seq1 = pF1KB6328.tfa, 693 bp
seq2 = pF1KB6328/gi568815597f_154172724.tfa (gi568815597f:154172724_154375698), 202975 bp

>pF1KB6328 693
>gi568815597f:154172724_154375698 (Chr1)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-172  (100757-100875)   100% ->
173-360  (101051-101238)   100% ->
361-412  (102227-102278)   100% ->
413-519  (102431-102537)   100% ->
520-610  (102670-102760)   100% ->
611-693  (102893-102975)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCTCTTTGATCTCTTCCGGGGCTTTTTCGGCTTTCCTGGACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCTCTTTGATCTCTTCCGGGGCTTTTTCGGCTTTCCTGGACCTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAG         CTTCAGCCCAGGAGGAGGGATACGTTTCCACGATAACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGTG...CAGCTTCAGCCCAGGAGGAGGGATACGTTTCCACGATAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGGCTTTGATGACCTAGTACGAGATTTCAATAGCATCTTCAGCGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100795 TCGGCTTTGATGACCTAGTACGAGATTTCAATAGCATCTTCAGCGATATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGCCTGGACCTTGCCTTCCCATCCTCCTG         AACTTCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100845 GGGGCCTGGACCTTGCCTTCCCATCCTCCTGGTG...CAGAACTTCCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCTGAGTCAGAGACACCTGGTGAGAGACTACGGGAGGGACAGACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101061 TCCTGAGTCAGAGACACCTGGTGAGAGACTACGGGAGGGACAGACACTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGACTCAATGCTTAAGTATCCAGATAGTCACCAGCCCAGGATCTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101111 GGGACTCAATGCTTAAGTATCCAGATAGTCACCAGCCCAGGATCTTTGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGGTCTTGGAGAGTGATGCAAGAAGTGAATCCCCCCAACCAGCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101161 GGGGTCTTGGAGAGTGATGCAAGAAGTGAATCCCCCCAACCAGCACCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGGGGCTCCCAGAGGCCATTTCATAGG         TTTGATGATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101211 CTGGGGCTCCCAGAGGCCATTTCATAGGGTG...CAGTTTGATGATGTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCCTATGGACCCCCATCCTAGAACCAGAGAGGACAATG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102240 GGCCTATGGACCCCCATCCTAGAACCAGAGAGGACAATGGTA...CAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTGATTCCCAGGTTTCCCAGGAGGGTCTTGGCCCGGTTCTACAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102433 CTTGATTCCCAGGTTTCCCAGGAGGGTCTTGGCCCGGTTCTACAGCCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCCAAATCCTATTTCAAGAGCATCTCTGTGACCAAGATCACTAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 GCCCAAATCCTATTTCAAGAGCATCTCTGTGACCAAGATCACTAAACCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGG         ATAGTGGAGGAGCGCCGGACTGTGGTGGACAGTGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 ATGGGGTG...TAGATAGTGGAGGAGCGCCGGACTGTGGTGGACAGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGCCGGACAGAGACTACAGTAACCCGACACGAAGCAGATAGCAGTCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102706 GGCCGGACAGAGACTACAGTAACCCGACACGAAGCAGATAGCAGTCCTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGTG         ATCCAGAATCACCAAGACCTCCAGCCCTGGATGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102756 GGGTGGTA...TAGATCCAGAATCACCAAGACCTCCAGCCCTGGATGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    647 CCTTTTCCATCCTGGACTTATTCCTGGGACGTTGGTTCCGGTCCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102929 CCTTTTCCATCCTGGACTTATTCCTGGGACGTTGGTTCCGGTCCCGG