seq1 = pF1KB6333.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB6333/gi568815579f_50754956.tfa (gi568815579f:50754956_50960124), 205169 bp

>pF1KB6333 783
>gi568815579f:50754956_50960124 (Chr19)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-206  (101285-101444)   100% ->
207-493  (103074-103360)   100% ->
494-630  (103504-103640)   100% ->
631-783  (105017-105169)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGTCCCGGTTGTCTTCCTCACCCTGTCCGTGACGTGGATTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGTGGGTCCCGGTTGTCTTCCTCACCCTGTCCGTGACGTGGATTGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTGCTGCACCCCTCATCCTGTCTCGGATTGTGGGAGGCTGGGAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGGTGCTGCACCCCTCATCCTGTCTCGGATTGTGGGAGGCTGGGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGAGAAGCATTCCCAACCCTGGCAGGTGCTTGTGGCCTCTCGTGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 GCGAGAAGCATTCCCAACCCTGGCAGGTGCTTGTGGCCTCTCGTGGCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGTCTGCGGCGGTGTTCTGGTGCACCCCCAGTGGGTCCTCACAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101380 GCAGTCTGCGGCGGTGTTCTGGTGCACCCCCAGTGGGTCCTCACAGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACTGCATCAGGAA         CAAAAGCGTGATCTTGCTGGGTCGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101430 CCACTGCATCAGGAAGTG...CAGCAAAAGCGTGATCTTGCTGGGTCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAGCCTGTTTCATCCTGAAGACACAGGCCAGGTATTTCAGGTCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103100 ACAGCCTGTTTCATCCTGAAGACACAGGCCAGGTATTTCAGGTCAGCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCTTCCCACACCCGCTCTACGATATGAGCCTCCTGAAGAATCGATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103150 AGCTTCCCACACCCGCTCTACGATATGAGCCTCCTGAAGAATCGATTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGCCAGGTGATGACTCCAGCCACGACCTCATGCTGCTCCGCCTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103200 CAGGCCAGGTGATGACTCCAGCCACGACCTCATGCTGCTCCGCCTGTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCTGCCGAGCTCACGGATGCTGTGAAGGTCATGGACCTGCCCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103250 AGCCTGCCGAGCTCACGGATGCTGTGAAGGTCATGGACCTGCCCACCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGCCAGCACTGGGGACCACCTGCTACGCCTCAGGCTGGGGCAGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 GAGCCAGCACTGGGGACCACCTGCTACGCCTCAGGCTGGGGCAGCATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACCAGAGGAGT         TCTTGACCCCAAAGAAACTTCAGTGTGTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 ACCAGAGGAGTGTA...TAGTCTTGACCCCAAAGAAACTTCAGTGTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCTCCATGTTATTTCCAATGACGTGTGTGCGCAAGTTCACCCTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103534 ACCTCCATGTTATTTCCAATGACGTGTGTGCGCAAGTTCACCCTCAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGACCAAGTTCATGCTGTGTGCTGGACGCTGGACAGGGGGCAAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103584 GTGACCAAGTTCATGCTGTGTGCTGGACGCTGGACAGGGGGCAAAAGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGCTCG         GGTGATTCTGGGGGCCCACTTGTCTGTAATGGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103634 CTGCTCGGTG...TAGGGTGATTCTGGGGGCCCACTTGTCTGTAATGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTTCAAGGTATCACGTCATGGGGCAGTGAACCATGTGCCCTGCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105051 TGCTTCAAGGTATCACGTCATGGGGCAGTGAACCATGTGCCCTGCCCGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGCCTTCCCTGTACACCAAGGTGGTGCATTACCGGAAGTGGATCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105101 AGGCCTTCCCTGTACACCAAGGTGGTGCATTACCGGAAGTGGATCAAGGA

    800     .    :    .
    765 CACCATCGTGGCCAACCCC
        |||||||||||||||||||
 105151 CACCATCGTGGCCAACCCC