seq1 = pF1KB6289.tfa, 2289 bp
seq2 = pF1KB6289/gi568815586r_2758641.tfa (gi568815586r:2758641_2974478), 215838 bp

>pF1KB6289 2289
>gi568815586r:2758641_2974478 (Chr12)

(complement)

1-502  (100001-100502)   100% ->
503-654  (102232-102383)   100% ->
655-846  (105725-105916)   100% ->
847-975  (107958-108086)   100% ->
976-1020  (109080-109124)   100% ->
1021-1090  (109727-109796)   100% ->
1091-1266  (109984-110159)   100% ->
1267-2289  (114816-115838)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAACTAGCCCCCGTCGGCCACTGATTCTCAAAAGACGGAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAACTAGCCCCCGTCGGCCACTGATTCTCAAAAGACGGAGGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTCCTGTTCAAAATGCCCCAAGTGAAACATCAGAGGAGGAACCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTCCTGTTCAAAATGCCCCAAGTGAAACATCAGAGGAGGAACCTAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GATCCCCTGCCCAACAGGAGTCTAATCAAGCAGAGGCCTCCAAGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GATCCCCTGCCCAACAGGAGTCTAATCAAGCAGAGGCCTCCAAGGAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGAGTCCAACTCTTGCAAGTTTCCAGCTGGGATCAAGATTATTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGAGTCCAACTCTTGCAAGTTTCCAGCTGGGATCAAGATTATTAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCACCATGCCCAACACGCAAGTAGTGGCCATCCCCAACAATGCTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCACCATGCCCAACACGCAAGTAGTGGCCATCCCCAACAATGCTAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCACAGCATCATCACAGCACTGACTGCCAAGGGAAAAGAGAGTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTCACAGCATCATCACAGCACTGACTGCCAAGGGAAAAGAGAGTGGCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTGGGCCCAACAAATTCATCCTCATCAGCTGTGGGGGAGCCCCAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTGGGCCCAACAAATTCATCCTCATCAGCTGTGGGGGAGCCCCAACTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCTCCAGGACTCCGGCCTCAAACCCAAACCAGCTATGATGCCAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCTCCAGGACTCCGGCCTCAAACCCAAACCAGCTATGATGCCAAAAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGAAGTGACCCTGGAGACCTTGGGACCAAAACCTGCAGCTAGGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGAAGTGACCCTGGAGACCTTGGGACCAAAACCTGCAGCTAGGGATGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATCTTCCTAGACCACCTGGAGCCCTTTGCGAGCAGAAACGGGAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AATCTTCCTAGACCACCTGGAGCCCTTTGCGAGCAGAAACGGGAGACCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TG         CAGATGGTGAGGCAGCAGGCTGCACTATCAACAATAGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGTA...TAGCAGATGGTGAGGCAGCAGGCTGCACTATCAACAATAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TATCCAACATCCAGTGGCTTCGAAAGATGAGTTCTGATGGACTGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102271 TATCCAACATCCAGTGGCTTCGAAAGATGAGTTCTGATGGACTGGGCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGCAGCATCAAGCAAGAGATGGAGGAAAAGGAGAATTGTCACCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102321 CGCAGCATCAAGCAAGAGATGGAGGAAAAGGAGAATTGTCACCTGGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCGACAGGTTAAG         GTTGAGGAGCCTTCGAGACCATCAGCGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102371 GCGACAGGTTAAGGTG...CAGGTTGAGGAGCCTTCGAGACCATCAGCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTGGCAGAACTCTGTGTCTGAGCGGCCACCCTACTCTTACATGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105753 CCTGGCAGAACTCTGTGTCTGAGCGGCCACCCTACTCTTACATGGCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATACAATTCGCCATCAACAGCACTGAGAGGAAGCGCATGACTTTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105803 ATACAATTCGCCATCAACAGCACTGAGAGGAAGCGCATGACTTTGAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CATCTATACGTGGATTGAGGACCACTTTCCCTACTTTAAGCACATTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105853 CATCTATACGTGGATTGAGGACCACTTTCCCTACTTTAAGCACATTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGCCAGGCTGGAAG         AACTCCATCCGCCACAACCTTTCCCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105903 AGCCAGGCTGGAAGGTA...CAGAACTCCATCCGCCACAACCTTTCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CACGACATGTTTGTCCGGGAGACGTCTGCCAATGGCAAGGTCTCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 CACGACATGTTTGTCCGGGAGACGTCTGCCAATGGCAAGGTCTCCTTCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GACCATTCACCCCAGTGCCAACCGCTACTTGACATTGGACCAGGTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108035 GACCATTCACCCCAGTGCCAACCGCTACTTGACATTGGACCAGGTGTTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AG         CCACTGGACCCAGGGTCTCCACAATTGCCCGAGCACTTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108085 AGGTG...CAGCCACTGGACCCAGGGTCTCCACAATTGCCCGAGCACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAATCA         CAGCAGAAACGACCGAATCCAGAGCTCCGCCGGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109119 GAATCAGTA...CAGCAGCAGAAACGACCGAATCCAGAGCTCCGCCGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CATGACCATCAAAACCGAACTCCCCCTGGGCGCAC         GGCGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109762 CATGACCATCAAAACCGAACTCCCCCTGGGCGCACGTT...TAGGGCGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGATGAAGCCACTGCTACCACGGGTCAGCTCATACCTGGTACCTATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109990 AGATGAAGCCACTGCTACCACGGGTCAGCTCATACCTGGTACCTATCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTCCCGGTGAACCAGTCACTGGTGTTGCAGCCCTCGGTGAAGGTGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110040 TTCCCGGTGAACCAGTCACTGGTGTTGCAGCCCTCGGTGAAGGTGCCATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCCCCTGGCGGCTTCCCTCATGAGCTCAGAGCTTGCCCGCCATAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110090 GCCCCTGGCGGCTTCCCTCATGAGCTCAGAGCTTGCCCGCCATAGCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GAGTCCGCATTGCCCCCAAG         GTGCTGCTAGCTGAGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110140 GAGTCCGCATTGCCCCCAAGGTG...CAGGTGCTGCTAGCTGAGGAGGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATAGCTCCTCTTTCTTCTGCAGGACCAGGGAAAGAGGAGAAACTCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114837 ATAGCTCCTCTTTCTTCTGCAGGACCAGGGAAAGAGGAGAAACTCCTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGGAGAAGGGTTTTCTCCTTTGCTTCCAGTTCAGACTATCAAGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114887 TGGAGAAGGGTTTTCTCCTTTGCTTCCAGTTCAGACTATCAAGGAGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AAATCCAGCCTGGGGAGGAAATGCCACACTTAGCGAGACCCATCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114937 AAATCCAGCCTGGGGAGGAAATGCCACACTTAGCGAGACCCATCAAAGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GAGAGCCCTCCCTTGGAAGAGTGGCCCTCCCCGGCCCCATCTTTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114987 GAGAGCCCTCCCTTGGAAGAGTGGCCCTCCCCGGCCCCATCTTTCAAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GGAATCATCTCACTCCTGGGAGGATTCGTCCCAATCTCCCACCCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115037 GGAATCATCTCACTCCTGGGAGGATTCGTCCCAATCTCCCACCCCAAGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CCAAGAAGTCCTACAGTGGGCTTAGGTCCCCAACCCGGTGTGTCTCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115087 CCAAGAAGTCCTACAGTGGGCTTAGGTCCCCAACCCGGTGTGTCTCGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 ATGCTTGTGATTCAACACAGGGAGAGGAGGGAGAGGAGCCGGTCTCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115137 ATGCTTGTGATTCAACACAGGGAGAGGAGGGAGAGGAGCCGGTCTCGGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GAAACAGCATCTACTGCCTCCCTGTGTGGATGAGCCGGAGCTGCTCTTCT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115187 AAAACAGCATCTACTGCCTCCCTGTGTGGATGAGCCGGAGCTGCTCTTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CAGAGGGGCCCAGTACTTCCCGCTGGGCCGCAGAGCTCCCGTTCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115237 CAGAGGGGCCCAGTACTTCCCGCTGGGCCGCAGAGCTCCCGTTCCCAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GACTCCTCTGACCCTGCCTCCCAGCTCAGCTACTCCCAGGAAGTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115287 GACTCCTCTGACCCTGCCTCCCAGCTCAGCTACTCCCAGGAAGTGGGAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 ACCTTTTAAGACACCCATTAAGGAAACGCTGCCCATCTCCTCCACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115337 ACCTTTTAAGACACCCATTAAGGAAACGCTGCCCATCTCCTCCACCCCGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 GCAAATCTGTCCTCCCCAGAACCCCTGAATCCTGGAGGCTCACGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115387 GCAAATCTGTCCTCCCCAGAACCCCTGAATCCTGGAGGCTCACGCCCCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 GCCAAAGTAGGGGGACTGGATTTCAGCCCAGTACAAACCTCCCAGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115437 GCCAAAGTAGGGGGACTGGATTTCAGCCCAGTACAAACCTCCCAGGGTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 CTCTGACCCCTTGCCTGACCCCCTGGGGCTGATGGATCTCAGCACCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115487 CTCTGACCCCTTGCCTGACCCCCTGGGGCTGATGGATCTCAGCACCACTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 CCTTGCAAAGTGCTCCCCCCCTTGAATCACCGCAAAGGCTCCTCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115537 CCTTGCAAAGTGCTCCCCCCCTTGAATCACCGCAAAGGCTCCTCAGTTCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 GAACCCTTAGACCTCATCTCCGTCCCCTTTGGCAACTCTTCTCCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115587 GAACCCTTAGACCTCATCTCCGTCCCCTTTGGCAACTCTTCTCCCTCAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 TATAGACGTCCCCAAGCCAGGCTCCCCGGAGCCACAGGTTTCTGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115637 TATAGACGTCCCCAAGCCAGGCTCCCCGGAGCCACAGGTTTCTGGCCTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 CAGCCAATCGTTCTCTGACAGAAGGCCTGGTCCTGGACACAATGAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115687 CAGCCAATCGTTCTCTGACAGAAGGCCTGGTCCTGGACACAATGAATGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 AGCCTCAGCAAGATCCTGCTGGACATCAGCTTTCCTGGCCTGGACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115737 AGCCTCAGCAAGATCCTGCTGGACATCAGCTTTCCTGGCCTGGACGAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 CCCACTGGGCCCTGACAACATCAACTGGTCCCAGTTTATTCCTGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115787 CCCACTGGGCCCTGACAACATCAACTGGTCCCAGTTTATTCCTGAGCTAC

   2350 
   2288 AG
        ||
 115837 AG