seq1 = pF1KB6317.tfa, 780 bp
seq2 = pF1KB6317/gi568815595f_121735286.tfa (gi568815595f:121735286_121986385), 251100 bp

>pF1KB6317 780
>gi568815595f:121735286_121986385 (Chr3)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-201  (109168-109262)   100% ->
202-338  (119402-119538)   100% ->
339-484  (121726-121871)   100% ->
485-736  (137252-137503)   100% ->
737-780  (151057-151100)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATAGCGCAGCGGGATTCTCACACCTAGACCGTCGCGAGCGGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATAGCGCAGCGGGATTCTCACACCTAGACCGTCGCGAGCGGGTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTTAGGGGAGAGTTTCGAGAAGCAGCCGCGCTGCGCCTTCCACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGTTAGGGGAGAGTTTCGAGAAGCAGCCGCGCTGCGCCTTCCACACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGCT         ATGACTTCAAACCTGCTTCTATTGACACTTCTTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGCTGTG...TAGATGACTTCAAACCTGCTTCTATTGACACTTCTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGGATACCTTGAGGTTGGTGAAGGTGAACAGGTGACCATAACTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109203 GAAGGATACCTTGAGGTTGGTGAAGGTGAACAGGTGACCATAACTCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATATAGAA         GGTTCAACTCCACCAGTAACTGTTTTCAAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109253 AAATATAGAAGTG...CAGGGTTCAACTCCACCAGTAACTGTTTTCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTTCAAAAAAACCTTACTTAAAAGAATGCATTTTGATTATTAACCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119433 GTTCAAAAAAACCTTACTTAAAAGAATGCATTTTGATTATTAACCATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTGGAGAATGTCGGCTAGAAAAACTCAGCAGCAACATCACTGTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119483 ACTGGAGAATGTCGGCTAGAAAAACTCAGCAGCAACATCACTGTAAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACAAG         AGTTGAAGGAAGCAGTAAAATTCAGTATCGTAAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119533 AACAAGGTA...CAGAGTTGAAGGAAGCAGTAAAATTCAGTATCGTAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACAACAGCAACAACAAATGTGGAATTCAGCCAGGACTCCCAATCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121761 AACAACAGCAACAACAAATGTGGAATTCAGCCAGGACTCCCAATCTTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAACATTCTCCATCTGAAGATAAGATGTCCCCAGCATCTCCAATAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121811 AAACATTCTCCATCTGAAGATAAGATGTCCCCAGCATCTCCAATAGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TATCGAAAGAG         AACTGAAGGCAGAAGCTAGTCTAATGGACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 121861 TATCGAAAGAGGTA...CAGAACTGAAGGCAGAAGCTAGTCTAATGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGATGAGTAGTTGTGATAGTTCATCAGATTCCAAAAGTTCATCATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137282 AGATGAGTAGTTGTGATAGTTCATCAGATTCCAAAAGTTCATCATCTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGTAGTGAGGATAGTTCTAGTGACTCAGAAGATGAAGATTGCAAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137332 AGTAGTGAGGATAGTTCTAGTGACTCAGAAGATGAAGATTGCAAATCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TACTTCTGATACAGGGAATTGTGTCTCAGGACATCCTACCATGACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137382 TACTTCTGATACAGGGAATTGTGTCTCAGGACATCCTACCATGACACAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAGGATTCCTGATATAGATGCCAGTCATAATAGATTTCGAGACAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137432 ACAGGATTCCTGATATAGATGCCAGTCATAATAGATTTCGAGACAACAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCCTTCTGATGAATACTTTAA         GAAATGATTTGCAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 137482 GGCCTTCTGATGAATACTTTAAGTA...TAGGAAATGATTTGCAGCTGAG

    800     .    :    .    :    .
    756 TGAATCAGGAAGTGACAGTGATGAC
        |||||||||||||||||||||||||
 151076 TGAATCAGGAAGTGACAGTGATGAC