seq1 = pF1KB6282.tfa, 2343 bp
seq2 = pF1KB6282/gi568815596r_75564669.tfa (gi568815596r:75564669_75810855), 246187 bp

>pF1KB6282 2343
>gi568815596r:75564669_75810855 (Chr2)

(complement)

1-265  (100001-100265)   99% ->
266-394  (104205-104333)   100% ->
395-619  (108433-108657)   100% ->
620-717  (109569-109666)   100% ->
718-833  (114541-114656)   99% ->
834-1020  (116429-116615)   100% ->
1021-1144  (118756-118879)   100% ->
1145-1226  (120137-120218)   100% ->
1227-1339  (120775-120887)   100% ->
1340-1539  (121631-121830)   100% ->
1540-1690  (122879-123029)   99% ->
1691-1812  (130542-130663)   99% ->
1813-1889  (137336-137412)   100% ->
1890-1956  (138840-138906)   100% ->
1957-2103  (140572-140718)   100% ->
2104-2228  (144803-144927)   100% ->
2229-2343  (146073-146187)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCACAGGCCGAAAAGGACTTTTCGGCAGCGCGCGGCTGATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCACAGGCCGAAAAGGACTTTTCGGCAGCGCGCGGCTGATTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACAGCGATGGCGCCGAGGAGTCGCCTGCTGAGCCTGGGGCGCCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACAGCGATGGCGCCGAGGAGTCGCCTGCTGAGCCTGGGGCGCCGAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTTCCGGTCCCGGGTTCTGCGGAGGAAGAGCCGCCCTCTGGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTTCCGGTCCCGGGTTCTGCGGAGGAAGAGCCGCCCTCTGGAGGAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGCGCAGGTGGCGGGACTGCCCCACCGGATTCGGGGCCCTCGTGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100151 CGCGCGCAGGTGGCGGGACTGCCCCACCGGGTTCGGGGCCCTCGTGGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCCGGGTCTGGGCGAGCTCCCGGCGTGCCACCAAAGCGGCTCCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCCGGGTCTGGGCGAGCTCCCGGCGTGCCACCAAAGCGGCTCCCCGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGACGAAGGCTCAG         AATCCAGAACCCTTGATGTGTCCACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGACGAAGGCTCAGGTG...TAGAATCCAGAACCCTTGATGTGTCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGAAGAGGATAAAATACATCACTCCTCAGAAAGTAAGGATGATCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104231 GATGAAGAGGATAAAATACATCACTCCTCAGAAAGTAAGGATGATCAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTGTCTTCTGACAGTTCTAGCTCTCTTGGAGAAAAAGAACTTTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104281 TTTGTCTTCTGACAGTTCTAGCTCTCTTGGAGAAAAAGAACTTTCATCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAG         TTAAGATCCCAGATGCAGCTTTTATTCAGGCAGCCCGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104331 CAGGTT...CAGTTAAGATCCCAGATGCAGCTTTTATTCAGGCAGCCCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGAAAACGTGAATTGGCCAGGGCCCAAGATGACTATATTTCTTTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108471 AGAAAACGTGAATTGGCCAGGGCCCAAGATGACTATATTTCTTTGGATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACAACATACCTCCTCCATCTCTGGTATGAAGAGAGAGAGCGAAGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108521 ACAACATACCTCCTCCATCTCTGGTATGAAGAGAGAGAGCGAAGATGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGAGAGTGAGCCTGATGACCATGAAAAGAGAATACCATTTACTCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108571 CTGAGAGTGAGCCTGATGACCATGAAAAGAGAATACCATTTACTCTAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCTCAAACACTTAGACAAAGGATGGCTGAGGAATCAA         TAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108621 CCTCAAACACTTAGACAAAGGATGGCTGAGGAATCAAGTA...TAGTAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGAAATGAAGAAACAAGTGAAGAAAGTCAGGAAGATGAAAAGCAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109573 CAGAAATGAAGAAACAAGTGAAGAAAGTCAGGAAGATGAAAAGCAAGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTTGGGAACAACAGCAAATGAGGAAAGCAGTTAAAATCATAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109623 CTTGGGAACAACAGCAAATGAGGAAAGCAGTTAAAATCATAGAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718    GAAAGAGACATAGATCTTTCCTGTGGCAGTGGATCTTCAAAAGTGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 114538 TAGGAAAGAGACATAGATCTTTCCTGTGGCAATGGATCTTCAAAAGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAAATTTGATACTTCCATTTCATTTCCGCCAGTAAATTTAGAAATTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114588 GAAATTTGATACTTCCATTTCATTTCCGCCAGTAAATTTAGAAATTATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGAAGCAATTAAATACTAG         ATTAACATTACTACAGGAAACT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114638 AGAAGCAATTAAATACTAGGTG...TAGATTAACATTACTACAGGAAACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CACCGCTCACACCTGAGGGAGTATGAAAAATACGTACAAGATGTCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116451 CACCGCTCACACCTGAGGGAGTATGAAAAATACGTACAAGATGTCAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTCAAAGAGTACCATCCAGAACCTAGAGAGTTCATCAAATCAAGCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116501 CTCAAAGAGTACCATCCAGAACCTAGAGAGTTCATCAAATCAAGCTCTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATTGTAAATTCTATAAAAGCATGAAAATTTATGTGGAAAATTTAATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116551 ATTGTAAATTCTATAAAAGCATGAAAATTTATGTGGAAAATTTAATTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGCCTTAATGAAAAG         ATTATCAACATCCAAGAAATAGAATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116601 TGCCTTAATGAAAAGGTA...CAGATTATCAACATCCAAGAAATAGAATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATCCATGCATGCACTCCTTTTAAAACAAGCTATGACCTTTATGAAACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118782 ATCCATGCATGCACTCCTTTTAAAACAAGCTATGACCTTTATGAAACGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGCAAGATGAATTAAAACATGAATCAACGTATTTACAACAGTTATCAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118832 GGCAAGATGAATTAAAACATGAATCAACGTATTTACAACAGTTATCACGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1145        GCAAAGATGAGACATCCACAAGTGGAAACTTCTCAGTAGATGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118882 T...CAGGCAAAGATGAGACATCCACAAGTGGAAACTTCTCAGTAGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AAAAACTCAGTGGATTTTAGAAGAGATTGAATCTCGAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120180 AAAAACTCAGTGGATTTTAGAAGAGATTGAATCTCGAAGGTA...TAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAAAAAGAAGACAAGCAAGGGTGCTTTCTGGGAATTGTAACCATCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120777 CAAAAAGAAGACAAGCAAGGGTGCTTTCTGGGAATTGTAACCATCAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGAACATCTAGTGATGATGAACTGCCTTCAGCAGAGATGATTGACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120827 GGAACATCTAGTGATGATGAACTGCCTTCAGCAGAGATGATTGACTTCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAAAAGCCAAG         GTGACATTTTACAGAAACAGAAGAAAGTTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120877 AAAAAGCCAAGGTC...CAGGTGACATTTTACAGAAACAGAAGAAAGTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTGAAGAAGTGCAAGATGATTTTTGTAACATCCAGAATATTTTGTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121661 TTGAAGAAGTGCAAGATGATTTTTGTAACATCCAGAATATTTTGTTGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTTCAGCAATGGCGAGAAAAGTTTCCTGACTCCTATTATGAAGCTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121711 TTTCAGCAATGGCGAGAAAAGTTTCCTGACTCCTATTATGAAGCTTTCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TAGTTTATGCATACCAAAGCTTTTAAATCCCCTAATACGAGTTCAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121761 TAGTTTATGCATACCAAAGCTTTTAAATCCCCTAATACGAGTTCAGTTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TTGATTGGAATCCTCTTAAG         TTGGAATCCACAGGTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 121811 TTGATTGGAATCCTCTTAAGGTA...AAGTTGGAATCCACAGGTTTAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GAGATGCCATGGTTCAAATCTGTAGAAGAATTTATGGATAGCAGTGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 122900 GAGATGCCATGGTTCAAATCTGTAGAAGAATTTATGGATAGCAGTGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGATTCAAAGAAGGAAAGTAGTTCAGATAAAAAAGTCTTGTCTGCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122950 AGATTCAAAGAAGGAAAGTAGTTCAGATAAAAAAGTCTTGTCTGCAATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCAACAAAACAATTATTCCCCGACTTACAG         ACTTTGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123000 TCAACAAAACAATTATTCCCCGACTTACAGGTA...CAGACTTTGTAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TTCCTTTGGGATCCTTTGTCAACCTCACAGACAACAAGTTTAATAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130553 TTCCTTTGGGATCCTTTGTCAACCTCACAGACAACAAGTTTAATAACACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TTGCAGAGTGATTCTTGAAGAACATTCCGCTTGTGAAAATGAAGTTAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 130603 TTGCAGAGTGATTCTTGAAGAACATTCCACTTGTGAAAATGAAGTTAGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AAAGCAGACAG         GATTTACTTAAATCCATTGTTTCAAGAATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 130653 AAAGCAGACAGGTA...TAGGATTTACTTAAATCCATTGTTTCAAGAATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AAAAAGGCAGTAGAAGATGATGTTTTTATTCCTCTGTATCCAAAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 137366 AAAAAGGCAGTAGAAGATGATGTTTTTATTCCTCTGTATCCAAAGAGGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1890       TGCTGTAGAAAACAAAACATCACCTCATTCAAAGTTCCAAGAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137416 ...TAGTGCTGTAGAAAACAAAACATCACCTCATTCAAAGTTCCAAGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GACAGTTCTGGTCAGGCCTAAAG         CTCTTCCGCAATATTCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 138884 GACAGTTCTGGTCAGGCCTAAAGGTG...TAGCTCTTCCGCAATATTCTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CTTTGGAATGGACTCCTTACAGATGACACCTTGCAAGAACTAGGACTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140590 CTTTGGAATGGACTCCTTACAGATGACACCTTGCAAGAACTAGGACTAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GAAGCTGCTAAATCGTTACCTTATTATAGCACTTCTCAATGCCACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140640 GAAGCTGCTAAATCGTTACCTTATTATAGCACTTCTCAATGCCACACCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 GGCCAGATGTGGTTAAAAAGTGCAACCAG         GTAGCAGCATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 140690 GGCCAGATGTGGTTAAAAAGTGCAACCAGGTA...CAGGTAGCAGCATGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CTACCAGAAAAATGGTTTGAAAATTCTGCCATGAGGACATCTATTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144815 CTACCAGAAAAATGGTTTGAAAATTCTGCCATGAGGACATCTATTCCACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GCTAGAAAACTTCATTCAGTTTTTATTGCAGTCTGCACATAAATTATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144865 GCTAGAAAACTTCATTCAGTTTTTATTGCAGTCTGCACATAAATTATCTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GAAGTGAATTCAG         GGATGAAGTCGAAGAAATAATTCTTATT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 144915 GAAGTGAATTCAGGTA...CAGGGATGAAGTCGAAGAAATAATTCTTATT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 TTGGTGAAAATAAAAGCTTTGAATCAAGCAGAATCCTTCATAGGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146101 TTGGTGAAAATAAAAGCTTTGAATCAAGCAGAATCCTTCATAGGAGAGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .
   2307 TCACCTAGACCATCTTAAATCACTAATTAAAGAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146151 TCACCTAGACCATCTTAAATCACTAATTAAAGAAGAT