seq1 = pF1KB6321.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB6321/gi568815583f_78442176.tfa (gi568815583f:78442176_78648869), 206694 bp

>pF1KB6321 783
>gi568815583f:78442176_78648869 (Chr15)

1-46  (100000-100044)   97% ->
47-209  (100308-100470)   100% ->
210-287  (102015-102092)   100% ->
288-376  (102694-102782)   100% ->
377-507  (103459-103589)   100% ->
508-631  (104400-104523)   100% ->
632-783  (106615-106766)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCGAAGATATGACTCCAGGACCACTATATTTTCTCCAGAAG    
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100000 A GTCTCGAAGATATGACTCCAGGACCACTATATTTTCTCCAGAAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTCGCTTATACCAAGTTGAATATGCCATGGAAGCTATTGGACATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 ..TAGGTCGCTTATACCAAGTTGAATATGCCATGGAAGCTATTGGACATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGCACCTGTTTGGGAATTTTAGCAAATGATGGTGTTTTGCTTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100353 CAGGCACCTGTTTGGGAATTTTAGCAAATGATGGTGTTTTGCTTGCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAGACGCAACATCCACAAGCTTCTTGATGAAGTCTTTTTTTCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100403 GAGAGACGCAACATCCACAAGCTTCTTGATGAAGTCTTTTTTTCTGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATTTATAAACTCAATGA         GGACATGGCTTGCAGTGTGGCAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100453 AATTTATAAACTCAATGAGTA...AAGGGACATGGCTTGCAGTGTGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCATAACTTCTGATGCTAATGTTCTGACTAATGAACTAAGGCTCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102038 GCATAACTTCTGATGCTAATGTTCTGACTAATGAACTAAGGCTCATTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAAG         GTATTTATTACAGTATCAGGAGCCAATACCTTGTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102088 CAAAGGTA...TAGGTATTTATTACAGTATCAGGAGCCAATACCTTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCAGTTGGTTACAGCGCTGTGTGATATCAAACAAGCTTATACACAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102730 GCAGTTGGTTACAGCGCTGTGTGATATCAAACAAGCTTATACACAATTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAG         GAAAACGTCCCTTTGGTGTTTCATTGCTGTACATTGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102780 GAGGTA...AAGGAAAACGTCCCTTTGGTGTTTCATTGCTGTACATTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGGATAAGCACTATGGCTTTCAGCTCTATCAGAGTGACCCTAGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103497 TGGGATAAGCACTATGGCTTTCAGCTCTATCAGAGTGACCCTAGTGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTACGGGGGATGGAAGGCCACATGCATTGGAAATAATAGCGCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103547 TTACGGGGGATGGAAGGCCACATGCATTGGAAATAATAGCGCTGTG...T

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508   GCAGCTGTGTCAATGTTGAAACAAGACTATAAAGAAGGAGAAATGACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104398 AGGCAGCTGTGTCAATGTTGAAACAAGACTATAAAGAAGGAGAAATGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTGAAGTCAGCACTTGCTTTAGCTATCAAAGTACTAAATAAGACCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104448 TTGAAGTCAGCACTTGCTTTAGCTATCAAAGTACTAAATAAGACCATGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTTAGTAAACTCTCTGCTGAAAAAG         TGGAAATTGCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104498 TGTTAGTAAACTCTCTGCTGAAAAAGGTA...TAGTGGAAATTGCAACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAACAAGAGAGAATGGAAAGACAGTAATCAGAGTTCTCAAACAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106630 TAACAAGAGAGAATGGAAAGACAGTAATCAGAGTTCTCAAACAAAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGAGCAGTTGATCAAAAAACACGAGGAAGAAGAAGCCAAAGCTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 106680 GTGGAGCAGTTGATCAAAAAACATGAGGAAGAAGAAGCCAAAGCTGAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .
    747 TGAGAAGAAAGAAAAAGAACAGAAAGAAAAGGATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106730 TGAGAAGAAAGAAAAAGAACAGAAAGAAAAGGATAAA