seq1 = pF1KB6296.tfa, 2376 bp
seq2 = pF1KB6296/gi568815586f_103964561.tfa (gi568815586f:103964561_104203270), 238710 bp

>pF1KB6296 2376
>gi568815586f:103964561_104203270 (Chr12)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-312  (101607-101755)   100% ->
313-473  (103387-103547)   100% ->
474-682  (114885-115093)   100% ->
683-767  (116186-116270)   100% ->
768-874  (117940-118046)   100% ->
875-1063  (118153-118341)   100% ->
1064-1231  (122287-122454)   100% ->
1232-1284  (123426-123478)   100% ->
1285-1462  (128826-129003)   100% ->
1463-1666  (130800-131003)   100% ->
1667-1740  (131800-131873)   100% ->
1741-1878  (133783-133920)   100% ->
1879-2064  (137408-137593)   100% ->
2065-2376  (138399-138710)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTCCCAGCCTCCTCAACTGGAGGCGAGTTTCTTCCTTCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTCCCAGCCTCCTCAACTGGAGGCGAGTTTCTTCCTTCACGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGGTCCCCCGCGCCCGGCACGGACACCGAGCGGTGGCCATCCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGGTCCCCCGCGCCCGGCACGGACACCGAGCGGTGGCCATCCGGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGATGATCATCTTTGGAGGGGGAAATGAGGGCATCGCGGATGAGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGATGATCATCTTTGGAGGGGGAAATGAGGGCATCGCGGATGAGCTGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTACAACACGG         CTACGAATCAGTGGTTTCTGCCAGCTGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCTACAACACGGGTA...TAGCTACGAATCAGTGGTTTCTGCCAGCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGAGGAGATATCCCTCCAGGCTGTGCTGCCCATGGATTTGTCTGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101635 TAGAGGAGATATCCCTCCAGGCTGTGCTGCCCATGGATTTGTCTGTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTACCAGAATATTAGTATTTGGGGGAATGGTTGAATATGGAAGATACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101685 GTACCAGAATATTAGTATTTGGGGGAATGGTTGAATATGGAAGATACAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGAGTTATATGAGTTACAA         GCAAGTCGTTGGTTATGGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101735 AATGAGTTATATGAGTTACAAGTA...TAGGCAAGTCGTTGGTTATGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAAGTGAAACCCCATCCCCCTCCTTCTGGTTTACCTCCTTGTCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 AAAAGTGAAACCCCATCCCCCTCCTTCTGGTTTACCTCCTTGTCCTCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGACATAGCTTCTCTTTATATGGTAACAAATGCTATTTGTTTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103457 TTGGACATAGCTTCTCTTTATATGGTAACAAATGCTATTTGTTTGGTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGCAAACGAAAGCGAAGATTCAAACAATAATGTTCCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103507 CTGGCAAACGAAAGCGAAGATTCAAACAATAATGTTCCCAGGTA...TAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATATTTAAATGATTTTTATGAGTTGGAGCTACAGCATGGCTCTGGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114885 ATATTTAAATGATTTTTATGAGTTGGAGCTACAGCATGGCTCTGGTGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGGTTGGAGCATTCCAGTGACTAAAGGGGTTGTGCCTTCTCCAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114935 TGGGTTGGAGCATTCCAGTGACTAAAGGGGTTGTGCCTTCTCCAAGAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCCACACAGCTGTTATATATTGCAAAAAAGATTCTGGAAGTCCTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114985 TCCCACACAGCTGTTATATATTGCAAAAAAGATTCTGGAAGTCCTAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTATGTTTTTGGTGGAATGTGTGGTGCTCGCCTGGATGACCTATGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115035 GTATGTTTTTGGTGGAATGTGTGGTGCTCGCCTGGATGACCTATGGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGACTTAG         AAACTATGTCATGGTCAAAACCAGAAACTAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115085 TTGACTTAGGTA...TAGAAACTATGTCATGGTCAAAACCAGAAACTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGACAGTGCCACTTCCACGAAGCCTTCATACAGCCAGTGTTATAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116218 GGGACAGTGCCACTTCCACGAAGCCTTCATACAGCCAGTGTTATAGGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAA         GATGTACATTTTTGGTGGATGGGTCCCACATAAGGGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116268 CAAGTA...CAGGATGTACATTTTTGGTGGATGGGTCCCACATAAGGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAAATACTGAGACTTCACCTCATGATTGTGAATGGAGATGTACCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117978 AAAATACTGAGACTTCACCTCATGATTGTGAATGGAGATGTACCAGTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTTCTTACCTAAATCTGG         ATACAACAGAGTGGACCACCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 118028 TTTTCTTACCTAAATCTGGGTG...CAGATACAACAGAGTGGACCACCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGTATCAGATTCTCAGGAAGATAAAAAAAATTCAAGACCAAGACCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118175 AGTATCAGATTCTCAGGAAGATAAAAAAAATTCAAGACCAAGACCAAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGGCCACTGTGCTGTTGCAATCGGCACTCGATTGTATTTTTGGAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118225 CTGGCCACTGTGCTGTTGCAATCGGCACTCGATTGTATTTTTGGAGTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAGATGGCTACAAAAAAGCACTGAATAGTCAAGTTTGCTGCAAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118275 AGAGATGGCTACAAAAAAGCACTGAATAGTCAAGTTTGCTGCAAGGATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTGGTATCTTGATACTG         AGAAACCACCGGCACCATCTCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118325 TTGGTATCTTGATACTGGTA...TAGAGAAACCACCGGCACCATCTCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TACAGCTGATCAAAGCCACTACCAACTCCTTTCATGTCAAGTGGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122311 TACAGCTGATCAAAGCCACTACCAACTCCTTTCATGTCAAGTGGGATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGTCTACAGTTGAGGGCTATCTTTTGCAGTTGAGTACAGACTTGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122361 GTGTCTACAGTTGAGGGCTATCTTTTGCAGTTGAGTACAGACTTGCCATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCAAGCTGCATCATCAGATTCTTCAGCAGCACCAAATATGCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122411 CCAAGCTGCATCATCAGATTCTTCAGCAGCACCAAATATGCAAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232    GAGTCAGGATGGACCCTCACAGACAAGGCAGTAATAACATCGTTCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123423 CAGGAGTCAGGATGGACCCTCACAGACAAGGCAGTAATAACATCGTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AACAGT         ATCAATGATACAATAAACAGCACAAAAACTGAACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123473 AACAGTGTA...TAGATCAATGATACAATAAACAGCACAAAAACTGAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCCAGCCACAAAAGAAACTTCAATGAAAAACAAACCAGACTTTAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128861 GCCAGCCACAAAAGAAACTTCAATGAAAAACAAACCAGACTTTAAAGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGACGGATTCTAATGCCATTTTATATCCATCTTTGGCATCAAATGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128911 TGACGGATTCTAATGCCATTTTATATCCATCTTTGGCATCAAATGCTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AATCATAATAGTCATGTGGTGGATATGCTAAGGAAAAATGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 128961 AATCATAATAGTCATGTGGTGGATATGCTAAGGAAAAATGAAGGTA...T

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1463   GTCCTCACACTTCAGCAAATGTAGGTGTTCTAAGTAGTTGCCTGGATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130798 AGGTCCTCACACTTCAGCAAATGTAGGTGTTCTAAGTAGTTGCCTGGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TAAGAACAGTAATTCCTGAAACATCTGTATCCAGTACTGTTTCCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130848 TAAGAACAGTAATTCCTGAAACATCTGTATCCAGTACTGTTTCCAGCACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CAAACTATGGTAACCCAGCAGACCATTAAAACTGAATCATCCAGTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130898 CAAACTATGGTAACCCAGCAGACCATTAAAACTGAATCATCCAGTACAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGGGGCAGTTGTTAAAGATGAAACTTCACTAACAACATTCAGTACCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130948 TGGGGCAGTTGTTAAAGATGAAACTTCACTAACAACATTCAGTACCAAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTGAAG         TTGATGAAACATATGCACTGCCTGCAACGAAGATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130998 CTGAAGGTT...TAGTTGATGAAACATATGCACTGCCTGCAACGAAGATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGCCGTGTAGAGACACATGCTACAGCAACGCCGTTTTCT         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 131835 AGCCGTGTAGAGACACATGCTACAGCAACGCCGTTTTCTGTA...TAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGAGACTCCTTCAAATCCAGTGGCCACAGTGAAAGCGGGAGAACGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133785 AGAGACTCCTTCAAATCCAGTGGCCACAGTGAAAGCGGGAGAACGACAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GGTGTGATGTGGGAATTTTTAAAAATAATACAGCTTTGGTGAGCCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133835 GGTGTGATGTGGGAATTTTTAAAAATAATACAGCTTTGGTGAGCCAGTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TATTTGCTGCCAAAAGGGAAGCAAAGCATCTCAAAG         GTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 133885 TATTTGCTGCCAAAAGGGAAGCAAAGCATCTCAAAGGTA...TAGGTAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AAATGCAGATGTACCTGACTACAGCTTGCTTAAGAAACAAGATCTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137413 AAATGCAGATGTACCTGACTACAGCTTGCTTAAGAAACAAGATCTTGTTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CAGGCACAGGATACAGATTCAGGGTTGCTGCAATCAATGGTTGTGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137463 CAGGCACAGGATACAGATTCAGGGTTGCTGCAATCAATGGTTGTGGGATA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGTCCTTTCAGCAAAATCAGTGAATTTAAAACTTGTATTCCTGGTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137513 GGTCCTTTCAGCAAAATCAGTGAATTTAAAACTTGTATTCCTGGTTTTCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TGGAGCTCCTTCTGCAGTCAGAATTTCAAAG         AATGTTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 137563 TGGAGCTCCTTCTGCAGTCAGAATTTCAAAGGTG...AAGAATGTTGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 GTATCCACCTTTCCTGGGAACCTCCAACCTCACCTTCTGGAAATATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138409 GTATCCACCTTTCCTGGGAACCTCCAACCTCACCTTCTGGAAATATTTTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GAATATTCAGCCTACTTGGCTATCCGCACAGCACAGATACAAGATAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138459 GAATATTCAGCCTACTTGGCTATCCGCACAGCACAGATACAAGATAATCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 AAGTCAACTTGTGTTCATGAGGATTTATTGTGGTCTTAAGACATCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138509 AAGTCAACTTGTGTTCATGAGGATTTATTGTGGTCTTAAGACATCATGTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TAGTAACTGCTGGGCAACTTGCAAATGCACATATTGATTATACATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138559 TAGTAACTGCTGGGCAACTTGCAAATGCACATATTGATTATACATCCAGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CCTGCCATTGTGTTCAGGATATCAGCAAAGAATGAAAAGGGATATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138609 CCTGCCATTGTGTTCAGGATATCAGCAAAGAATGAAAAGGGATATGGACC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 AGCTACACAAGTTCGGTGGCTTCAAGGTAACAATAAGAAAGCACCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138659 AGCTACACAAGTTCGGTGGCTTCAAGGTAACAATAAGAAAGCACCTTTAA

   2500 
   2375 AT
        ||
 138709 AT