seq1 = pF1KB6301.tfa, 750 bp
seq2 = pF1KB6301/gi568815584f_55038044.tfa (gi568815584f:55038044_55245268), 207225 bp

>pF1KB6301 750
>gi568815584f:55038044_55245268 (Chr14)

1-18  (99331-99348)   100% ->
19-342  (100002-100325)   100% ->
343-431  (102232-102320)   100% ->
432-597  (104541-104706)   100% ->
598-750  (107073-107225)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGACAATTTTTCG         CTCCATGATGCGTTATCTGGGTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  99331 ATGGCAGACAATTTTTCGGTA...CAGCTCCATGATGCGTTATCTGGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGAAACCCAAACCCTCAAGGATGGCCTGGCGCATGGGGGAACCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 TGGAAACCCAAACCCTCAAGGATGGCCTGGCGCATGGGGGAACCAGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGGGCAGGGGGCTACCCAGGGGCTTCCTATCCTGGGGCCTACCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 CTGGGGCAGGGGGCTACCCAGGGGCTTCCTATCCTGGGGCCTACCCCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGCACCCCCAGGGGCTTATCCTGGACAGGCACCTCCAGGCGCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100125 CAGGCACCCCCAGGGGCTTATCCTGGACAGGCACCTCCAGGCGCCTACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAGCACCTGGAGCTTATCCCGGAGCACCTGCACCTGGAGTCTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100175 TGGAGCACCTGGAGCTTATCCCGGAGCACCTGCACCTGGAGTCTACCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCCACCCAGCGGCCCTGGGGCCTACCCATCTTCTGGACAGCCAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100225 GGCCACCCAGCGGCCCTGGGGCCTACCCATCTTCTGGACAGCCAAGTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCGGAGCCTACCCTGCCACTGGCCCCTATGGCGCCCCTGCTGGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100275 ACCGGAGCCTACCCTGCCACTGGCCCCTATGGCGCCCCTGCTGGGCCACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 G         ATTGTGCCTTATAACCTGCCTTTGCCTGGGGGAGTGGTGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100325 GGTG...CAGATTGTGCCTTATAACCTGCCTTTGCCTGGGGGAGTGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCGCATGCTGATAACAATTCTGGGCACGGTGAAGCCCAATGCAAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102272 CTCGCATGCTGATAACAATTCTGGGCACGGTGAAGCCCAATGCAAACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432         AATTGCTTTAGATTTCCAAAGAGGGAATGATGTTGCCTTCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102322 TA...CAGAATTGCTTTAGATTTCCAAAGAGGGAATGATGTTGCCTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTTAACCCACGCTTCAATGAGAACAACAGGAGAGTCATTGTTTGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104583 CTTTAACCCACGCTTCAATGAGAACAACAGGAGAGTCATTGTTTGCAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAAGCTGGATAATAACTGGGGAAGGGAAGAAAGACAGTCGGTTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104633 CAAAGCTGGATAATAACTGGGGAAGGGAAGAAAGACAGTCGGTTTTCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTGAAAGTGGGAAACCATTCAAA         ATACAAGTACTGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104683 TTTGAAAGTGGGAAACCATTCAAAGTA...CAGATACAAGTACTGGTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCTGACCACTTCAAGGTTGCAGTGAATGATGCTCACTTGTTGCAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107090 ACCTGACCACTTCAAGGTTGCAGTGAATGATGCTCACTTGTTGCAGTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATCATCGGGTTAAAAAACTCAATGAAATCAGCAAACTGGGAATTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107140 ATCATCGGGTTAAAAAACTCAATGAAATCAGCAAACTGGGAATTTCTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .
    715 GACATAGACCTCACCAGTGCTTCATATACCATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107190 GACATAGACCTCACCAGTGCTTCATATACCATGATA