seq1 = pF1KB6304.tfa, 834 bp
seq2 = pF1KB6304/gi568815580f_46005216.tfa (gi568815580f:46005216_46228122), 222907 bp

>pF1KB6304 834
>gi568815580f:46005216_46228122 (Chr18)

1-30  (99197-99226)   100% ->
31-205  (99979-100153)   100% ->
206-341  (112966-113101)   100% ->
342-476  (114711-114845)   100% ->
477-600  (117252-117375)   100% ->
601-666  (118084-118149)   100% ->
667-738  (119607-119678)   100% ->
739-786  (120529-120576)   100% ->
787-834  (122860-122907)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGCAGGAGGAGAGAGAAACGCAG         GTTGCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  99197 ATGGAGCCGCAGGAGGAGAGAGAAACGCAGGTG...TAGGTTGCTGCGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTTAAAAAAAATATTTGGAGATCATCCTATTCCACAGTATGAGGTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 GTTAAAAAAAATATTTGGAGATCATCCTATTCCACAGTATGAGGTGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACGGACCACAGAGATTTTACATCACCTTTCAGAACGCAACAGGGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100040 CACGGACCACAGAGATTTTACATCACCTTTCAGAACGCAACAGGGTCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAGGGATGTCTACCTGGTAATAGAGGACTTGAAGCAGAAAGCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100090 GACAGGGATGTCTACCTGGTAATAGAGGACTTGAAGCAGAAAGCAAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATACGAGTCAGAAG         CCAAGTATCTTCAAGACCTTCTCATGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100140 ATACGAGTCAGAAGGTG...TAGCCAAGTATCTTCAAGACCTTCTCATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGTGTGAATTTTTCCCCCGCCAATCTCTCTAGCACTGGTTCCAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112993 AGAGTGTGAATTTTTCCCCCGCCAATCTCTCTAGCACTGGTTCCAGGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGAATGCTTTGGTTGACAGTGCGGTGGCCCTTGAAACAAAGGATACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113043 CTGAATGCTTTGGTTGACAGTGCGGTGGCCCTTGAAACAAAGGATACCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTAGCTAG         TTTTATCCCTGCAGTGAATGATTTGACCTCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113093 GCTAGCTAGGTA...TAGTTTTATCCCTGCAGTGAATGATTTGACCTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCTCTTTCGTACCAAATCCAAAAGTGAAGAAATCAAGATTGAACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114743 ATCTCTTTCGTACCAAATCCAAAAGTGAAGAAATCAAGATTGAACTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAACTTGAAAAAAATTTAACTGCAACTTTAGTATTAGAAAAATGTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114793 AAACTTGAAAAAAATTTAACTGCAACTTTAGTATTAGAAAAATGTCTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGA         GGATGTCAAGAAAGCAGAGTTGCATCTGTCTACAGAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114843 AGAGTA...AAGGGATGTCAAGAAAGCAGAGTTGCATCTGTCTACAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGCCAAAGTTGATAATCGTCGTCAGAACATGGACTTTCTAAAAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117290 GGGCCAAAGTTGATAATCGTCGTCAGAACATGGACTTTCTAAAAGCAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCAGAGGAATTCAGATTTGGAATCAAGGCTGCAGAG         GAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117340 TCAGAGGAATTCAGATTTGGAATCAAGGCTGCAGAGGTT...TAGGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTTTCAGCCAGAGGCATGGATGCTTCTCTGTCTCATCAGTCCTTAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118089 ACTTTCAGCCAGAGGCATGGATGCTTCTCTGTCTCATCAGTCCTTAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACTATCAGAG         AAACTGGCAAGATTAAAGCAACAGACTATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118139 CACTATCAGAGGTG...CAGAAACTGGCAAGATTAAAGCAACAGACTATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTTTGAAGAAAAAATTGGAGTCCTATTTAGACTTAATGCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119637 CCTTTGAAGAAAAAATTGGAGTCCTATTTAGACTTAATGCCGGTA...AA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739  AATCCGTCTCTTGCTCAAGTGAAAATTGAAGAAGCAAAGCGAGAACTA 
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120528 GAATCCGTCTCTTGCTCAAGTGAAAATTGAAGAAGCAAAGCGAGAACTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787         GATAGCATTGAAGCTGAACTTACAAGAAGAGTAGACATGATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120578 TA...TAGGATAGCATTGAAGCTGAACTTACAAGAAGAGTAGACATGATG

    900     .
    829 GAACTG
        ||||||
 122902 GAACTG