1-148  (74613-74760)   100% ->
149-169  (75426-75446)   100% ->
170-427  (75779-76036)   100% ->
428-685  (79499-79756)   99% ->
686-870  (81258-81442)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGGAGGGGCTGGGGAAAGGCTGTTTACTTCCTCCTGTCTAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74613 ATGGGTGGAGGGGCTGGGGAAAGGCTGTTTACTTCCTCCTGTCTAGTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGGTCCCTTTAGGGCTCCGGATATCTTTGGTGACTTGTCCACTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74663 TTTGGTCCCTTTAGGGCTCCGGATATCTTTGGTGACTTGTCCACTCCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGCATCATGTGGCAGCTGCTCCTCCCAACTGCTCTGCTACTTCTAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
  74713 GTGGCATCATGTGGCAGCTGCTCCTCCCAACTGCTCTGCTACTTCTAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        TTTCAGCTGGCATGCGGACTG         AAGATCTCCCAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  74763 A...CAGTTTCAGCTGGCATGCGGACTGGTG...CAGAAGATCTCCCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCTGTGGTGTTCCTGGAGCCTCAATGGTACAGGGTGCTCGAGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75792 GGCTGTGGTGTTCCTGGAGCCTCAATGGTACAGGGTGCTCGAGAAGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGTGACTCTGAAGTGCCAGGGAGCCTACTCCCCTGAGGACAATTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75842 GTGTGACTCTGAAGTGCCAGGGAGCCTACTCCCCTGAGGACAATTCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTGGTTTCACAATGAGAGCCTCATCTCAAGCCAGGCCTCGAGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75892 CAGTGGTTTCACAATGAGAGCCTCATCTCAAGCCAGGCCTCGAGCTACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTGACGCTGCCACAGTCGACGACAGTGGAGAGTACAGGTGCCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75942 CATTGACGCTGCCACAGTCGACGACAGTGGAGAGTACAGGTGCCAGACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCTCTCCACCCTCAGTGACCCGGTGCAGCTAGAAGTCCATATCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
  75992 ACCTCTCCACCCTCAGTGACCCGGTGCAGCTAGAAGTCCATATCGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428     GCTGGCTGTTGCTCCAGGCCCCTCGGTGGGTGTTCAAGGAGGAAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76042 .CAGGCTGGCTGTTGCTCCAGGCCCCTCGGTGGGTGTTCAAGGAGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCTATTCACCTGAGGTGTCACAGCTGGAAGAACACTGCTCTGCATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79545 CCCTATTCACCTGAGGTGTCACAGCTGGAAGAACACTGCTCTGCATAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCACATATTTACAGAATGGCAAAGGCAGGAAGTATTTTCATCATAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79595 TCACATATTTACAGAATGGCAAAGGCAGGAAGTATTTTCATCATAATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACTTCTACATTCCAAAAGCCACACTCAAAGACAGCGGCTCCTACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79645 GACTTCTACATTCCAAAAGCCACACTCAAAGACAGCGGCTCCTACTTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGGGGGCTTGTTGGGAGTAAAAATGTGTCTTCAGAGACTGTGAACATCA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79695 CAGGGGGCTTTTTGGGAGTAAAAATGTGTCTTCAGAGACTGTGAACATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCATCACTCAAG         GTTTGGCAGTGTCAACCATCTCATCATTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
  79745 CCATCACTCAAGGTG...TAGGTTTGGCAGTGTCAACCATCTCATCATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTCCACCTGGGTACCAAGTCTCTTTCTGCTTGGTGATGGTACTCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81287 TTTCCACCTGGGTACCAAGTCTCTTTCTGCTTGGTGATGGTACTCCTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCAGTGGACACAGGACTATATTTCTCTGTGAAGACAAACATTCGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81337 TGCAGTGGACACAGGACTATATTTCTCTGTGAAGACAAACATTCGAAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAACAAGAGACTGGAAGGACCATAAATTTAAATGGAGAAAGGACCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81387 CAACAAGAGACTGGAAGGACCATAAATTTAAATGGAGAAAGGACCCTCAA

    900     .
    865 GACAAA
        ||||||
  81437 GACAAA