seq1 = pF1KB6314.tfa, 843 bp
seq2 = pF1KB6314/gi568815597f_172559202.tfa (gi568815597f:172559202_172766013), 206812 bp

>pF1KB6314 843
>gi568815597f:172559202_172766013 (Chr1)

1-348  (100001-100348)   100% ->
349-394  (100894-100939)   100% ->
395-451  (105133-105189)   100% ->
452-843  (106421-106812)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCAGCCCTTCAATTACCCATATCCCCAGATCTACTGGGTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCAGCCCTTCAATTACCCATATCCCCAGATCTACTGGGTGGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTGCCAGCTCTCCCTGGGCCCCTCCAGGCACAGTTCTTCCCTGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTGCCAGCTCTCCCTGGGCCCCTCCAGGCACAGTTCTTCCCTGTCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCTGTGCCCAGAAGGCCTGGTCAAAGGAGGCCACCACCACCACCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCTGTGCCCAGAAGGCCTGGTCAAAGGAGGCCACCACCACCACCGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCACCACTACCACCTCCGCCGCCGCCGCCACCACTGCCTCCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCCACCACTACCACCTCCGCCGCCGCCGCCACCACTGCCTCCACTACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGCCACCCCTGAAGAAGAGAGGGAACCACAGCACAGGCCTGTGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGCCACCCCTGAAGAAGAGAGGGAACCACAGCACAGGCCTGTGTCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTGATGTTTTTCATGGTTCTGGTTGCCTTGGTAGGATTGGGCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTGATGTTTTTCATGGTTCTGGTTGCCTTGGTAGGATTGGGCCTGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGTTTCAGCTCTTCCACCTACAGAAGGAGCTGGCAGAACTCCGAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100301 ATGTTTCAGCTCTTCCACCTACAGAAGGAGCTGGCAGAACTCCGAGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349        TCTACCAGCCAGATGCACACAGCATCATCTTTGGAGAAGCAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 A...TAGTCTACCAGCCAGATGCACACAGCATCATCTTTGGAGAAGCAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAG         GCCACCCCAGTCCACCCCCTGAAAAAAAGGAGCTGAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100937 TAGGTG...CAGGCCACCCCAGTCCACCCCCTGAAAAAAAGGAGCTGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAGTGGCCCATTTAACAG         GCAAGTCCAACTCAAGGTCCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105171 AAAGTGGCCCATTTAACAGGTC...CAGGCAAGTCCAACTCAAGGTCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCTCTGGAATGGGAAGACACCTATGGAATTGTCCTGCTTTCTGGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106443 GCCTCTGGAATGGGAAGACACCTATGGAATTGTCCTGCTTTCTGGAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTATAAGAAGGGTGGCCTTGTGATCAATGAAACTGGGCTGTACTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106493 AGTATAAGAAGGGTGGCCTTGTGATCAATGAAACTGGGCTGTACTTTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TATTCCAAAGTATACTTCCGGGGTCAATCTTGCAACAACCTGCCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106543 TATTCCAAAGTATACTTCCGGGGTCAATCTTGCAACAACCTGCCCCTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCACAAGGTCTACATGAGGAACTCTAAGTATCCCCAGGATCTGGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106593 CCACAAGGTCTACATGAGGAACTCTAAGTATCCCCAGGATCTGGTGATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGAGGGGAAGATGATGAGCTACTGCACTACTGGGCAGATGTGGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106643 TGGAGGGGAAGATGATGAGCTACTGCACTACTGGGCAGATGTGGGCCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGCAGCTACCTGGGGGCAGTGTTCAATCTTACCAGTGCTGATCATTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106693 AGCAGCTACCTGGGGGCAGTGTTCAATCTTACCAGTGCTGATCATTTATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTCAACGTATCTGAGCTCTCTCTGGTCAATTTTGAGGAATCTCAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106743 TGTCAACGTATCTGAGCTCTCTCTGGTCAATTTTGAGGAATCTCAGACGT

    850     .    :    .    :
    824 TTTTCGGCTTATATAAGCTC
        ||||||||||||||||||||
 106793 TTTTCGGCTTATATAAGCTC