seq1 = pF1KB6281.tfa, 2394 bp
seq2 = pF1KB6281/gi568815594r_23695825.tfa (gi568815594r:23695825_23989957), 294133 bp

>pF1KB6281 2394
>gi568815594r:23695825_23989957 (Chr4)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-234  (105027-105206)   100% ->
235-429  (158207-158401)   100% ->
430-552  (160373-160495)   100% ->
553-757  (161354-161558)   100% ->
758-803  (165450-165495)   100% ->
804-877  (165605-165678)   100% ->
878-1793  (175353-176268)   100% ->
1794-1898  (176833-176937)   100% ->
1899-2019  (177091-177211)   100% ->
2020-2141  (187613-187734)   100% ->
2142-2293  (188077-188228)   100% ->
2294-2394  (194033-194133)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTGGGACATGTGCAACCAGGACTCTGAGTCTGTATGGAGTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTGGGACATGTGCAACCAGGACTCTGAGTCTGTATGGAGTGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAG         TGTGCTGCTCTGGTTGGTGAAGACCAGCCTCTTTGCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGTG...CAGTGTGCTGCTCTGGTTGGTGAAGACCAGCCTCTTTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGATCTTCCTGAACTTGATCTTTCTGAACTAGATGTGAACGACTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105064 CAGATCTTCCTGAACTTGATCTTTCTGAACTAGATGTGAACGACTTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGACAGCTTTCTGGGTGGACTCAAGTGGTGCAGTGACCAATCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105114 ACAGACAGCTTTCTGGGTGGACTCAAGTGGTGCAGTGACCAATCAGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATATCCAATCAGTACAACAATGAGCCTTCAAACATATTTGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105164 AATATCCAATCAGTACAACAATGAGCCTTCAAACATATTTGAGGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   AAGATAGATGAAGAGAATGAGGCAAACTTGCTAGCAGTCCTCACAGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158205 AGAAGATAGATGAAGAGAATGAGGCAAACTTGCTAGCAGTCCTCACAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACACTAGACAGTCTCCCTGTGGATGAAGACGGATTGCCCTCATTTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158255 ACACTAGACAGTCTCCCTGTGGATGAAGACGGATTGCCCTCATTTGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGACAGATGGAGACGTGACCACTGACAATGAGGCTAGTCCTTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158305 GCTGACAGATGGAGACGTGACCACTGACAATGAGGCTAGTCCTTCCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCCTGACGGCACCCCTCCACCCCAGGAGGCAGAAGAGCCGTCTCTA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 158355 TGCCTGACGGCACCCCTCCACCCCAGGAGGCAGAAGAGCCGTCTCTAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       CTTAAGAAGCTCTTACTGGCACCAGCCAACACTCAGCTAAGTTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158405 ...TAGCTTAAGAAGCTCTTACTGGCACCAGCCAACACTCAGCTAAGTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAATGAATGCAGTGGTCTCAGTACCCAGAACCATGCAAATCACAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160417 TAATGAATGCAGTGGTCTCAGTACCCAGAACCATGCAAATCACAATCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGATCAGAACAAACCCTGCAATTGTTAAG         ACTGAGAATTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 160467 GGATCAGAACAAACCCTGCAATTGTTAAGGTA...AAGACTGAGAATTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGAGCAATAAAGCGAAGAGTATTTGTCAACAGCAAAAGCCACAAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161366 TGGAGCAATAAAGCGAAGAGTATTTGTCAACAGCAAAAGCCACAAAGACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCCTGCTCGGAGCTTCTCAAATATCTGACCACAAACGATGACCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161416 TCCCTGCTCGGAGCTTCTCAAATATCTGACCACAAACGATGACCCTCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACCAAACCCACAGAGAACAGAAACAGCAGCAGAGACAAATGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161466 ACACCAAACCCACAGAGAACAGAAACAGCAGCAGAGACAAATGCACCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAAAGAAGTCCCACACACAGTCGCAGTCACAACACTTACAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 161516 AAAAAGAAGTCCCACACACAGTCGCAGTCACAACACTTACAAGGTA...T

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   CCAAACCAACAACTTTATCTCTTCCTCTGACCCCAGAGTCACCAAA  
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 165448 AGCCAAACCAACAACTTTATCTCTTCCTCTGACCCCAGAGTCACCAAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804        TGACCCCAAGGGTTCCCCATTTGAGAACAAGACTATTGAACGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165498 A...CAGTGACCCCAAGGGTTCCCCATTTGAGAACAAGACTATTGAACGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCTTAAGTGTGGAACTCTCTGGAACTGCAG         GCCTAACTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 165648 ACCTTAAGTGTGGAACTCTCTGGAACTGCAGGTA...TAGGCCTAACTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACCCACCACTCCTCCTCATAAAGCCAACCAAGATAACCCTTTTAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175363 ACCCACCACTCCTCCTCATAAAGCCAACCAAGATAACCCTTTTAGGGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCCAAAGCTGAAGTCCTCTTGCAAGACTGTGGTGCCACCACCATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175413 CTCCAAAGCTGAAGTCCTCTTGCAAGACTGTGGTGCCACCACCATCAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGCCCAGGTACAGTGAGTCTTCTGGTACACAAGGCAATAACTCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175463 AAGCCCAGGTACAGTGAGTCTTCTGGTACACAAGGCAATAACTCCACCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAAAGGGCCGGAGCAATCCGAGTTGTATGCACAACTCAGCAAGTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175513 GAAAGGGCCGGAGCAATCCGAGTTGTATGCACAACTCAGCAAGTCCTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCCTCACTGGTGGACACGAGGAAAGGAAGACCAAGCGGCCCAGTCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175563 TCCTCACTGGTGGACACGAGGAAAGGAAGACCAAGCGGCCCAGTCTGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTGTTTGGTGACCATGACTATTGCCAGTCAATTAATTCCAAAACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175613 CTGTTTGGTGACCATGACTATTGCCAGTCAATTAATTCCAAAACAGAAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACTCATTAATATATCACAGGAGCTCCAAGACTCTAGACAACTAGAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175663 ACTCATTAATATATCACAGGAGCTCCAAGACTCTAGACAACTAGAAAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAGATGTCTCCTCTGATTGGCAGGGGCAGATTTGTTCTTCCACAGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175713 AAGATGTCTCCTCTGATTGGCAGGGGCAGATTTGTTCTTCCACAGATTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GACCAGTGCTACCTGAGAGAGACTTTGGAGGCAAGCAAGCAGGTCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175763 GACCAGTGCTACCTGAGAGAGACTTTGGAGGCAAGCAAGCAGGTCTCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TTGCAGCACAAGAAAACAGCTCCAAGACCAGGAAATCCGAGCCGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175813 TTGCAGCACAAGAAAACAGCTCCAAGACCAGGAAATCCGAGCCGAGCTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ACAAGCACTTCGGTCATCCCAGTCAAGCTGTTTTTGACGACGAAGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175863 ACAAGCACTTCGGTCATCCCAGTCAAGCTGTTTTTGACGACGAAGCAGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGACCGGTGAACTGAGGGACAGTGATTTCAGTAATGAACAATTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175913 AAGACCGGTGAACTGAGGGACAGTGATTTCAGTAATGAACAATTCTCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 ACTACCTATGTTTATAAATTCAGGACTAGCCATGGATGGCCTGTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175963 ACTACCTATGTTTATAAATTCAGGACTAGCCATGGATGGCCTGTTTGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ACAGCGAAGATGAAAGTGATAAACTGAGCTACCCTTGGGATGGCACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176013 ACAGCGAAGATGAAAGTGATAAACTGAGCTACCCTTGGGATGGCACGCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TCCTATTCATTGTTCAATGTGTCTCCTTCTTGTTCTTCTTTTAACTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176063 TCCTATTCATTGTTCAATGTGTCTCCTTCTTGTTCTTCTTTTAACTCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 ATGTAGAGATTCTGTGTCACCACCCAAATCCTTATTTTCTCAAAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176113 ATGTAGAGATTCTGTGTCACCACCCAAATCCTTATTTTCTCAAAGACCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 AAAGGATGCGCTCTCGTTCAAGGTCCTTTTCTCGACACAGGTCGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176163 AAAGGATGCGCTCTCGTTCAAGGTCCTTTTCTCGACACAGGTCGTGTTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CGATCACCATATTCCAGGTCAAGATCAAGGTCTCCAGGCAGTAGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176213 CGATCACCATATTCCAGGTCAAGATCAAGGTCTCCAGGCAGTAGATCCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TTCAAG         ATCCTGCTATTACTATGAGTCAAGCCACTACAGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176263 TTCAAGGTA...CAGATCCTGCTATTACTATGAGTCAAGCCACTACAGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 ACCGCACGCACCGAAATTCTCCCTTGTATGTGAGATCACGTTCAAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176868 ACCGCACGCACCGAAATTCTCCCTTGTATGTGAGATCACGTTCAAGATCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CCCTACAGCCGTCGGCCCAG         GTATGACAGCTACGAGGAATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 176918 CCCTACAGCCGTCGGCCCAGGTA...CAGGTATGACAGCTACGAGGAATA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TCAGCACGAGAGGCTGAAGAGGGAAGAATATCGCAGAGAGTATGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177112 TCAGCACGAGAGGCTGAAGAGGGAAGAATATCGCAGAGAGTATGAGAAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GAGAGTCTGAGAGGGCCAAGCAAAGGGAGAGGCAGAGGCAGAAGGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177162 GAGAGTCTGAGAGGGCCAAGCAAAGGGAGAGGCAGAGGCAGAAGGCAATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020          GAAGAGCGCCGTGTGATTTATGTCGGTAAAATCAGACCTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177212 GTA...TAGGAAGAGCGCCGTGTGATTTATGTCGGTAAAATCAGACCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CACAACACGGACAGAACTGAGGGACCGTTTTGAAGTTTTTGGTGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187654 CACAACACGGACAGAACTGAGGGACCGTTTTGAAGTTTTTGGTGAAATTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 AGGAGTGCACAGTAAATCTGCGGGATGATGG         AGACAGCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 187704 AGGAGTGCACAGTAAATCTGCGGGATGATGGGTG...CAGAGACAGCTAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GGTTTCATTACCTACCGTTATACCTGTGATGCTTTTGCTGCTCTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188087 GGTTTCATTACCTACCGTTATACCTGTGATGCTTTTGCTGCTCTTGAAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TGGATACACTTTGCGCAGGTCAAACGAAACTGACTTTGAGCTGTACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188137 TGGATACACTTTGCGCAGGTCAAACGAAACTGACTTTGAGCTGTACTTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 GTGGACGCAAGCAATTTTTCAAGTCTAACTATGCAGACCTAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 188187 GTGGACGCAAGCAATTTTTCAAGTCTAACTATGCAGACCTAGGTA...CA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2294  ATTCAAACTCAGATGACTTTGACCCTGCTTCCACCAAGAGCAAGTATGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194032 GATTCAAACTCAGATGACTTTGACCCTGCTTCCACCAAGAGCAAGTATGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 CTCTCTGGATTTTGATAGTTTACTGAAAGAAGCTCAGAGAAGCTTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194082 CTCTCTGGATTTTGATAGTTTACTGAAAGAAGCTCAGAGAAGCTTGCGCA

   2500 
   2393 GG
        ||
 194132 GG