seq1 = pF1KB6323.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB6323/gi568815579f_50773474.tfa (gi568815579f:50773474_50978556), 205083 bp

>pF1KB6323 783
>gi568815579f:50773474_50978556 (Chr19)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-206  (101248-101407)   100% ->
207-493  (102999-103285)   99% ->
494-630  (103399-103535)   100% ->
631-783  (104931-105083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGACCTGGTTCTCTCCATCGCCTTGTCTGTGGGGTGCACTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGTGGGACCTGGTTCTCTCCATCGCCTTGTCTGTGGGGTGCACTGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTGCCGTGCCCCTCATCCAGTCTCGGATTGTGGGAGGCTGGGAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGGTGCCGTGCCCCTCATCCAGTCTCGGATTGTGGGAGGCTGGGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAGAAGCATTCCCAACCCTGGCAGGTGGCTGTGTACAGTCATGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101293 GTGAGAAGCATTCCCAACCCTGGCAGGTGGCTGTGTACAGTCATGGATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACACTGTGGGGGTGTCCTGGTGCACCCCCAGTGGGTGCTCACAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101343 GCACACTGTGGGGGTGTCCTGGTGCACCCCCAGTGGGTGCTCACAGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCATTGCCTAAAGAA         GAATAGCCAGGTCTGGCTGGGTCGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101393 CCATTGCCTAAAGAAGTA...CAGGAATAGCCAGGTCTGGCTGGGTCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAACCTGTTTGAGCCTGAAGACACAGGCCAGAGGGTCCCTGTCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103025 ACAACCTGTTTGAGCCTGAAGACACAGGCCAGAGGGTCCCTGTCAGCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCTTCCCACACCCGCTCTACAATATGAGCCTTCTGAAGCATCAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103075 AGCTTCCCACACCCGCTCTACAATATGAGCCTTCTGAAGCATCAAAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGACCAGATGAAGACTCCAGCCATGACCTCATGCTGCTTCGCCTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 103125 TAGACCAGATGAAGACTCCAGCCATGACCTCATGCTGCTCCGCCTGTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCTGCCAAGATCACAGATGTTGTGAAGGTCCTGGGCCTGCCCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103175 AGCCTGCCAAGATCACAGATGTTGTGAAGGTCCTGGGCCTGCCCACCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGCCAGCACTGGGGACCACCTGCTACGCCTCAGGCTGGGGCAGCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103225 GAGCCAGCACTGGGGACCACCTGCTACGCCTCAGGCTGGGGCAGCATCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACCAGAGGAGT         TCTTGCGCCCCAGGAGTCTTCAGTGTGTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103275 ACCAGAGGAGTGTA...TAGTCTTGCGCCCCAGGAGTCTTCAGTGTGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTCCATCTCCTGTCCAATGACATGTGTGCTAGAGCTTACTCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103429 GCCTCCATCTCCTGTCCAATGACATGTGTGCTAGAGCTTACTCTGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGACAGAGTTCATGTTGTGTGCTGGGCTCTGGACAGGTGGTAAAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103479 GTGACAGAGTTCATGTTGTGTGCTGGGCTCTGGACAGGTGGTAAAGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTGTGGG         GGTGATTCTGGGGGTCCACTTGTCTGTAATGGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103529 TTGTGGGGTG...TAGGGTGATTCTGGGGGTCCACTTGTCTGTAATGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTTCAAGGTATCACATCATGGGGCCCTGAGCCATGTGCCCTGCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104965 TGCTTCAAGGTATCACATCATGGGGCCCTGAGCCATGTGCCCTGCCTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGCCTGCTGTGTACACCAAGGTGGTGCATTACCGGAAGTGGATCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105015 AAGCCTGCTGTGTACACCAAGGTGGTGCATTACCGGAAGTGGATCAAGGA

    800     .    :    .
    765 CACCATCGCAGCCAACCCC
        |||||||||||||||||||
 105065 CACCATCGCAGCCAACCCC