seq1 = pF1KB6319.tfa, 780 bp
seq2 = pF1KB6319/gi568815592f_78767577.tfa (gi568815592f:78767577_78998331), 230755 bp

>pF1KB6319 780
>gi568815592f:78767577_78998331 (Chr6)

1-315  (100001-100315)   100% ->
316-381  (117802-117867)   100% ->
382-512  (130253-130383)   100% ->
513-780  (130488-130755)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTGCAAAAGACCCCTCCGACCCGAGTGTTCGTGGAACTGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCTGCAAAAGACCCCTCCGACCCGAGTGTTCGTGGAACTGGTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGCTGACCGGAGCCGGGAGAACAACCTGGCCTCAGGGAGAGAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGCTGACCGGAGCCGGGAGAACAACCTGGCCTCAGGGAGAGAGACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACCGGGCTTACGCCACCCCCTCTCCTCAACACAAGCCCAAACTGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TACCGGGCTTACGCCACCCCCTCTCCTCAACACAAGCCCAAACTGCTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGAGGTGCAAGTAAGCGGCACCTCAGAAGTGTCTGCGGGCCCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCGAGGTGCAAGTAAGCGGCACCTCAGAAGTGTCTGCGGGCCCTGACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGCAGGTGGTGGTGCGAGTGAGCAGCACCAAGGAGGCGGCAGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCGCAGGTGGTGGTGCGAGTGAGCAGCACCAAGGAGGCGGCAGCCGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAAAAAGAGCGTTTGTCGCCGTCTAGATTACATCACGCAGAGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAAAAAGAGCGTTTGTCGCCGTCTAGATTACATCACGCAGAGCCTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCAGGGCGTGCAG         GCAGAAAATATAACTGTGACAAAGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCAGGGCGTGCAGGTG...CAGGCAGAAAATATAACTGTGACAAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTTAGGAGAGTGGAAAATGCTTATCACATGGAAGCAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117828 TTTTAGGAGAGTGGAAAATGCTTATCACATGGAAGCAGAGGTA...CAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTGCATTACATTTACTGAATTTGGAAAAATGCAAAATATTTGTAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130254 TCTGCATTACATTTACTGAATTTGGAAAAATGCAAAATATTTGTAACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTGTTGAAAAGCTAGATAGCTCTGTTGTCATCAGCCCACCCCAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130304 CTTGTTGAAAAGCTAGATAGCTCTGTTGTCATCAGCCCACCCCAGTTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCATACTCCAGGTTCTGTTGAGAATCTTCG         ACGGCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 130354 TCATACTCCAGGTTCTGTTGAGAATCTTCGGTA...AAGACGGCAAGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCTTGTTGCTGTTGAGAATGCGTGGCGCAAAGCTCAAGAAGTCTGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130499 GTCTTGTTGCTGTTGAGAATGCGTGGCGCAAAGCTCAAGAAGTCTGTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTTGTTGGCCAAACCTTAGGAAAACCTTTACTAATCAAAGAAGAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130549 CTTGTTGGCCAAACCTTAGGAAAACCTTTACTAATCAAAGAAGAAGAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAAAGAATGGGAAGGCCAAATAGATGATCACCAGTCATCCAGACTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130599 AAAAGAATGGGAAGGCCAAATAGATGATCACCAGTCATCCAGACTCTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTTCATTAACTGTACAACAAAAAATCAAAAGTGCAACAATACATGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130649 GTTCATTAACTGTACAACAAAAAATCAAAAGTGCAACAATACATGCTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCAAAAGTATTTATAACTTTTGAGGTAAAGGGAAAAGAGAAGAGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130699 TCAAAAGTATTTATAACTTTTGAGGTAAAGGGAAAAGAGAAGAGAAAAAA

    800     .
    774 GCACCTT
        |||||||
 130749 GCACCTT