seq1 = pF1KB6308.tfa, 840 bp
seq2 = pF1KB6308/gi568815591r_47865359.tfa (gi568815591r:47865359_48079519), 214161 bp

>pF1KB6308 840
>gi568815591r:47865359_48079519 (Chr7)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-180  (100704-100831)   100% ->
181-357  (100927-101103)   100% ->
358-465  (102683-102790)   100% ->
466-540  (103833-103907)   100% ->
541-640  (110202-110301)   100% ->
641-760  (111595-111714)   100% ->
761-840  (114082-114161)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTTCGGGCCAAGATCGTGGACGGGGCCTGTCTGAACCACTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTTCGGGCCAAGATCGTGGACGGGGCCTGTCTGAACCACTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AC         GAATCAGTAACATGATAGCCAAGCTTGCCAAAACCTGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGTG...TAGGAATCAGTAACATGATAGCCAAGCTTGCCAAAACCTGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTCCGCATCAGCCCTGATAAGCTTAACTTCATCCTTTGTGACAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100743 CCCTCCGCATCAGCCCTGATAAGCTTAACTTCATCCTTTGTGACAAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTAATGGAGGAGTGAGCATGTGGTGTGAGCTGGAACAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100793 GCTAATGGAGGAGTGAGCATGTGGTGTGAGCTGGAACAGGTG...TAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAACTTCTTCAACGAATTTCAAATGGAGGGTGTCTCTGCAGAAAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100929 GAACTTCTTCAACGAATTTCAAATGGAGGGTGTCTCTGCAGAAAACAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATTTATTTAGAGCTAACATCGGAAAACTTATCTCGAGCCTTGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100979 AGATTTATTTAGAGCTAACATCGGAAAACTTATCTCGAGCCTTGAAGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCAGAATGCCAGGGCTTTGAAAATCAAACTGACTAATAAACACTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101029 GCCCAGAATGCCAGGGCTTTGAAAATCAAACTGACTAATAAACACTTTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCCTCACGGTCTCCGTGGAGCTG         TTATCTATGTCAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101079 CTGCCTCACGGTCTCCGTGGAGCTGGTG...CAGTTATCTATGTCAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTAGCCGCATTGTGACCCATGACATCCCCATAAAGGTGATTCCTAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102699 GTAGCCGCATTGTGACCCATGACATCCCCATAAAGGTGATTCCTAGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGTGGAAGGACTTACAAGAACCGGTGGTCCCAGATCCTGAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102749 TTGTGGAAGGACTTACAAGAACCGGTGGTCCCAGATCCTGATGTA...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  GTTAGTATTTATTTACCAGTCTTGAAGACTATGAAGAGTGTTGTGGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103832 GGTTAGTATTTATTTACCAGTCTTGAAGACTATGAAGAGTGTTGTGGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAATGAAAAACATCAGCAATCACCTT         GTTATTGAAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103882 AAATGAAAAACATCAGCAATCACCTTGTA...CAGGTTATTGAAGCAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTAGATGGAGAATTGAATTTGAAAATAGAAACTGAATTAGTATGTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110217 CTAGATGGAGAATTGAATTTGAAAATAGAAACTGAATTAGTATGTGTTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACTCATTTTAAAGATCTTGGAAATCCTCCATTAG         CCTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110267 AACTCATTTTAAAGATCTTGGAAATCCTCCATTAGGTA...TAGCCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAAGCACCCATGAGGACAGAAACGTGGAACACATGGCTGAAGTGCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111601 AAAGCACCCATGAGGACAGAAACGTGGAACACATGGCTGAAGTGCACATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATATTAGGAAGCTCCTACAGTTTCTTGCTGGACAACAAGTAAATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111651 GATATTAGGAAGCTCCTACAGTTTCTTGCTGGACAACAAGTAAATCCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAAGGCCTTATGCA         ATATTGTGAATAACAAGATGGTGCATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111701 AAAGGCCTTATGCAGTG...CAGATATTGTGAATAACAAGATGGTGCATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGATCTGCTTCATGAAGACGTGTCCCTTCAGTATTTCATCCCTGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114109 TTGATCTGCTTCATGAAGACGTGTCCCTTCAGTATTTCATCCCTGCGCTG

    900 
    838 TCC
        |||
 114159 TCC