seq1 = pF1KB6330.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KB6330/gi568815581f_42912179.tfa (gi568815581f:42912179_43114296), 202118 bp

>pF1KB6330 864
>gi568815581f:42912179_43114296 (Chr17)

1-21  (94770-94790)   100% ->
22-120  (100001-100099)   100% ->
121-268  (100869-101016)   100% ->
269-381  (101089-101201)   100% ->
382-568  (101298-101484)   99% ->
569-675  (101598-101704)   99% ->
676-864  (101930-102118)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGCCCCACTGGATGCC         GCCCTCCACGCCCTTCAGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  94770 ATGTCAGCCCCACTGGATGCCGTA...CAGGCCCTCCACGCCCTTCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAGCAGGCCAGACTCAAGATGAGGCTGTGGGACCTGCAGCAGCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 GGAGCAGGCCAGACTCAAGATGAGGCTGTGGGACCTGCAGCAGCTGAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGCTCGGGGACTCCCCCAAAGACAAG         GTCCCATTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100071 AGGAGCTCGGGGACTCCCCCAAAGACAAGGTA...CAGGTCCCATTTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGCCCAAGATCCCCCTGGTATTCCGAGGACACACCCAGCAGGACCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100881 GTGCCCAAGATCCCCCTGGTATTCCGAGGACACACCCAGCAGGACCCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTGCCTAAGTCTTTAGTTTCCAATTTGCGGATCCACTGCCCTCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100931 AGTGCCTAAGTCTTTAGTTTCCAATTTGCGGATCCACTGCCCTCTGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGGCTCTGCTCTGATCACCTTTGATGACCCCAAAG         TGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100981 CGGGCTCTGCTCTGATCACCTTTGATGACCCCAAAGGTA...CAGTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGCAGGTGCTGCAACAAAAGGAGCACACGATCAACATGGAGGAGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101094 GAGCAGGTGCTGCAACAAAAGGAGCACACGATCAACATGGAGGAGTGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGCGGGTGCAGGTCCAGCCCTTGGAGCTGCCCATGGTCACCACCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101144 GCTGCGGGTGCAGGTCCAGCCCTTGGAGCTGCCCATGGTCACCACCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTGATG         GTGTCCAGCCAGTTGAGTGGCCGGAGGGTGTTG
        ||||||||>>>...>>> ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101194 AGGTGATGGTA...TAGATGTCCAGCCAGTTGAGTGGCCGGAGGGTGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCACTGGATTTCCTGCCAGCCTCAGGCTGAGTGAGGAGGAGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101331 GTCACTGGATTTCCTGCCAGCCTCAGGCTGAGTGAGGAGGAGCTGCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGCTAGAGATCTTCTTTGGCAAGACTAGGAACGGAGGTGGCGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101381 CAAGCTAGAGATCTTCTTTGGCAAGACTAGGAACGGAGGTGGCGATGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACGTTCGGGAGCTACTGCCAGGGAGTGTCATGCTGGGGTTTGCTAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101431 ACGTTCGGGAGCTACTGCCAGGGAGTGTCATGCTGGGGTTTGCTAGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAG         TGGCTCAGCGTCTGTGCCAAATCGGCCAGTTCACAGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101481 GGAGGTG...CAGTGGCTCAGCGTCTGTGCCAAATCGGCCAGTTCACAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCACTGGGTGGGCAGCAAGTCCCTCTGAGAGTCTCTCCGTATGTGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 101635 GCCACTGGGTGGGCAGCAAGTCCCTCTGAGAGTCTCTCCGTATGTGAACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGAGATCCAGAAGGCTGAG         ATCAGGTCGCAGCCAGTTCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101685 GGGAGATCCAGAAGGCTGAGGTA...CAGATCAGGTCGCAGCCAGTTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGCTCGGTACTGGTGCTCAACATTCCTGATATCTTGGATGGCCCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CGCTCGGTACTGGTGCTCAACATTCCTGATATCTTGGATGGCCCGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCATGACGTCCTGGAGATCCACTTCCAGAAGCCCACCCGCGGGGGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 GCATGACGTCCTGGAGATCCACTTCCAGAAGCCCACCCGCGGGGGCGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGTAGAGGCCCTGACAGTCGTACCCCAAGGACAGCAGGGCCTAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 AGGTAGAGGCCCTGACAGTCGTACCCCAAGGACAGCAGGGCCTAGCAGTC

    900     .    :    .
    847 TTCACCTCTGAGTCAGGC
        ||||||||||||||||||
 102101 TTCACCTCTGAGTCAGGC